К 22 ноября король созвал в Варшаве чрезвычайный сейм, который должен был рассмотреть статьи Зборовского договора. Прибыл на сейм и Киевский митрополит Коссов с Львовским епископом, киево-печерским архимандритом и многими другими духовными лицами, прибыли и послы гетмана Хмельницкого. Сейм продолжался шесть недель, и заседания его были очень бурны. Представители православного духовенства и казачества настоятельно требовали, чтобы договор был утвержден и чтобы уния была уничтожена. Паны рады, светские и духовные, и вообще латинские члены сейма упорно противились некоторым статьям, долго спорили, но, наконец, принуждены были покориться необходимости: договор был утвержден. Только архиепископы и епископы латинские тут же объявили, что они выйдут из сената, если в нем будет заседать схизматический митрополит. В последний день сейма (12 генваря 1650 г.) король издал на основании Зборовского договора, утвержденного сеймом, диплом следующего содержания, касавшийся собственно православной веры и Церкви: 1) дозволяется всему народу русскому, находящемуся не в унии, как было и прежде, свободное исповедание веры, а Киевскому митрополиту - ношение креста в подведомых ему епархиях (а о месте в сенате совсем не упомянуто); 2) церковные суды у православных на основании данной им королем Сигизмундом грамоты 1511 г. должны совершаться ненарушимо; 3) дозволяются все православные братства даже в тех местах, где прежде они были запрещены, как-то: в Смоленске, Бельске, равно и школы, находящиеся в Киеве и других местах, и типографии, а цензура книг оставляется за митрополитом и епископами в их епархиях; 4) утверждается, чтобы русские священники, не находящиеся в унии, пребывали при своих вольностях, и нигде не были обременяемы никакими налогами, подводами, податьми, денежными сборами, постоями воинскими и работою, и не подлежали никому из светских, кроме своих духовных властей; 5) отдаются православным епископства: Луцкое, Холмское и Витебско-Мстиславское со всеми издавна принадлежащими к ним церквами и с монастырями Жидичинским и Лещинским (хотя и Луцкое и Витебско-Мстиславское епископства уже принадлежали православным); 6) в Перемышльской епархии теперь же, еще при жизни униатского епископа Крупецкого, отдаются православному епископу монастыри: Спасский, Онуфриевский и Смольницкий с их имениями, доселе принадлежавшие Крупецкому, а по смерти его вся Перемышльская епархия со всеми своими маетностями имеет навсегда оставаться за епископом-неунитом; 7) на содержание Витебского и Мстиславльского епископа, не имеющего у себя поместий, назначается половина из имений Полоцкого униатского архиепископа. Затем 8) перечисляются в разных городах Литвы и Польши передаваемые православным церкви, которые назначены были им еще в известных "Статьях" короля Владислава IV, а кроме того, назначаются для передачи православным некоторые церкви и в таких городах: Витебске, Полоцке, Новогрудке, где при Владиславе не дозволялось им иметь ни одной церкви, и дозволяется православным строить новые церкви, деревянные и каменные, на тех местах, где прежде стояли их церкви. Таким образом, оказывается, что Зборовский договор утвержден был на сейме не во всей силе: Киевскому митрополиту не дали места в сенате, и уния не была уничтожена, а только сделала православию незначительные уступки. Православные не были удовлетворены, но спешили воспользоваться и тем, что было дано.

