Одним из первых действий нового царя, показавшим, по-видимому, его заботливость о православной Церкви, но вместе и пренебрежение к ее уставам, было избрание нового патриарха. По церковному правилу избрание патриарха в России было предоставлено Собору русских святителей, а государю принадлежала только власть утверждать одного из избранных Собором кандидатов на патриаршество. Лжедимитрий поступил иначе: он сам избрал патриарха, и, как можно догадываться, еще прежде, чем вступил в Москву. Выбор его пал на Игнатия, архиепископа Рязанского. Это был грек, занимавший прежде архиепископскую кафедру на острове Кипре. Вынужденный турками бежать из отечества, он поселился в Риме и будто бы принял там унию. Но, наслышавшись о благочестии русского царя Федора Ивановича и об его благосклонности к греческим иерархам, в 1595 г. прибыл в Москву, прожил в ней несколько лет и с 1603 г. получил в управление Рязанскую епархию. Игнатий угодил самозванцу тем, что первый из русских архиереев открыто признал его царевичем Димитрием и с царскою почестию встретил его в Туле, а по своей расположенности к латинству, о которой легко могли проведать сопровождавшие самозванца иезуиты, представлялся самым надежным орудием для осуществления их замыслов в России. Сделав выбор патриарха не по правилам Церкви и желая, может быть, придать своему выбору некоторый вид законности, самозванец будто бы посылал избранного испросить себе благословение на патриаршество у Иова, который, хотя и лишен был насильно своей кафедры, не был лишен своего сана церковною властию и считался патриархом. Но Иов не согласился благословить Игнатия, "ведая в нем римския веры мудрование". Самозванец вторично посылал Игнатия в Старицу с тою же целию и угрожал Иову муками, если не даст испрашиваемого благословения. Иов, однако ж, не устрашился и остался непреклонен. Тогда царь приказал архиереям возвести Игнатия в сан патриарха, и Игнатий был возведен 24 июня, т. е. спустя три-четыре дня по вступлении самозванца в Москву, откуда и следует заключить, что избрание и двукратная посылка Игнатия в Старицу, если признать их действительность, совершились еще прежде. От 30 июня новый патриарх разослал по России окружную грамоту, в которой, извещая о вступлении на прародительский престол прирожденного царя и великого князя Димитрия Ивановича, а также о своем возведении на патриаршеский престол по царскому изволению ("по его царскому изволению учинены есмя в царствующем граде Москве на престоле св. чудотворцев… патриархом Московским и всея Великия России"), предписывал петь по всем церквам торжественные молебны за нового государя и впредь молиться о нем и об его матери инокине Марфе, чтобы Бог даровал им многолетнее здравие и возвысил их царскую десницу "над латинством и над бесерменством". Как православный патриарх, Игнатий, конечно, не мог иначе говорить православным, но что он был предан папе и готов был содействовать унии с Римом от всей души, об этом хорошо знали в Риме, и кардинал Боргезе положительно извещал (3 декабря 1605 г.) папского нунция Ронгони, находившегося в Польше.

В первые же дни по вступлении своем в Москву и на престол Лжедимитрий пожаловал не патриарху только, но и всем русским архиереям такое достоинство, какого прежде они никогда не имели: он сделал их сенаторами, преобразовав свою Государственную думу по образцу польской рады, или сената. Сохранилась подробная роспись всем членам нового русского сената, написанная еще в июне 1605 г. секретарем самозванца поляком Яном Бучинским. Из нее видно, что первые места в сенате предоставлены были святителям, а за ними уже следовали бояре и другие светские лица и что духовную раду составляли патриарх, сидевший особо по правую руку государя, потом митрополиты - Новгородский, Казанский, Ростовский и Сарский, архиепископы Вологодский, Суздальский, Рязанский, Смоленский, Тверской, Архангельский (Елассонский) и Астраханский и епископы - Коломенский, Псковский и Корельский. Можно думать, что Лжедимитрий желал привлечь к себе наших архипастырей, даровав им такое почетное достоинство, но, вероятнее, он сделал это лишь потому, что так было в польской раде, которую он принял за образец для русской. Достойно, в частности, особенного внимания то обстоятельство, что Лжедимитрий, преследуя собственно свои личные цели, дал Русской Церкви такого иерарха, который вскоре сделался не только ее главою, но и украшением. Известно, что боярин Никита Романович Юрьев был родным братом царицы Анастасии, супруги царя Ивана Васильевича IV, и что сыновья Никиты, Феодор и прочие, приходились двоюродными братьями царю Феодору Ивановичу. Годунов, достигнув царской власти и опасаясь, чтобы она не перешла из рук его к кому-либо из братьев Романовых как ближайших родственников царя Феодора, нашел предлог разослать их в заточения, причем старший брат Феодор сослан был в Сийский Антониев монастырь и насильно пострижен в монашество под именем Филарета. Здесь сначала содержали его под строгим присмотром, не пускали даже в церковь и никого к нему не пускали, потом царь Борис смягчился к Филарету, позволил ему ходить в церковь, велел посвятить его в иеромонаха и сделать даже архимандритом Сийского монастыря. Лжедимитрий, заняв московский престол и выдавая себя за истинного сына царя Ивана Грозного, спешил вызвать из заточения и осыпать милостями своих мнимых родственников, в том числе и братьев Романовых, и предложил сийскому архимандриту Филарету сан митрополита на Ростовской кафедре. А как она была непраздна, то приказал Ростовскому митрополиту Кириллу Завидову отойти на покой в Троице-Сергиеву лавру, где он прежде был архимандритом. Когда совершилось посвящение Филарета Никитича на Ростовскую митрополию, с точностию неизвестно, но, без сомнения, до мая 1606 г., когда Лжедимитрия не стало.

