Близость тушинского стана к Москве оказывала на нее самое гибельное влияние. Между Москвой и Тушином установились постоянные сношения, многие москвичи переходили в Тушино, проживали там, даже целовали крест царику, а потом возвращались в Москву и увеличивали собой здесь и без того немалое число врагов и недоброжелателей царя Шуйского. Они распускали про него самые недобрые вести, старались поколебать его власть, пытались даже свергнуть его с престола. Первая попытка была 17 февраля 1609 г., в субботу сыропустную. Крамольники, числом до трехсот, явились на Лобное место, звали и бояр, но те уклонились, кроме одного, князя Василия Голицына, насильно схватили в соборной церкви патриарха и привели туда же. И начали кричать, что Шуйский избран на царство незаконно, без согласия всей земли, одними своими сторонниками, что он виною всех несчастий России, живет нечестиво, тайно побивает дворян и детей боярских и должен быть свергнут с престола. На это из толпы раздался голос: "Сел он, государь, на царство не сам собою, выбрали его большие бояре и вы, дворяне и служилые люди; пьянства и никакого неистовства мы в нем не знаем, да если бы он, царь, был вам и неугоден, то нельзя его без больших бояр и всенародного собрания с царства свести". Патриарх Гермоген с своей стороны решительно отвергал хулы, взводимые на Шуйского, и говорил, что он "избран и поставлен Богом, и всеми русскими властями, и московскими боярами, и дворянами, и всякими людьми всех чинов, что ему целовала крест вся земля, присягала добра ему хотеть и лиха не мыслить, а вы забыли крестное целование, восстали на царя, хотите его без вины с царства свесть, но мир того не хочет и не ведает, да и мы с вами в тот совет не пристаем же". Посрамленные мятежники бежали в Тушино. Вслед за ними Гермоген послал туда же ко всем изменникам одну за другою две свои грамоты, в которых прямо выражал, что измену царю законному он считает зменою вере, отпадением от православной Церкви и отступлением от Бога. "Обращаюсь к вам, бывшим православным христианам всякого чина, возраста и сана, - писал он в первой грамоте, - а ныне не ведаем, как и назвать вас, ибо вы отступили от Бога, возненавидели правду, отпали от соборной и апостольской Церкви, отступили от Богом венчанного и святым елеем помазанного царя Василия Ивановича, вы забыли обеты православной веры нашей, в которой мы родились, крестились, воспитались и возросли, преступили крестное целование и клятву стоять до смерти за дом Пресвятой Богородицы и за Московское государство и пристали к ложно мнимому вашему царику… Болит моя душа, болезнует сердце, и все внутренности мои терзаются, все составы мои содрогаются, я плачу и с рыданием вопию: помилуйте, помилуйте, братие и чада, свои души и своих родителей, отшедших и живых… Посмотрите, как отечество наше расхищается и разоряется чужими, какому поруганию предаются святые иконы и церкви, как проливается кровь неповинных, вопиющая к Богу. Вспомните, на кого вы поднимаете оружие: не на Бога ли, сотворившего вас, не на своих ли братьев? Не свое ли отечество разоряете?.. Заклинаю вас именем Господа Бога, отстаньте от своего начинания, пока есть время, чтобы не погибнуть вам до конца, а мы по данной нам власти примем вас, обращающихся и кающихся, и всем Собором будем молить о вас Бога и упросим государя простить вас: он милостив и знает, что не все вы по своей воле то творите, он простил и тех, которые в сырную субботу восстали на него, и ныне невредимыми пребывают между нами их жены и дети". В другой своей грамоте Гермоген говорил между прочим: "Мы чаяли, что вы содрогнетесь, воспрянете, убоитесь праведного Судии, прибегнете к покаянию, а вы упорствуете и разоряете свою веру, ругаетесь св. церквам и образам, проливаете кровь своих родственников и хочете окончательно опустошить свою землю… Не ко всем пишем это слово, но к тем, которые, забыв смертный час и Страшный суд Христов и преступив крестное целование, отъехали и изменили царю государю Василию Ивановичу, и всей земле, и своим родителям, и своим женам, и детям, и всем своим ближним, и особенно Богу, а которые взяты в плен, как Филарет митрополит и прочие, не своею волею, но нуждою, и на христианской закон не стоят, и крови православных своих братий не проливают, таковых мы не порицаем, но молим о них Бога, чтобы Он отвратил от них и от нас праведный гнев Свой… то мученики Господни, и ради нынешнего временного страдания они удостоятся Небесного Царствия". Рассказав затем довольно подробно, как происходила на Лобном месте в сырную субботу попытка к свержению царя Шуйского, патриарх в заключение убеждал так: "Бога ради, познайте себя и обратитесь, обрадуйте своих родителей, своих жен, и чад, и всех нас, и мы станем молить за вас Бога и бить челом государю, а вы знаете, что он милостив и отпустит вам ваши вины… мы с радостию и любовию восприимем вас и не будем порицать вас за бывшую измену, ибо один Бог без греха".

