Обычно смерть обставлялась множеством ритуалов, варьирующихся в зависимости от региона страны. Но как правило, дом, в котором умер человек, объявлялся нечистым, и, как следствие, на него накладывалось табу, о чем людей предупреждала надпись на двери или нечто вроде деревянного креста, установленного перед ней. В древности дом вообще сжигали и семья строила новый в другом месте. Но этот обычай не могли больше выполнять, зато проводились многочисленные ритуалы, призванные снять «скверну» с того, что находилось в контакте с покойником. Огонь, горевший в доме, где кто-то умер, также считался нечистым и не мог больше использоваться для приготовления пищи или даже просто для того, чтобы зажечь от него трубку. Его переставали поддерживать, пламя гасло, а после похорон огонь разводили заново с помощью горящих угольев, принесенных из соседнего дома, или, позже, с помощью спичек. Традиция также предписывала, чтобы семья умершего отдавала урожай и животных другим семьям, но этот обычай соблюдался не слишком строго и был скорее видимостью. Соседу предлагали меру риса и какое-нибудь животное, а он возвращал все это после похорон.

Во время похорон родственники покойника одевались в белое (цвет траура в странах Дальнего Востока), а женщины следовали за процессией, обернув головы левым рукавом своего белого кимоно. Когда гроб или урну с прахом выносили из дома, о порог разбивали глиняную посуду, которой часто пользовались, как правило — чайную чашку. Похоронную процессию сопровождал человек с факелом, очищая дорогу вслед за ней, а на месте, где должен был быть погребен покойник, зажигали огонь, символизирующий бога очага. Процессию возглавлял ближайший наследник покойного, несший могильную плиту, на которой было выбито его имя. Вдова усопшего или жена наследника шла следом с подносом в руках, на котором лежало подношение в виде пищи и который полагалось поставить на землю на месте захоронения или рядом. На протяжении всего пути разбрасывали зернышки риса или мелкие монетки, чтобы отвлечь внимание злых духов. Из этих же соображений к месту захоронения часто шли не прямым, а извилистым путем. Саму могилу копали молодые люди из деревенских общин или те, кто в этой деревне был чужим. Обычай предписывал предлагать пищу этим чужаками. На обратном пути члены семьи опережали процессию и, вернувшись в дом, рассыпали по земле соль, чтобы очистить ее и также помешать злым духам приблизиться. Таким образом, жилище считалось вновь пригодным для жилья и в нем опять зажигался огонь.

В некоторых регионах родственницы покойного или специально приглашенные женщины громкими воплями оплакивали потерю любимого человека, но этот местный обычай совершенно исчез к концу эпохи Мэйдзи. В то время как в народе похороны сводились к максимально простой церемонии, среди аристократии отдавалось предпочтение как можно более пышным и дорогостоящим похоронам. Так, в 1897 году, когда хоронили вдовствующую императрицу, на проведение церемонии было потрачено более семисот тысяч йен — сумма весьма значительная для того времени. Тысячи преступников были помилованы, занятия в школе прекращены на неделю и в течение месяца запрещалась какая-либо музыка.

Но если на таких похоронах общенационального масштаба каждый мог свободно принять участие, то в деревнях чужим редко когда позволялось присутствовать при совершении ритуалов. Беременные женщины не должны были смотреть на похоронную процессию, а если этого не удавалось избежать, то полагалось спрятать маленькое зеркальце в своем оби,чтобы оно отпугивало злых духов. Кроме того, хозяева домов, мимо которых пролегал путь похоронной процессии, вооружались против вредоносного влияния защищающим знаком, который чертился на двери, или рассыпали на пороге немного соли.

К концу эпохи Мэйдзи покойников стали все чаще кремировать, особенно эта практика распространилась в городах, где были проблемы с местом для кладбищ. В деревнях кремацию проводили, как правило, на территории буддийских храмов, хотя могли сжигать трупы и в поле. Прах, собранный на следующий день и промытый в чистой воде, хранили в маленькой урне, которую ставили на семейный алтарь на время траура (обычно он длился сорок девять дней), затем закапывали в землю или помещали в храме.

