Они работали с великим усердием и, как выражается Арсений, "безо всякия хитрости, сидели полтора года день и ночь". Для исправления Потребника 1602 г. они имели под руками около двадцати списков этой книги славянских, двенадцать письменных и один печатный, между письменными иные восходили за полтораста, за двести лет и более, и находился список с перевода Максима Грека, и пять списков или печатных книг греческих, в том числе принадлежавший архиепископу Елассонскому Арсению, бывшему тогда уже Суздальским. Этими греческими списками пользовались только Дионисий и Арсений, как знавшие греческий язык, но поп Наседка не пользовался по незнанию греческого языка. В печатном Потребнике справщики нашли следующие прибавления и изменения или искажения: 1) в чине освящения воды на день Богоявления Господня напечатано было в молитве: "Сам и ныне, Владыко, освяти воду сию Духом Твоим Святым и огнем". Слово "и огнем" признано было справщиками за прибавку, потому что оно не оказалось ни в греческих списках Требника, ни в славянских, кроме двух, и притом в одном приписано было на стороне, а в другом - поверх строки. Прибавлены были также в печатном Требнике целые две молитвы, не оказавшиеся ни в греческих, ни в славянских списках, между молитвами священника пред совершением литургии, обе перенесены были сюда из чина исповеди, с тою только разностию, что там ими священник разрешает кающегося грешника, а здесь разрешал самого себя. 2) Во многих молитвах искажены были конечные славословия и противоречили содержанию молитв и православию. Так, молитвы, обращенные к лицу одного Отца или Сына, оканчивались словами: "И Тебе славу возсылаем, Отцу и Сыну и Святому Духу". В молитве, например, за умерших конечный возглас был такой: "Яко Ты еси воскресение и живот, Христе Боже наш, и Тебе славу возсылаем Отцу и Сыну и Святому Духу". А в молитве над освящением яблок, всецело обращенной к Богу Отцу, в конце читалось: "Молитвами Пречистыя Ти Матери, Владычица нашея Богородица… и Тебе славу возсылаем, Отцу и Сыну и Святому Духу". Исправив погрешности, замеченные в печатном Потребнике, Дионисий и его сотрудники пересмотрели и некоторые другие печатные книги, в том числе и изданные во время междупатриаршества с благословения митрополита Ионы и прочих духовных властей: цветную Триодь, Октоих, общую Минею, месячную Минею, Псалтирь, Канонник и церковный Устав, и во всех нашли множество ошибок, особенно много их оказалось в церковном Уставе, который издан был в 1610 г. головщиком Сергиевой лавры Логгином.

Неудивительно, если этот головщик Логтин, а с ним и друг его уставщик той же лавры Филарет воспылали ненавистию к Дионисию, которого и без того не любили. Оба они были люди едва грамотные, но оба считали себя знатоками церковных чинов и богослужения и призванными судиями в этом деле. Старец Филарет гордился тем, что сорок уже лет был уставщиком в Троицко-Сергиевом монастыре, а старец Логтин величался своим сильным голосом, искусством в пении и переложении церковных песней на новые распевы. Архимандрит Дионисий по отношению к братии отличался величайшею кротостию и снисходительностию, к оскорбляющим его был всегда терпелив и незлобив, старался действовать на всех только словами любви, вразумления, убеждения. С такими-то словами он неоднократно обращался и к Логтину и Филарету, которые вообще любили своевольничать, и каждый раз встречал со стороны их ожесточенное упорство и противоречие. Свою неприязнь к нему они выражали иногда крайне дерзко и грубо. Однажды, когда Дионисий читал в церкви поучение к братии и народу, Логтин подошел к нему, вырвал у него книгу и уронил аналой, к соблазну всех. Дионисий, не сказав ни слова, только перекрестился и пошел на крылос. Но дерзкий головщик начал еще кричать и плевать на своего настоятеля, вырвал у него посох, изломал и бросил ему в лицо. Дионисий оставил крылос, пошел к образу Пресвятой Богородицы и проплакал пред ним всю утреню. Эти-то два грубые инока, но имевшие у себя много знакомых и почитателей в самой столице, успели огласить Дионисия и его сотрудников еретиками еще прежде, чем они окончили свою работу. И когда Дионисий в мае или июне 1618 г. прибыл в Москву и представил исправленный Потребник митрополиту Ионе, заведовавшему патриаршеством, то Иона, уже предубежденный против Дионисия и его сотрудников и недовольный тем, что они трудились не под его надзором и руководством, а может быть, и тем, что они осмелились указать грубые ошибки и в книгах, напечатанных при нем, т. е. в период междупатриаршества, созвал 18 июля Собор не столько для обсуждения сделанных исправлений в книге, сколько для суда над исправителями. На Соборе председательствовал сам Иона и присутствовали не архиереи, а только чудовский архимандрит Авраамий и другие лица из высшего московского духовенства. Главными обвинителями Дионисия и его сотрудников явились здесь названные нами уставщик Филарет и головщик Логгин. Дионисия обвиняли и обвинили в том, что он с своими товарищами "имя Святой Троицы велел в книгах марать, и Духа Святаго не исповедует, яко огнь есть", т. е. будто