Александр не усомнился войти в непосредственное сношение даже с Цареградским патриархом Иоакимом, тем самым, которого папа в своей грамоте к нему, Александру, как мы видели, назвал еретиком и незаконно поставленным на патриаршество. Король написал к патриарху письмо, которым извещал, что "маршалок его державы, правоверный и знаменитый господин Александр Иванович Ходкевич основал и построил на собственные средства в своей наследственной отчине - в Блудовских лесах, на берегу реки Супрасли славный монастырь в честь Пречистой и Преблаженной Девы Марии, Богородицы", Тогда же написал к патриарху и сам Ходкевич, что построил в своей обители прекрасный храм, с большими издержками, и обеспечил средства для существования как храма, так и обители на вечные времена вместе с Смоленским епископом Иосифом. В ответ на эти письма Вселенский патриарх прислал (1505) в Супрасльский монастырь свою благословенную грамоту, в которой прежде всего благословляет вкладчиков, или благотворителей, святой обители, боярина Александра и епископа Смоленского Иосифа, потом самую обитель; утверждает ее правила и устав и заповедует, чтобы в обители непрестанно поминаемы были в молитвах названные ее благотворители, чтобы братия избирали себе игумена из собственной среды, не употребляли хмельных напитков и без воли игумена не выходили даже за монастырские ворота; наконец, чтобы между братиями существовало совершеннейшее общежитие и ни один монах не держал у себя ни денег, ни иной какой вещи, а отдавал все на хранение избранному братством казнохранителю. Смоленский епископ Иосиф, который в грамоте патриаршей наравне с Ходкевичем назван благотворителем Супрасльской обители, пожертвовал ей те самые три небольшие села в Бельском уезде, которые получил от короля Александра за свои заслуги. Пожертвование это было сделано, без сомнения, еще до письма, посланного Ходкевичем к патриарху, но грамоту в подтверждение своего пожертвования Иосиф дал обители уже 11 мая 1506 г.

Из действий самого митрополита Ионы известны немногие. Во время войны Ивана Васильевича с Александром взят был в плен московским войском в числе других и сын Ионы Сенька Кривой. В 1505 г., когда к новому московскому великому князю, Василию Ивановичу, приходил посол от польского короля, присылал и митрополит Иона своего человека к Московскому митрополиту Симону и просил исходатайствовать его сыну Сеньке освобождение из плена на обмен одного боярского сына. Но ходатайство Симона не имело успеха, потому что государю хотелось обменять митрополичьего сына не на одного, а на двух боярских детей. В следующем году, также с послом королевским, Иона снова прислал в Москву своего человека и просил о сыне. В этот раз Василий Иванович, снисходя на просьбу Ионы, а более на ходатайство своего Московского митрополита и бояр, повелел отпустить Сеньку Кривого в обмен на одного сына боярского, хотя, как далее увидим, обмен состоялся еще нескоро.

Во время той же войны Ивана Васильевича с Александром московское войско после неудачной осады Смоленска, опустошая литовские области, доходило и до Гродны и здесь разорило Коложский монастырь и в нем церковь святых мучеников Бориса и Глеба. Нашелся благотворитель и для этой обители - некто Богуш Боговитинович, писарь королевский, городничий трокский. Он воздвиг и обновил, на собственные средства, церковь и монастырь, снабдил их всем необходимым и пожертвовал им село свое Чащевичи с землями и всеми угодьями, на что и выдал монастырю запись в 20-й день июля 1506 г. в присутствии митрополита Ионы и Смоленского владыки Иосифа. В то же время митрополит Иона по просьбе Боговитиновича дал монастырю благословенную грамоту (от 20 июля 1506 г.), в которой отказался за себя и своих преемников от всех доходов, собиравшихся дотоле в митрополичью казну с этого монастыря, как-то: от сборных куниц, подъездов, стаций, поклонов и иных, и предоставил навсегда ктитору храма Богушу вместе с монастырскою братиею избирать игуменов и подавать им монастырь по своей воле, только с благословения митрополита и без всякой мзды ему за благословение. Под грамотою своею Иона подписался так: "Волею Божею, Иона архиепископ метрополит Киевски и всея Руси се писах моею рукою". Эту грамоту митрополита, равно как и фундушевую запись Боговитиновича, спустя год подтвердил и новый король польский Сигизмунд своею грамотою, которою передал Коложский Борисоглебский монастырь во власть, "опеканье" и подаванье пану Боговитиновичу, с тем чтобы митрополит и епархиальный архиерей не вступались ни в монастырь, ни в церковь и никаких доходов и подачек с них не брали, а преподавали только благословение избранному игумену.