Коссов тотчас старался принять в свое ведение те епархии, которые назначены были православным. На возвратном пути своем из Варшавы он прибыл в Люблин, занял здесь церковь и монастырь, бывшие во власти униатских монахов, заставив их удалиться, и 3 февраля издал универсал, которым приглашал православную шляхту собраться на 17 февраля в Троицкой пригородной церкви для избрания Перемышльского епископа. Из Люблина отправился в Красностав, где также удалил от церкви местного униатского священника и передал ее православному. Из Красностава прибыл в Холм. Тут, как в кафедральном городе епархии, находилось немало униатского духовенства и имел пребывание сам администратор епархии, известный Яков Суша. Они не хотели добровольно передать своих церквей православному митрополиту и в продолжение трех дней оказывали сопротивление, пока не принуждены были удалиться. Против администратора, который ни за что не соглашался выйти из своего дома, ухватившись за стол, пришлось (12 февраля) употребить насилие. В то же время, надобно допустить, Коссов издал свои универсалы об избрании кандидатов и на кафедры Холмскую и Луцкую, потому что в Луцке упоминается номинат владыка еще 23 февраля, а чрез какие-нибудь три-четыре месяца, когда в Киеве был Собор православных архиереев, в числе их уже находились и епископы: Луцкий, Холмский и Перемышльский. Перемышльский, именно Антоний Виницкий, был теперь только рукоположен (27 июня), и в рукоположении его участвовали: Сильвестр Коссов, митрополит Киевский и Галицкий, экзарх Константинопольского престола; Иосиф Чаплиц, епископ Луцкий и Острожский, архимандрит милецкий; Арсений Желиборский, епископ Львовский, Галицкий и Каменец-Подольский; Иосиф Горбацкий, епископ Витебский, Мстиславский и Оршанский, игумен Михайловский; Зосима Прокопович, епископ Черниговский. Около половины июля четверо из находившихся в Киеве православных епископов дали собственноручные записи, которыми обязывались вносить ежегодно на содержание киево-братского могилянского коллегиума определенную сумму денег. Это были епископы: Перемышльский - Антоний Виницкий, Витебский Иосиф Горбацкий, Луцкий - Иосиф Чаплиц и Холмский - Дионисий Балабан, который не участвовал в рукоположении Перемышльского епископа, вероятно, потому, что сам рукоположен уже после него, хотя и вскоре за ним. Таким образом, к пяти епархиям православной Западнорусской митрополии, бывшим при Петре Могиле, присоединилось еще две: Черниговская и Холмская. Со своей стороны Хмельницкий писал к королю (от 20 марта): "Что касается до религиозного успокоения народа, которое мы поручили отцу митрополиту и духовенству, то хотя на нынешнем сейме оно окончательно не решено, но мы благодарим и за ту милость, какая нам дана. Только просим Ваше королевское величество, чтобы все заключающееся в дипломе с этого времени было приведено в исполнение как в королевстве Польском, так и в Великом княжестве Литовском, ибо паны униаты привыкли не исполнять королевских повелений, в чем мы удостоверились при жизни блаженной памяти короля, брата Вашего". К сожалению, обстоятельства скоро изменились не в пользу православных.

Зборовский договор не только неприязненно был принят поляками, но не удовлетворил и православных. Все они скорбели, что уния не была уничтожена; казаки досадовали, что число их уменьшено до сорока тысяч; крестьяне роптали, что снова должны подчиниться своим ненавистным панам и работать на них. Недовольство было общее, снова замутилась вся Малороссия. Условий зборовских не хотели выполнять не одни поляки, но и русские. Начались столкновения, кровопролития. Взаимное раздражение росло с каждым днем. И когда к концу 1650 г. король созвал сейм в Варшаве, то явившиеся туда послы Хмельницкого потребовали: а) чтобы уния, виновница несчастий, была совершенно уничтожена не только в Украйне, но и во всех землях Короны Польской и Великого княжества Литовского и православное духовенство было сравнено с римским во всех правах и почестях; б) чтобы эти статьи вместе с другими статьями Зборовского договора были утверждены присягою знатнейших сенаторов и в) чтобы в воеводствах Киевском, Брацлавском и Черниговском ни один пан землевладелец