Старец о. Исайя очень почитал и любил о. Серафима, а также дорожил его беседами, поэтому он, когда был свеж, бодр и наслаждался здоровьем, нередко сам ходил в пустынь к о. Серафиму. В 1806 г. Исайя, по старости лет и от трудов, понесенных для спасения себя и братии, сделался особенно слаб здоровьем и, по собственному прошению, уволился от обязанности и звания настоятеля. Жребий занять его место в обители по общему желанию братии пал на о. Серафима. Вот уже третий раз старец избирается на начальственные должности по монастырям, но и на этот раз, по своему смирению и из крайней любви к пустыни, он отказался от предлагаемой почести. Тогда голосом всей братии настоятелем избран был старец Нифонт, исполнявший до того времени послушание казначея. Поступивши в число братии, бывший настоятель о. Исайя еще год прожил и все время болел. Не будучи в силах ходить в пустынь к о. Серафиму, он никак не хотел, однако же, лишиться утешения беседовать с ним, а потому братия, по усердию, возили в тележке бывшего своего настоятеля, больного старца, в пустынь, и о. Серафим успокаивал своею беседою духовного отца и услаждал последние минуты его жизни. 4 декабря 1807 года, на 67-м году от рождения, опочил доблестный старец, оставив по себе во всех добрую память. Потеря такого собеседника, духовного отца и начальника поразила глубокой скорбью любвеобильное к нежное сердце о. Серафима. Мысли о тленности настоящей жизни, о неизбежности и нечаянности смертного часа, о страшном суде Божием еще живее представились сердцу о. Серафима в образе почившего старца и духовного друга. Теперь уже не было в живых самых близких и лучших друзей и руководителей старца. Кости Иосифа, который учил его отеческому пути, давно почивали в могиле. Праведная душа старца Пахомия, которого о. Серафим считал не только благодетелем, но и духовным другом своим, тоже витала в загробном мире. Умер и старец Исайя, любивший о. Серафима как свое духовное чадо и почитавший в нем высокого подвижника и мудрого собеседника. Всякий раз, проходя мимо кладбища, он считал обязанностью зайти на могилы их, преклонить колена у священного праха и вознести молитву о них Господу. Однажды в беседе с начальницей Ардатовской общины матерью Евдокией он дал ей следующее наставление: «Когда идешь ко мне, зайди на могилки, положи три поклона, прося у Бога, чтобы Он упокоил души рабов Своих: Исайи, Пахомия, Иосифа, Марка и проч., и потом припади ко гробу, говоря про себя: простите, отцы святии, и помолитесь обо мне». Так он внушал вообще молиться о Саровских подвижниках, называя их, по высоте и горячности молитв, огненными столпами от земли до небес.В смерти строителя Исайи о. Серафим утешался мыслью, что его место занял старец Нифонт,человек редких свойств, ценивший и любивший его. Тем не менее со смертью Исайи последующая жизнь о. Серафима приняла новое, в аскетическом смысле высшее духовное направление. Девятый настоятель Саровской пустыни игумен Нифонт был из мещан города Темникова. Еще в отроческом возрасте он горел желанием посвятить себя на жительство в Саровской пустыни, куда убедительно и просился, но не был принят за несовершеннолетием, по правилам обители, возбраняющим принимать в монастырь отроков. По достижении же 25-летнего возраста он оставил мир и пришел в Саровскую пустынь в 1787 году, при строителе Пахомии. С первого шага он выказал твердое решение отказаться от своей воли и все свое достояние положил к ногам о. Пахомия, отдавая усердно с тем вместе и себя в послушание ему. Это удивило старца строителя и поэтому он внимательно следил за ним. Василий, как его звали в миру, надев монастырское одеяние, исполнял с усердием и смирением клиросное и келарное послушание и через 5лет, в 1792 году (14июня), был пострижен в монашество с переименованием в Нифонта. Добродетели и иноческие подвиги его заставили о. Пахомия просить о посвящении Нифонта в 1793 году в иеродиакона, а в 1796 году его посвятили в иеромонаха и определили общим духовником братии. В 1805 г. он был сделан казначеем.