Под конец своей жизни, но находясь еще в здоровом состоянии, митрополит Иона составил два духовных завещания. В одном расписал часть своего имущества на церкви Божии для спасения своей души; в другом некоторую сумму золотых и иного своего имущества назначил своему государю, еще некоторую распределил между своими приятелями и слугами и в особенности перечислил все вещи и деньги, которые должны принадлежать сыну его Сеньке, находившемуся еще в плену московском. Оба эти завещания Иона представил королю Сигизмунду и бил челом утвердить их, чтобы ни при жизни его, митрополита, ни по смерти завещания никем не были нарушены и все вещи были розданы по назначению, а вещи сына его сохранялись в целости, пока он не освободится из плена. Король уважил желание первосвятителя и оба его завещания утвердил своею грамотою в 9-й день июля 1507 г. Кончину митрополита Ионы надобно относить к последним месяцам того же 1507 г., судя по тому, что в начале следующего года, как увидим, был уже другой митрополит Киевский и всея Руси.

Были во дни митрополита Ионы и другие знатные лица кроме известных уже нам маршалка Ходкевича и королевского писаря Боговитиновича, делавшие вклады и пожертвования на православные церкви и монастыри. Князь Федор Иванович Ярославич пинский, соорудив в имении своем Ставке церковь святых Иоакима и Анны, наделил ее (1504) пахотными и бортными землями, сеножатями и рыбными ловлями, назначил священнику ее десятину ржи и всякого ярового хлеба из своего нового двора и по семидесяти грошей ежегодно. Князь Михаил Иванович Мстиславский, благотворивший и прежде Мстиславскому Пустынскому монастырю, прибавил ему (1505) еще медовую и денежную дани из своих имений. Князь Димитрий Путятич, воевода киевский, не успел оставить духовного завещания, но душеприказчик его князь Михаил Глинский сам назначил и раздал по душе его с соизволения короля Александра пожертвования на церкви и монастыри. Грамота королевская (от 29 апреля 1506 г.), в которой излагается и утверждается это распоряжение Глинского, представляет собою весьма любопытный исторический документ. Из нее можно видеть, сколько было тогда в Западнорусской Церкви православных архиерейских кафедр, сколько церквей в Вильне и какие церкви и монастыри считались наиболее уважаемыми. Самые большие вклады из оставшихся имений покойного князя Путятича сделаны на монастырь Киево-Печерский, в котором погребены были родители его и он сам, и на виленский Пречистенский собор: первому назначены половина крестьян, данников покойного князя, по имени Зеремцов, живших за Березиною, и устав меда, который шел с них; последнему - другая половина тех же данников и такой же устав меда. Затем дано по десяти коп грошей на каждый из архиерейских синодиков для поминовения покойного князя, и именно на синодики: митрополичий, смоленский, полоцкий, володимерский, луцкий, туровский, перемышльский и холмский, всего - на восемь. Далее - десять коп грошей на виленский Троицкий монастырь и по две копы грошей на двенадцать виленских церквей, которых, следовательно, вместе с Пречистенским собором и Троицким монастырем, было в Вильне четырнадцать. Еще далее назначено по десяти коп грошей: в Новогрудке на две церкви - Пречистой и святых мучеников Бориса и Глеба, в Минске на Вознесенский монастырь, в Гродне на церковь Пречистой и на монастырь Бориса и Глеба, в Смоленске на соборную церковь Пречистой и на общежительные монастыри - Троицкий и Спасский, в Витебске на соборную церковь святого Михаила, в Полоцке на Софийский собор, в Бресте на соборную церковь святого Николая, во Владимире на церковь Пречистой, в Луцке на церковь святого Иоанна Богослова и на Жидичинский Николаевский монастырь, в Холме на церковь Пречистой, в Перемышле на соборную церковь, в имениях покойного князя на Троицкий монастырь и еще на какой-то Пустынский монастырь пана Александра (вероятно, Ходкевича, т. е. Супрасльский). Наконец, на Спасскую церковь в Люблине назначено пять коп грошей и на семь церквей в имениях покойного князя Путятича по копе грошей.