Дионисий незаконно исправил конечные славословия в некоторых молитвах, явно несообразные с православным учением о Пресвятой Троице, и незаконно опустил в молитве слово "и огнем". Сколько ни старались справщики Дионисий, Арсений и Наседка объяснять и доказывать основательность и справедливость сделанных ими исправлений, все эти объяснения и доказательства никого не убеждали. Четыре дня призывали обвиняемых на патриарший двор, потом делали им истязание в Вознесенском монастыре, в кельях матери царя Михаила Федоровича инокини Марфы Ивановны знак, что и эту благочестивую старицу успели вооружить против справщиков, как против врагов веры. С Дионисия просили некоторые пятьсот рублей, обещаясь прекратить дело, но он отвечал: "Денег не имею, да и давать не за что". Наконец, Собор решил: "Архимандрита Дионисия и попа Ивана от Церкви Божией и литургии служити отлучаем, да не священствуют". Кроме того, определили сослать окованного Дионисия в Кириллов монастырь, но как все дороги туда были еще заняты поляками, то заключили его на смирение в Новоспасской обители и наложили на него епитимию по тысяче поклонов в день. И велено было его здесь бить и мучить сорок дней и в дыму ставить на полатех, и заставляли его класть ежедневно по тысяче поклонов, а он прибавлял еще от своего усердия по другой тысяче. Митрополит Иона нередко в праздничные и торговые дни приказывал приводить узника на патриарший двор, а иногда привозить верхом на плохой лошади и здесь заставлял его класть поклоны под открытым небом, пред собравшимися толпами народа, тогда как сам вместе со властями пировал в доме за трапезой. Грубая чернь ругалась над мнимым еретиком, бросала в него грязью за то, что он хотел будто бы вывесть огнь из мира. Иногда Дионисий стоял скованным в подсенье дома митрополита от утра до вечера и ему не давали ни капли воды, чтобы утолить жажду в жаркие летние дни. И такие страдания продолжались для Дионисия целый год. Старец Арсений Глухой также был осужден Собором и заключен на Кирилловском подворье, где и томился в оковах около года, терпя разные лишения и нужды. Невольно припоминаются здесь другой подобный суд, совершавшийся столетием прежде, и другой страдалец за исправление церковных книг - преподобный Максим Грек. Но при сравнении этих двух судов настоящий еще более возмущает душу: там была хотя тень правды, были хотя некоторые слабые основания для обвинения подсудимого, здесь действовала одна вопиющая неправда, и Дионисий с своими достойнейшими сотрудниками обвинен и пострадал совершенно невинно. И так беззаконно, так жестоко поступили современники с человеком, который столько сделал для Церкви и отечества в ту страшную годину бедствий, который своими пламенными воззваниями ко всей России едва ли не более всех после патриарха Гермогена способствовал к освобождению ее от врагов.

Впрочем, ни Дионисий, ни Арсений не оставались безмолвными страдальцами, они старались оправдаться. Дионисий во время ли суда над ним или уже во время своего заключения написал "Речь", обращенную ко всем православным христианам, которую начинал следующими словами: "Святыя, соборныя, апостольския Церкви чадам, всем православным христианом, пад, припадая, молюся яз, смиренный, последний в братстве Дионисий, от дому великого Сергия чудотворца. Ведомо да буди вам, благочестия хранителем, яко повелением самодержавнаго государя царя и великаго князя Михаила Федоровича всея Русии, священную книгу Потребник правити повелено нам, неразумным. Вы же, искуплении Кровию Христовою, судите се праведно: многим ли свидетелем достоит веровати, или единому против тысящь. Освящении Богом, речь сию разумейте". Вслед за тем Дионисий говорил, что во всех старых письменных Потребниках, в том числе и принесенных из Москвы, и даже в печатных греческих книгах на Крещение Господне в молитве читается: "И ныне, Владыко, освяти воду сию Духом Твоим Святым" и только в московском Потребнике напечатано: "Духом Твоим Святым и огнем". Откуда взялась эта прибавка, продолжал Дионисий, - мы не знаем и не дерзнули оставить ее в Потребнике. Правда, по евангелисту Луке, Иоанн Креститель сказал о Христе: Той вы крестит Духом Святым и огнем (3. 16), но у евангелиста Марка написано только: Той крестит вы Духом Святым (1. 8). Да и Сам Христос сказал: Аще кто не родится водою и Духом… (Ин. 3. 5) без прибавления "и огнем". Сам Лука в книге Деяний апостольских передает слова Христовы к апостолам: Вы имате креститися Духом Святым (1. 5), также без прибавления "и огнем". Потом, описывая сошествие Святого Духа на апостолов, выразился: И явишася им разделени языцы, яко огненни (2. 3), а не сказал прямо: "языцы огненни". И далее в той же книге Деяний многократно рассказывает, как апостолы крестили верующих Духом Святым, и нигде не прибавляет: "и огнем". Чтобы еще более подкрепить свою мысль и оправдать себя, Дионисий ссылался на церковные песни и молитвы, читаемые при совершении крещения, в которых нет нигде и намека о крещении "и огнем", и приводил изречения и толкования святых отцов - Григория Богослова, Иоанна Златоустого и других.