В 21-й день июля совершилось коронование и миропомазание Лжедимитрия на царство по прежнему чину. Священнодействовал патриарх с другими архиереями и, без сомнения, сказал царю речь, как положено в чине. Но по окончании священной церемонии приветствовал царя речью, к изумлению православных, и латинский патер, иезуит Николай Черниковский на непонятном для них языке. В этот же, можеть быть, день, когда вокруг самозванца раздавались поздравления со всех сторон, сказал или поднес ему свое приветствие и протопоп придворного Благовещенского собора Терентий. "Благословен Бог, - говорил, между прочим, отец Терентий, - Который освятил тебя во утробе матери, сохранил тебя Своею невидимою силою от всех твоих врагов, устроил тебя на царском престоле и венчал твою боговенчанную главу славою и честию… Радуемся и веселимся мы, недостойные, видя тебя, благочестивого царя, Богом возлюбленного и св. елеем помазанного, всея России самодержца, крепкого хранителя и поборника святой православной веры, рачителя и украсителя Христовой Церкви, и молим твою царскую державу и, повергаясь пред тобою, вопием: о пресветлый царю, будь нам милостив, как Отец наш Небесный милостив есть, отврати слух твой от тех, которые говорят тебе неправду и производят вражду между тобою и твоими людьми… Мы никогда не сотворили зла твоей царской власти и не сотворим, но только молим всещедрого Владыку о твоем многолетнем здравии… Призри на нас, помазанник Божий, и ущедри нас…" Это приветствие, написанное, очевидно, уже после царского венчания Лжедимитрия, может служить одним из свидетельств, что и в среде духовенства некоторые признавали его за истинного царевича Димитрия.

Теперь, когда Лжедимитрий окончательно утвердился на царском престоле, латиняне спешили напомнить ему о принятых им на себя обязательствах. Папа Павел V в июле месяце письменно приветствовал самозванца с восшествием на престол и убеждал его Божиими благодеяниями, которых он удостоился за принятие будто бы католической веры, хранить ее твердо и неизменно всегда; в августе прислал к нему новое приветственное письмо и своего чиновника, графа Александра Ронгони (внука нунциева), которому просил верить во всем; в сентябре приветствовал самозванца с венчанием на царство и убеждал, увещевал, умолял его стараться всеми мерами о распространении католической веры между его подданными, прислал ему для этой цели еще несколько иезуитов и обещал прислать даже епископов, если пожелает. В то же время папа писал к сендомирскому воеводе Мнишку, чтобы он, пользуясь своим влиянием на Лжедимитрия, возбуждал в нем ревность к латинской вере и к распространению ее в России, писал и к кардиналу Бернарду Мациевскому, чтобы он действовал с этою целию на самого Мнишка. Папский нунций в Польше Клавдий Ронгони, приветствуя с своей стороны нового русского царя и посылая ему в подарок крест, четки и латинскую Библию, убеждал его исполнить обет свой и совершить соединение вер (унию), но советовал действовать "неоплошно, и мудро, и бережно", чтобы для него самого не произошло "страху и убытка какого". Лжедимитрий так и старался действовать, только не всегда. Он в душе был латинянин, но казался православным и посещал православные церкви, держал при себе иезуитов как своих духовных руководителей, но избрал себе и православного духовника - архимандрита владимирского Рождественского монастыря. Он подарил иезуитам в Кремле, неподалеку от своего дворца, огромный дом, и они завели здесь костел, начали совершать богослужение с возможною пышностию при звуках органа для привлечения любопытных московитян; писали к своим собратиям в Польшу и просили высылать поскорее новых деятелей, знакомых с русским языком и обычаями, и книг религиозного содержания на славянских наречиях для распространения в народе; писали о том и к Антонию Поссевину, который еще был жив и принял в деле самое живое участие. Но с другой стороны, самозванец благодетельствовал и православным архиереям и обителям, назначал им ругу и угодья, жаловал несудимые и тарханные грамоты, не отказал в своей царской милостыне даже членам Львовского православного братства, известным своею неприязнию к унии, и писал к ним: "Видя вас несомненными и непоколебимыми в нашей истинной правой христианской вере греческого закона, мы послали к вам из нашей царской казны на построение храма Пресвятой Богородицы соболей на триста рублей, да созиждется храм сей во утверждение истинной нашей непорочной христианской веры и в прибежище правоверным христианам". Чтобы ослабить в русских излишнюю привязанность к их церковной обрядности и отвращение ко всему иноземному, по их понятию еретическому, Лжедимитрий показывал пренебрежение к их церковным уставам и обычаям и во всем образе жизни следовал иностранцам, особенно полякам, например, не крестился пред иконами, не велел благословлять и кропить святою водою свою трапезу, садился за нее без молитвы, ел телятину даже в Великий пост, нарочно приказал находившимся при нем полякам и людям всяких других вер ходить в Успенский собор и по всем московским церквам с саблями. И, получая сведения, что русские только сначала поговаривали об этом между собою тайно, а потом замолчали и как будто стали привыкать, полагал, что успешно достигает своей цели, но он горько ошибался. Иногда прибегал и к мерам жестоким. Некоторые стрельцы говорили в народе, что царь разоряет веру. Услышав об этом, Лжедимитрий велел разыскать их - их было семь человек, потом, собрав во дворец всех московских стрельцов с головою Микулиным, приказал привести и тех, которые его хулили, назвал их своими изменниками и предоставил будто бы самим стрельцам справиться с этими мнимыми изменниками, между тем как еще прежде дал Микулину тайный наказ непременно умертвить их. И несчастные тут же были изрублены в куски своими товарищами.