не имел власти над крестьянами. Такое требование произвело крайнее волнение на сейме, и 24 декабря решена была война против казаков. Папа, у которого король просил денег для войны, прислал ему чрез своего легата как защитнику веры только благословение на войну, мантию и освященный меч. Точно так же и Хмельницкого благословил находившийся при нем Коринфский митрополит Иоасаф и опоясал его мечом, который будто бы еще прежде был освящен на самом Гробе Господнем. Этот митрополит, возвращаясь из Москвы, куда ходил за царскою милостынею, остановился у Хмельницкого и проживал у него, сделался его духовником, служил у него ежедневно обедни, следовал за ним и в войско для отправления церковных служб. Вместе с Хмельницким шел на поляков и прежний его союзник - хан крымский. Враги встретились 20 июня 1651 г. при Берестечке на реке Стыри, и едва началась борьба, как хан изменил Хмельницкому и внезапно отступил со всею своею ордою за три версты. Хмельницкий сам лично отправился к нему в сопровождении только двух всадников, чтобы его уговорить, но хан задержал у себя Хмельницкого и не выпускал целую неделю, и оставшееся без вождя казацкое войско потерпело страшное поражение, причем убит был каким-то шляхтичем и Коринфский митрополит, старавшийся воодушевить казаков. После этого поляки начали опустошать Украйну, и литовский гетман Радзивилл направился с сильным отрядом на Чернигов и Киев. В Киеве всех объял страх, так как город охранял один только киевский полковник Антон с своим полком. И потому Киевский митрополит и печерский архимандрит написали к полковнику и просили его лучше удалиться от Киева и напрасным сопротивлением не раздражать Радзивилла, чтобы его войска, овладев городом, не перебили всех жителей и не истребили храмов Божиих. Полковник послушался, а митрополит с архимандритом отправили просительное письмо к Радзивиллу, умоляя его пощадить Киев, не разорять в нем церквей Божиих, не умерщвлять православных христиан, потому что они, мирные жители, находятся и хотят находиться в подданстве королю, а воюют против него одни казаки. Хмельницкий, как только услышал об этом, тотчас приказал киевскому полковнику воротиться к Киеву с своим полком, присоединив к нему еще два полка. А митрополиту написал, чтобы он оставался в Киеве без всякого страха и к полковникам и казакам об удалении от Киева впредь не писал и что ему, митрополиту, бояться смерти не годится: если за православную веру и пострадает, то приимет венец от Господа. Радзивилл, однако ж, несмотря на принятые Хмельницким меры, занял (25 июля) Киев и сам остановился в Софийском монастыре, в покоях митрополита. Многие жители бежали тогда из города, но митрополит оставался при церкви святой Софии, и печерский архимандрит Тризна с братиею пребывали в своем монастыре, хотя и терпели великую шкоду от поляков. Какие-то своевольцы зажгли Киев ради грабежа, и во время пожара сгорело до двух тысяч домов и несколько церквей и монастырей, а другие ограблены. Хмельницкий принужден был заключить 17 сентября под Белою Церковию новый договор с поляками, по которому число казаков уменьшалось до 20 тысяч, паны, владельцы в воеводствах Киевском, Брацлавском и Черниговском, вступали в управление своими имениями и крестьянами, а относительно веры православной постановлено было только следующее: "Религия греческая, которую исповедует войско запорожское, также соборы, церкви, монастыри и коллегиум киевский имеют оставаться при прежних правах, согласно с давними привилегиями", т. е. оставаться в том самом положении, в каком находились до Зборовского договора. И действительно, спустя пять месяцев король Ян Казимир издал на варшавском сейме грамоту (20 февраля 1652 г.), которою подтверждал во всех частях известную грамоту Владислава IV (от 14 марта 1635 г.), предоставлявшую униатам так много, и возвратил им все, что было у них отнято по Зборовскому договору. Вследствие этого бывший униатский администратор Холмской епархии Яков Суша, как сам говорит, вновь занял теперь Холмскую кафедру со всеми ее имениями и принял почти все церкви и приходы епархии, которые и передал униатским священникам. То же должно было повториться и в других местах.