После того, как в начале эпохи Мэйдзи буддизм оказался в положении преследуемой религии и был отделен от синтоизма (по приказу императора), синтоистский похоронный обряд стал вытеснять буддийский, так что монахи принимали все меньше участия в этой церемонии. Синтоизм стал национальной религией Японии, и священнослужителям этого культа пришлось заниматься умершими и заботиться о их поминовении; специально для церемонии почитания усопших были созданы многочисленные святилища, причем особенное внимание уделялось культу памяти солдат, павших на поле битвы. Так, в 1868 году в Токио появилось святилище Ясукуни, в котором, как верят, живут души тех, кто отдал жизнь за родину.

С начала 1886 года в Токио и в других крупных городах появились похоронные бюро, которые снабжали население всем необходимым для правильного проведения обряда на буддийский или синтоистский манер и занимались всеми деталями похорон, вплоть до того, что предоставляли лицам, желающим следовать за процессией, необходимые транспортные средства вроде дзинрикши.В городах в похоронном обряде участвовали только члены семьи покойного, а соседей это ни в коем случае не касалось. Чтобы оповестить их об окончании траура, родственники умершего посылали друзьям и знакомым небольшие подарки-угощение (только не из мяса, поскольку его употребление в пищу в период соблюдения траура строго запрещалось). К подарку прилагался маленький кусочек морского уха, завернутый в лист бумаги, что означало, что люди, пославшие это угощение, больше не считаются нечистыми, срок траура подошел к концу и они могут вновь есть рыбу и мясо. Сейчас этот носисопровождает все съестные подарки, и его первоначальное значение забыто до такой степени, что носисимволизирует маленький рисунок, напечатанный на бумажном конверте.

Одной из черт, присущих государственным деятелям и законодателям эпохи Мэйдзи, было то, что они придавали мало значения местным обычаям крестьян и простолюдинов по сравнению с традициями старинных аристократического и военного сословий. Так, что касается права наследования, то законодательство того времени, беря пример с европейского, передавало его старшему сыну. Это перекликалось с аналогичным конфуцианским обычаем, существовавшим среди военного сословия в прежние времена.

Общепринятый обычай настаивал на передаче дома сыну и его супруге после того, как хозяину исполнится шестьдесят лет, что позволяло избежать споров между наследниками. Об этой передаче сообщалось супруге законного наследника (она получала миску с рисом как знак власти), и ей также передавалась часть наследства, равная доле мужа. Новые же законы устанавливали, что передача имущества может быть осуществлена только после смерти и только старшему сыну в семье, что привело к потере власти его супругой и ограничило ее владения кухней. Но этот закон соблюдался лишь в городе. Старые обычаи все еще были в силе, и закон формально не упразднял их; они не могли быть запрещены, пока не давали повода для возникновения разногласий, которые могли быть решены только в зале суда. На самом деле это положение о первородстве могло равным образом применяться в случае, если семья усыновляла ребенка после кончины старшего сына или если среди наследников покойного оставались только дочери. Согласно закону 1875 года прежнего Гражданского кодекса, человек мог называться главой семьи и наследовать имущество умершего, если он являлся: 1) прямым родственником покойного, имеющим наиболее близкую степень родства при условии, что оно законно, либо если он был рожден от сожительницы; 2) сыном или внуком покойного (поскольку мужчинам отдавалось первенство в праве наследия); 3) среди потомков мужского или женского пола предпочтение отдавалось старшему или старшей, законному сыну перед сыном, рожденным от сожительницы. Новый Гражданский кодекс, принятый в 1890 году, почти все случаи трактовал в пользу законных потомков (женского или мужского пола) перед усыновленными, но все еще оказывал предпочтение сыну перед дочерью.