Такое единодушное восстание русских и движение к Москве сильно встревожило поляков и московских бояр, преданных Сигизмунду. Салтыков с своими сообщниками пришел к патриарху и сказал: "Ты писал по городам, велел идти к Москве, теперь напиши, чтоб не ходили". "Напишу, - отвечал патриарх, - чтоб возвратились, если ты и все находящиеся с тобою изменники и королевские люди выйдете вон из Москвы; если же не выйдете, то благословляю всех довести начатое дело до конца, ибо вижу попрание истинной веры от еретиков и от вас, изменников, и разорение св. Божиих церквей и не могу более слышать пения латинского в Москве". Изменники вышли от патриарха и приставили к нему воинскую стражу, чтобы к нему никто не мог приходить. В Вербное воскресенье (17 марта) они выпустили Гермогена из-под стражи, чтобы он совершил обычное торжественное шествие на осляти; по площадям стояли ляхи и немцы, пехота и всадники с обнаженными саблями и пушками, но из православных москвичей никто не шел за вербою: разнесся слух, что Салтыков и поляки хотят во время хода изрубить патриарха и безоружный народ. Во вторник на Страстной седмице действительно произошло столкновение королевских войск в Москве с жителями, началась страшная резня, продолжавшаяся сряду два дня, и поляки, не имея сил одолеть русских, зажгли Москву в разных местах и выжгли ее совершенно, кроме Кремля и Китая-города, где сами укрывались от огня. Несчастные жители бежали вон из города, а королевские люди и русские воры, с торжеством возвратившись в Кремль, свели Гермогена с патриаршего престола и заключили в Чудовом монастыре, а по другим - на Кирилловском подворье, под крепкую стражу. В понедельник на Святой неделе все русское ополчение из городов в числе 100000 человек подошло к Москве, 1 апреля приблизилось к стенам Белого города, и с того времени начались почти ежедневные сшибки русских с поляками, продолжавшиеся несколько месяцев. Осажденные поляки в Кремле и Китай-городе находились в крайности, и число их постоянно уменьшалось. Салтыков и Гонсевский не раз присылали к патриарху Гермогену и сами иногда приходили и говорили: "Вели ратным людям, стоящим под Москвою, идти прочь, а если не послушаешь нас, мы велим уморить тебя злою смертию". Гермоген отвечал: "Что вы мне угрожаете? Боюсь одного Бога. Если все вы, литовские люди, пойдете из Московского государства, я благословлю русское ополчение идти от Москвы, но, если останетесь здесь, я благословляю всех стоять против вас и помереть за православную веру". К несчастию, между воеводами русской рати начались великие несогласия, и лучший из них - Прокопий Ляпунов был убит казаками, а другой, атаман казаков Заруцкий, дерзкий и буйный, приняв под свое покровительство вдову обоих самозванцев Марину, вздумал искать себе сообщников, чтобы возвести на московский престол сына ее, еще младенца. Услышав об этом, Гермоген не утерпел и нашел возможность послать (в августе) из своего заключения грамоту в Нижний Новгород, в которой говорил: "Пишите в Казань к митрополиту Ефрему: пусть пошлет в полки к боярам и к казацкому войску учительную грамоту, чтобы они стояли крепко за веру и не принимали Маринкина сына на царство, - я не благословляю. Да и в Вологду пишите к властям о том, и к Рязанскому владыке: пусть пошлет в полки учительную грамоту к боярам, чтоб унимали грабеж, сохраняли братство и, как обещались положить души свои за дом Пречистой, и за чудотворцев, и за веру, так бы и совершили. Да и во все города пишите, что сына Маринки отнюдь не надо на царство, везде говорите моим именем". Это была, сколько известно, уже последняя грамота доблестного иерарха. Многие ополченцы по смерти Ляпунова оставили Москву и возвратились в свои дома, другие хотя и продолжали осаду, но не успели взять Кремля и освободить своего первосвятителя. Более девяти месяцев томился он в своем тяжком заключении и 17 генваря 1612 г. скончался насильственною смертию.

