Сделав все, что считал нужным, для своего утверждения на царском престоле, Шуйский обратил внимание и на то, чтобы патриарший престол не оставался более праздным. Еще жив был в своем заточении патриарх Иов, но он лишился зрения и уже не мог править Церковию. Нужно было избрать нового патриарха, и выбор государя, естественно, пал на того из представленных ему Собором кандидатов, кто ревностнее всех воспротивился незаконному браку самозванца, требовал крещения его невесты и за то подвергся изгнанию - на Казанского митрополита Гермогена.

Сохранилось известие, будто Гермоген был прежде донским казаком, а потом сделался приходским священником в городе Казани. Последнее не может подлежать сомнению, так как сам Гермоген свидетельствует, что в 1579 г. он был священником при казанской гостинодворской церкви святого Николая. Скоро после того он принял монашество и достиг степени архимандрита Спасо-Преображенского монастыря в той же Казани, а 13 мая 1589 г. возведен уже в сан архиерейский и начал собою ряд Казанских митрополитов. Служение Гермогена в Казани должно оставаться для нее памятным навсегда. При нем совершилось в 1579 г. явление и обретение чудотворной Казанской иконы Богоматери, и он, будучи еще священником, удостоился первый с благословения тогдашнего владыки Казанского Иеремии принять новоявленную икону из земли, где она обретена, в свои руки и перенесть ее в сопровождении всего духовенства и народа в ближайшую церковь святого Николая Тульского. А впоследствии, когда был уже митрополитом, сам составил (в 1594 г.) сказание о явлении этой иконы и о совершившихся от нее чудесах. При нем совершилось (4 октября 1595 г.) обретение и открытие мощей Казанских чудотворцев святого Гурия, первого архиепископа Казанского, и святого Варсонофия, епископа Тверского. Царь Феодор Иванович приказал соорудить новую каменную церковь в казанском Спасо-Преображенском монастыре наместо прежней, при которой они были погребены. Когда начали копать рвы для новой церкви, то нашли гробы обоих святителей. Гермоген сам явился туда с освященным Собором, велел открыть гробы, видел и осязал нетленные мощи и даже одежды того и другого и донес обо всем царю и патриарху. Царь и патриарх повелели создать особую церковь при большой, с южной стороны ее алтаря, и там поставить мощи новоявленных чудотворцев Казанских для всенародного чествования. Сам же Гермоген потом составил по повелению царя и благословению патриарха Иова и житие святителей Гурия и Варсонофия. При нем перенесены были (в 1592 г.) мощи и второго Казанского архиепископа Германа, который скончался в Москве (6 ноября 1567 г.) во время моровой язвы и погребен был у церкви святого Николая Мокрого, и сам Гермоген по благословению патриарха встретил эти мощи в Свияжске, видел и осязал их и совершил погребение их в свияжском Успенском монастыре. В том же 1592 г., генваря 9-го Гермоген писал патриарху Иову, что в Казани доселе не совершается особая память, или поминовение, по всех православных воеводах и воинах русских, положивших живот свой за веру, царя и отечество под Казанью и в пределах казанских, и просил установить для этого какой-либо день. Писал вместе о трех мучениках, пострадавших в Казани и вкусивших смерть за веру Христову, из которых один, Иоанн, был русский, родом из Нижнего Новгорода, взятый в плен татарами, а двое, Стефан и Петр, были из новообращенных татар, и выражал скорбь, что и эти мученики доселе не вписаны в синодик, который читается в неделю православия, и им не поется вечная память. В ответ Гермогену патриарх прислал (от 25 февраля) указ: по всем православным воинам, убитым под Казанью и в пределах казанских, совершать в Казани и во всей Казанской митрополии панихиду в субботний день по Покрове Пресвятой Богородицы и вписать их в большой синодик, читаемый в неделю православия, повелел также вписать в этот синодик и трех мучеников Казанских, а день для поминовения их назначить предоставил самому Гермогену по его усмотрению. И Гермоген, объявляя патриарший указ по своей епархии, присовокуплял от себя, чтобы по всем церквам и монастырям служили литургии и панихиды по трем Казанским мученикам и поминали их на литиях и на обеднях в 24-й день генваря. Не упоминаем уже об известных нам ревности по вере и непреклонной твердости в религиозных убеждениях и правилах, какие показал Гермоген в его заботливости о просвещении верою казанских татар и в сопротивлении браку самозванца на латинке Марине. Такого-то иерарха царь Василий Иванович избрал на первосвятительскую кафедру в России, и 3 июля 1606 г. Гермоген был посвящен в сан патриарха русскими святителями. Посвящение совершилось в Успенском соборе. Чин поставления патриарха Гермогена был совершенно сходен с чином поставления патриарха Иова. Главным святителем при поставлении Гермогена был Новгородский митрополит Исидор, который и сидел на уготованном месте посреди церкви вместе с царем Василием Ивановичем, когда Гермоген читал пред ними его рукою написанное исповедание православной веры. В свое время митрополит Исидор вручил Гермогену посох святителя Петра чудотворца, а царь подарил новому патриарху панагию, украшенную драгоценными камнями, белый клобук и посох. После литургии был стол у царя, и в положенное время Гермоген вставал из-за стола и совершал свое шествие на осляти.

