Царь Алексей Михайлович, питавший и прежде полное доверие к своему "собинному другу", а теперь связанный еще торжественным обетом слушаться его во всем как патриарха, охотно покорялся его советам. И участие Никона даже в гражданских и государственных делах было так велико и очевидно для всех, что спустя каких-нибудь три-четыре месяца после его вступления на патриаршую кафедру, если не прежде, его уже величали в официальных бумагах великим государем, как именовался некогда отец царя Михаила Федоровича патриарх Филарет Никитич. Правда, насколько доселе известно из документов, в 1652 г. Никона называли великим государем только настоятели монастырей, а владыки в своих грамотах, равно как печатавшиеся тогда церковные книги в своих послесловиях, титуловали его еще великим господином. Но в 1653 г. его величали великим государем и печатавшиеся церковные книги, и владыки, и бояре или вообще светские люди, и сам он, и сам царь Алексей Михайлович, хотя царь называл его еще иногда, как и сам Никон самого себя, только великим господином. В последующее время название великого государя в титуле патриарха Никона сделалось уже общепринятым и обыкновенным. Кто первый вздумал усвоять Никону такое высокое название, неизвестно, но только это произошло не по царскому указу: будь царский указ - тогда Никона стали бы величать великим государем и владыки одновременно с настоятелями монастырей, и все вообще православные русские, да и сам царь не называл бы уже его иногда только великим господином. Но царь освятил и утвердил за Никоном имя великого государя, когда сам пред всеми начал величать его этим именем. Все, например, слышали, как 23 октября 1653 г. в Успенском соборе царь в своей речи к боярам в присутствии самого Никона говорил: "Мы, великий государь царь и великий князь… советовав с отцом своим и богомольцем, великим государем святейшим Никоном, патриархом Московским и всея Русии… приговорить изволили идти против недруга своего польского короля…" Особенная расположенность царя к Никону и их тесная дружба наглядно для всех выражалась и тем, что царь весьма часто, несравненно чаще, чем бывало при прежних патриархах, приглашал Никона к своей царской трапезе, а часто и сам посещал Никона и участвовал в его трапезе. Сохранилось свидетельство, что в 1653 г. Никон слал свои указы самим воеводам, хотя по своим частным делам.

В половине мая 1654 г. Алексей Михайлович уехал из Москвы на войну с поляками - в отсутствие государя могущество Никона сделалось еще заметнее. К концу того же месяца прибыли в Москву послы от Киева ходатайствовать об утверждении прежних прав этого города и о даровании ему новых льгот. Просьбы послов, изложенные по статьям, равно и представленные послами документы - грамоты польских королей, рассматривали и обсуждали бояре и постановляли по ним решения, а утверждал эти решения за отсутствием государя патриарх Никон. Под некоторыми из статей помечено: "Великий государь святейший патриарх указал быть по боярскому приговору"; под другими: "Святейший патриарх указал и бояре приговорили быть по королевскому привилею"; под третьими: "Великий государь святейший патриарх указал о льготе на 10 лет" и подобное. На войне царю Алексею Михайловичу понадобились для войска подводы - и Никон рассылал по всему государству к воеводам городов свои грамоты, в которых, как, например, в грамоте к вологодскому воеводе (от 9 июля 1654 г.), писал: "Указал государь царь и великий князь Алексей Михайлович всея Русии и мы, великий государь, со всех монастырей быть для его государевой службы под Смоленском подводы с телегами, с проводниками… и по нашему указу довелось с вологодских монастырей взять… а однолично тебе государева нашего указу в оплошку не поставить…" и пр. К концу июля вследствие открывшегося морового поветрия патриарх Никон по воле государя выехал из Москвы вместе с царским семейством, которое было вверено его попечению и которое после нескольких передвижек, остановилось наконец в Калязином монастыре. Туда присылали воеводы из Москвы и из других городов известия о ходе поветрия, и Никон от имени младенца, царевича Алексея Алексеевича, которому едва исполнилось несколько месяцев, а иногда от имени царевича и царицы давал указы гражданским властям о мерах предосторожности против поветрия. Туда же приходили и от царя из Белоруссии первые известия о его победах, и Никон слал грамоты к московским воеводам, чтобы в Москве отправляемы были торжественные молебствия. Случалось, что он давал этим воеводам указы именем самого царя государя, например, указ о запрещении немцам торговать в своих домах в Новой слободе. И знатные московские воеводы, которым царь доверил свою столицу на время его отсутствия: князь Михаил Петрович Пронский, три князя Хилковы да князь Василий Ромодановский, в своем ответе Никону (август 1654 г.) выражались: "Великому государю святейшему Никону, патриарху Московскому и всея Великия и Малыя России, Мишка Пронский с товарищи челом бьют. В твоей государеве грамоте писан к нам царев и вел. князя Алексея Михайловича указ велети нам сказать московским торговым немцам…" и пр. Так раболепно выражались бояре о своем имени только пред царем государем.

В начале февраля 1655 г. Алексей Михайлович возвратился было в Москву, где уже не было морового поветрия, но спустя месяц снова отправился на войну в Литву и находился там до 10 декабря. В 15-й день мая 1656 г. царь в третий раз выехал из Москвы в поход, и уже не против польского, а против шведского короля, и воротился в нее только 17 генваря 1657 г. Во все это время Никон оставался в столице главным действующим лицом. Он рассылал воеводам и другим властям грамоты, в которых именем царя и вместе своим указывал высылать из монастырских вотчин то лошадей, то хлебные запасы для царского войска. Иногда (16 августа 1656 г.) слал воеводам свои указы от имени царевича Алексея, а иногда (18 октября) и от своего собственного имени.

В эти годы царского отсутствия из Москвы могущество Никона достигло своей высшей степени. В нем привыкли видеть действительно великого государя, а не по одному имени как бы равного самому царю, и высказывали это даже в печати. В предисловии к Служебнику, изданному в августе 1655 г. по благословению самого Никона, говорится, что Бог даровал России "два великие дара": благочестивого и христолюбивого великого государя царя Алексея Михайловича и великого государя святейшего Никона патриарха; что оба эти великие государи "предстательствоваста" на Московском Соборе 1654 г.; что "богоизбранная сия и богомудрая двоица" по окончании Собора "повелеша" собрать в Москву древние святые книги, "богоизбранная сия сугубица" послали свои грамоты к Цареградскому патриарху Паисию; что по получении ответа от Паисия "благочестивая сия и богомудрая двоица" созвали новый Собор в Москве и пр. В заключение предисловия читаем: "Должно убо всем повсюду обитающим православным народом восхвалити же и прославити Бога, яко избра в начальство и снабдение людем своим сию премудрую двоицу, великаго государя царя Алексея Михайловича и великаго государя святейшаго Никона патриарха, иже… праведно и подобно преданные им грады украшают, к сим суд праведен… храняще, всем всюду сущим под ними тое же творити повелеша… Темже благословен Бог, в Троице Святей славимый, таковых великих государей в начальство людей своих избравый! Да даст же им, государем, по пророку желание сердец их… да возрадуются вси живущии под державою их… яко да под единым их государским повелением вси повсюду православнии народи живуще утешительными песнями славити имут воздвигшаго их истиннаго Бога нашего".

Драгоценные сведения о тогдашнем значении и могуществе патриарха Никона оставил нам архидиакон Павел Алеппский, который именно в это время прожил в Москве почти полтора года (с начала февраля 1655 г. до конца мая 1656 г.) вместе с отцом своим, Антиохийским патриархом Макарием, и имел возможность хорошо присмотреться к Никону и к течению дел в столице Московского государства.