Заключив патриарха Гермогена в Чудовом монастыре, бояре-изменники тотчас вывели оттуда прежнего патриарха Игнатия и посадили на патриаршем престоле. Это было явное беззаконие, потому что Игнатий, как мы видели, лишен был Собором не только патриаршества, но и архиереиства. И сам Игнатий хотя и совершил для них в день Пасхи (24 марта 1611 г.) богослужение в Кремле, но верно понимал, как будут смотреть на него духовенство и все православные в России, а потому счел за лучшее бежать в Литву. По крайней мере спустя шесть месяцев его уже не было в Москве. Грамота, которую 5 октября послали к Сигизмунду бояре, осажденные в Кремле, начиналась так: "Наияснейшему великому государю Жигимонту III… ваши господарские богомольцы, Арсений, архиепископ Архангельский, и архимандриты, и игумены, и весь освященный Собор, и ваши государские верные подданные, бояре, и окольничие, и всех чинов люди, которые ныне на Москве, челом бьют". Значит, кроме Арсения Елассонского, других архиереев и патриарха Игнатия тогда в Москве не было. Близ Смоленска Игнатий был схвачен поляками и представлен королю Сигизмунду III, который предложил ему на волю - или возвратиться в Москву, или остаться в польских владениях. Игнатий избрал последнее и пожелал поселиться в виленском Троицком монастыре, находившемся тогда во власти униатов. Здесь Игнатий, сочувствовавший и прежде унии, открыто принял ее от архимандрита Велямина Рутского, вскоре сделавшегося униатским митрополитом. В генваре 1615 г. король Сигизмунд пожаловал Игнатию на содержание его дворец, или фольварок, папинский с приселками, принадлежавший Витебской архиерейской кафедре. В конце 1616 г. польский королевич Владислав, вступив в пределы России, чтобы отвоевать себе царский престол, некогда ему предложенный, писал русским в своей грамоте (от 25 декабря): "Мы нашим царским походом к Москве спешим и уже в дороге, а с нами будут патриарх Игнатий да архиепископ Смоленский Сергий (находившийся в плену со взятия Смоленска)", хотя, как известно, королевич не достиг своей цели. В Вильне оказывали Игнатию его новые единоверцы, т. е. униаты, надлежащее уважение и даже позволяли иногда служить в кафедральной церкви. Скончался Игнатий около 1640 г. и погребен в том же виленском Троицком монастыре, в одном склепе с митрополитом Велямином Рутским. Но в 1655 г., когда Вильною овладели русские, они взяли, если вериггь униатскому преданию, тела обоих этих владык, будто бы еще не предавшиеся тлению, и увезли в Москву. Предание более чем сомнительное. Русские, когда еще жив был Игнатий и проживал в Вильне, проклинали его торжественно наравне с Исидором митрополитом - с какою же целию они могли бы взять в Москву тело проклятого человека?

Великое дело, за которое с такою пламенною ревностию и несокрушимым мужеством стоял и умер великий первосвятитель Гермоген, с ним не умерло, но скоро доведено было до счастливого окончания. Как только разнеслась весть, что Москва сожжена и разорена поляками и изменниками, что патриарх заключен ими под стражу, обитель преподобного Сергия, еще недавно выдержавшая такую продолжительную осаду от врагов, возвысила свой голос на всю Россию и стала во главе народного движения. Настоятелем лавры был тогда архимандрит Дионисий. Он приобрел, управляя еще Старицкою обителию, особенную любовь патриарха Гермогена своим умом, благочестием и ревностию к долгу и почти постоянно находился в Москве при патриархе, часто служил с ним, участвовал в его советах, ратовал вместе с ним против изменников, покушавшихся свергнуть царя Шуйского и в начале 1610 г. по воле царя и патриарха назначен настоятелем лавры наместо архимандрита Иоасафа, удалившегося на покой в Пафнутиев монастырь. Этот-то Дионисий как настоятель лавры и келарь лавры Авраамий Палицын со всею братиею начали рассылать по городам, одну за другою, свои грамоты, исполненные высокого патриотизма, и, извещая соотечественников об участи, постигшей первопрестольный град и патриарха Гермогена, призывали всех восстать единодушно за святую веру и отечество против врагов. Таких грамот известно ныне три: одна писана в июле 1611 г., другая 6 октября того же года, третья в апреле 1612 г.