По обстоятельствам времени главная деятельность патриарха Гермогена была посвящена на служение царю и отечеству в их борьбе сперва с самозванцем, потом с польским королем Сигизмундом. Но, служа отечеству, Гермоген тем самым служил Церкви, потому что за самозванцем и Сигизмундом стояли иезуиты с их темными орудиями против православия, с их замыслами ввести в Россию латинство или по крайней мере унию. И эту службу отечеству и православной Церкви Гермоген совершал не один: ему подражали и другие достойные члены отечественного духовенства.

Коренная ошибка Шуйского состояла в том, что он был избран на престол не всею Россиею, а только Москвою и не всею даже Москвою, а только своими приверженцами. Потому его не хотели признать многие, особенно бояре, враждебные ему и преданные прежнему царю, называвшемуся Димитрием. И с первых же дней царствования Шуйского разнеслась в народе весть, что Димитрий жив и бежал из Москвы, а вместо него убит какой-то немец. Князь Григорий Шаховский, бывший любимец Лжедимитрия, успел похитить государственную печать во время московского мятежа и, будучи прислан от самого же Шуйского воеводою в Путивль, тотчас объявил гражданам, что царь Димитрий спасся от руки изменников и скрывается до времени, а Шуйский похититель престола. Жители Путивля немедленно восстали на Шуйского, и их примеру скоро последовали Чернигов, Стародуб, Новгород Северск, Белгород и другие южнорусские города и отложились от Москвы. Царь и патриарх с освященным Собором положили послать в те города Крутицкого митрополита Пафнутия для вразумления восставших, но митрополита не приняли и слушать не хотели. У восставших явился вождь Иван Болотников, который разбил царские войска, а князь Шаховский рассылал указы именем царя Димитрия, прикладывая к ним государственную печать, и к бунту пристали города Средней России Орел, Мценск, Тула, Калуга, Рязань, Дорогобуж и другие. Только Тверь оказала сопротивление благодаря своему святителю архиепископу Феоктисту, который созвал к себе все духовенство, поиказных людей и всех жителей и укрепил их постоять за святые Божии церкви, за православную веру и за крестное целование государю против изменников, обступивших город: тверитяне прогнали скопище злодеев и многих взяли в плен. Но Болотников одержал новые успехи над царскими воеводами и явился с своею ратию под самою Москвою, в селе Коломенском. Тогда патриарх разослал по всей России грамоты (от 29 и 30 ноября 1606 г.), в которых, извещая о погибели вора и еретика Лжедимитрия, о перенесении в Москву и явлении святых мощей истинного царевича Димитрия и о воцарении Шуйского, "царя благочестивого и поборателя по православной вере", продолжал, что нашлись, однако ж, изменники, которые говорят, будто Лжедимитрий жив, восстали против нового государя, собрали вокруг себя толпы вооруженных людей, насильно увлекли многих и хотя встретили себе сопротивление в Твери и Смоленске, но теперь находятся уже в селе Коломенском под Москвою. А потому предписывал духовенству, чтобы оно прочитало эти грамоты народу и не один, а несколько раз, пело по всем церквам молебны о здравии и спасении Богом венчанного государя, о покорении ему всех его врагов, о умирении его царства и поучало православных не слушаться тех воров, злодеев и разбойников. И многие действительно вооружились против злодеев, прогнали их из своих городов и селений и поспешили в Москву для ее спасения. Царь выслал с войском новых воевод, в том числе юного, но доблестного князя Михаила Скопина-Шуйского, которые одолели Болотникова и заставили его бежать в Калугу. В то же время Казанский митрополит Ефрем, услышав, что жители Свияжска увлеклись злодеями, изменили государю, наложил на них запрещение и приказал местному духовенству не принимать от них в церкви приношений, и виновные смирились, били челом государю простить их вину, а патриарху - снять с них запрещение. Царь простил, патриарх разрешил, но митрополиту Ефрему послал от лица всего освященного Собора благословение как "доблестному пастырю" (22 декабря).