Управляя обителью, игумен Нифонт особенно заботился о поддержании монашеских правил, преподанных первоначальником, и ни одна служба без него не отправлялась. Усердие его к богослужению служило примером для всех в обители, так как он превозмогал усталость, несмотря на свою старость и слабость телесных сил. Он следил, чтобы не начали часы перед литургией, пока не прочтутся все тетрадки поминальные. С другой стороны, в его управление обителью приобретено много украшений и возведено несколько строений. Истинные сыны обители всегда находили в нем отца и благодетеля. Отец Нифонт любил монашеский тесный и прискорбный путь, предпочитал нищету и был образчиком трудолюбия, смирения и особенно нестяжательности и целомудрия. Он изнурял свою плоть тяжкими подвигами, и слабое здоровье его, расстроенное беспрерывными трудами и борьбой с обстоятельствами, постепенно угасало. Простота, соединенная с духовной мудростью, радушие и приветливость вселяли к нему невольное уважение. Из посетителей обители он никого не отпускал без того, чтобы не поселить в сердце его памяти о добром ее настоятеле. Как любитель безмолвной, пустынной жизни, для большего успеха в подвигах духовных он наблюдал строгий пост и непрестанно молился. Особенно любил и уважал о. Нифонта знаменитый настоятель новгородского Юрьева монастыря архимандрит Фотий, который и был с ним в переписке. Любя Саровскую обитель, Тамбовские преосвященные почитали утешением для себя посещать ее.

По смерти первоначальницы Дивеевской общинки матери Александры остались три послушницы, а именно: две девицы Евдокия Мартыновна и Анастасия Кирилловна и третья — вдовица Фекла Кондратьевна, из села Дивеева. Выбирая между собой старшую, они поставили на место первоначальницы Анастасию Кирилловну,которая в продолжение семи лет собрала в общинку до 52 сестер. Управление ее ничем особенным не отличалось, но прошло прекрасно, тихо, с соблюдением установлений матери Александры. Ничего так не боялась Анастасия Кирилловна, как малейшего нарушения Саровского устава, и поэтому она относилась, согласно свидетельству Евдокии Мартыновны, невозможно строго к исполнению молитвенных правил и Саровского устава. Во всем она благословлялась у духовника общинки, настоятеля пустыни о. Пахомия, который до последнего дня своей жизни продолжал отечески заботиться о послушницах Дивеевской общинки. Пища привозилась по-прежнему раз в день с Саровской трапезы, а сестры работали шитьем и вязаньем для братии обители. С кончиной о. Пахомия общинка потеряла своего заботливого отца. Игумен Исайя сделался духовным отцом Дивеевских сестер, но уже не занимался ими, как о. Пахомий.

В числе вновь поступивших послушниц была из г. Тулы вдова оружейного мастера Ксения Михайловна Милованова, по мужу Кочеулова, с малолетней дочерью Ириной Прокопьевной. До чего матушка Анастасия Кирилловна была исполнительна и строга, можно судить по ничтожному эпизоду, переданному сестрами. Однажды она увидала вдову Ксению Михайловну, собирающую сухие корки каши от трапезы для своей малолетней дочери Ирины; Ксения хотела их размочить водою и дать лишний раз голодавшей девочке, но матушка Анастасия Кирилловна сурово выговорила ей и даже определила наказание, запретив наистрожайше раз навсегда, даже ради детей, нарушать заведенный устав их: однажды только в день вкушать пищу и в назначенный, без исключения, для всех равно, час общей трапезы.

В 1796 году скончалась Анастасия Кирилловна, и ее похоронили на кладбище Казанской церкви, вблизи первоначальницы матери Александры.

Начальницей общинки, по выбору сестер, была поставлена Ксения Михайловна Кочеулова.Маленькая, сухая, крайне подвижная и деятельная, но плохенькая на вид, она проводила ясизнь настолько сурово, неся подвиги, посильные только монахам, что о ее правлении сохранилось воспоминание, как о времени невыносимо трудном, подвижническом, но которое выработало великих стариц для будущего Дивеевского монастыря и наставниц истинной духовной жизни. Не допуская никакого исключения, снисхождения и малодушия, она даже казалась некоторым жестокой. Совершенно равная ко всем сестрам, она не жалела и своей слабой и хилой дочери Ирины Прокопьевны. Так, например, однажды кто-то подарил Ирине Прокопьевне чайник и чашечку, зная, что она под названием чая любит пить вообще горячее, как-то целебную травку или сухую малину. Узнала это матушка Ксения Михайловна и страшно огорчилась; запретила наистрожайше употреблять этот чайник и чашку. Ирина Прокопьевна обещалась не дотрагиваться до них, но Ксения Михайловна не успокаивалась и с истинным сердечным огорчением и крайним сокрушением сказала: «Что ты, что ты! Из них хотя пить-то не будешь, Оря, все же я непокойна, соблазн-то какой! Утешь ты меня старуху, Орюшка, разбей ты их, матушка, да от соблазну-то и черепки их в землю зарой! Можно ведь пить и из деревянной или чугунной посудки, а то глядико-с грех-то какой! Какое малодушие!» Только тогда она успокоилась, когда дочь ее, уже старица также, за святое послушание начальницы-матери, разбила чайник и чашку и зарыла глубоко в землю все черепки.