Когда спустя более года бедствия России еще увеличились и число врагов Шуйского и изменников возросло в Москве, когда они снова насильно привели патриарха на Лобное место при бесчисленных толпах народа и стали вопиять, что царя Василия нужно свести с царства, что он царь несчастный и виною всех зол отечества, когда на это согласились все присугствовавшие, сами даже бояре, - один Гермоген непреклонно стоял за царя, плакал, увещевал, заклинал удержаться от такого злодеяния, объяснял, что за измену законному царю Бог еще более может наказать Россию. Когда, однако ж, несмотря на все убеждения патриарха, Шуйского лишили престола (17 июля 1610 г.) и насильно постригли в монахи, причем обеты произносил вместо него князь Василий Тюфякин, Гермоген крайне скорбел и не переставал называть Шуйского царем, постриженным же в монашество считал князя Тюфякина.

В это время кроме самозванца действовал в России и другой враг польский король Сигизмунд III. Получив известие, будто в Москве многие бояре желали бы иметь своим царем сына его Владислава, а не Шуйского и не тушинского вора, Сигизмунд решился воспользоваться благоприятными обстоятельствами и с разрешения сейма начал войну с Россиею, чтобы не только овладеть ею, но, главное, распространить в ней католическую веру, как сообщал в Рим папский нунций, находившйся тогда в Польше. В сентябре 1609 г. король приступил с своим войском к Смоленску, объявив в своем манифесте, что идет собственно спасти Россию от ее врагов, прекратить в ней междоусобия и кровопролитие, водворить порядок и тишину и что об этом просили его сами русские своими тайными письмами. В декабре послы Сигизмундовы из-под Смоленска приходили в Тушино и между прочим предлагали находившимся здесь москвитянам и нареченному патриарху Филарету, что если они пожелают отдаться под власть короля, то король примет их с большою заботливостию, сохранит их веру, права, обычаи церковные и судебные. Филарет и прочие московские люди поверили обещаниям и чрез своих послов, во главе которых находился известный приверженец самозванцев Михаиле Салтыков, объявили королю (27 генваря 1610 г.), что желают иметь государем в Москве сына его Владислава, но под условием, если ненарушимо будут сохранены их православная вера, права и вольности народные. Послы постановили об этом с сенаторами короля и более подробные условия. Король, кроме того, прислал нареченному патриарху Филарету грамоту (февраль 1610 г.), в которой, соглашаясь дать сына своего, королевича Владислава, государем в Москву, удостоверял, что веры греческого закона не нарушит ни в чем. И хотя эти сношения скоро должны были прекратиться, потому что после бегства царика в Калугу воинский стан в Тушине (5 марта) был зажжен самими поляками и оставлен всеми, а Филарет, которого поляки взяли было в плен и повели с собою "с великою крепостию", на пути был освобожден русскими ратниками и прибыл в Москву, но не остались без последствий. Когда по низвержении Шуйского в Москве начали рассуждать, кого избрать в государи, польский гетман Жолковский, стоявший с войском в Можайске, настоятельно требовал, чтобы Москва признала своим царем Владислава, и прислал (31 июля) самый договор, заключенный Сигизмундом с Михаилом Салтыковым и другими русскими послами, приходившими под Смоленск из Тушина. Первый боярин князь Мстиславский и другие бояре действительно согласились избрать Владислава и объявили о том всенародно, патриарх сильно противился, настаивая, чтобы избран был православный царь из русских, и указывал двух кандидатов - князя Василия Голицына и четырнадцатилстиего Михаила Федоровича Романова, сына митрополита Филарета Никитича. Сам Филарет выезжал на Лобное место и говорил народу: "Не прельщайтесь, мне самому подлинно известно королевское злое умышленье над Московским государством, хочет он им с сыном завладеть и нашу истинную христианскую веру разорить, а свою латинскую утвердить". Но Жолкевский и бояре превозмогли. Гермоген должен был уступить и сказал боярам: "Если королевич крестится и будет в православной вере, то я вас благословляю, если же не оставит латинской ереси, то от него во всем Московском государстве будет нарушена православная вера и да не будет на вас нашего благословения". Бояре заключили договор с гетманом Жолкевским, приняв за основание те условия, которые постановлены были самим королем под Смоленском с Салтыковым и его товарищами. В договоре ясно выражалось, что православная вера в России останется неприкосновенною и что к королю будут отправлены великие послы бить челом, да крестится государь Владислав в веру греческую. 27 августа жители Москвы целовали крест новоизбранному государю на Девичьем поле, а на другой день в Успенском соборе в присутствии самого патриарха. Тут в числе других подошли к патриарху за благословением Михаиле Салтыков и его тушинские товарищи, и патриарх сказал им: "Если в вашем намерении нет обмана и от вашего замышления не произойдет нарушения православной веры, то будь на вас благословение от всего Собора и от нашего смирения, а если скрываете лесть и от замышления вашего произойдет нарушение православной веры, то да будет на вас проклятие".