В конце сентября 1939 года, когда Шефер формально находился в подготовительном лагере «Лейбштандарта» в Праге, у министра иностранных дел Риббентропа состоялось заседание. На нем обсуждались предстоящие военные акции в Афганистане и Тибете, а также необходимость их согласования с советской стороной. В беседе кроме самого Риббентропа принимали участие; Фриц Гробба, куратор восточного сектора Министерства иностранных дел, Вернер Отто фон Гентинг и собственно специально приглашенный Эрнст Шефер. Сначала обсуждался «афганский вариант». Предполагалось, что правительство данной страны должно было начать целенаправленные акции против Великобритании. Благожелательный в отношении Германии нейтралитет тоже, конечно, был хорош, однако в Берлине на Вильгельмштрассе предпочли, чтобы пассивная позиция Афганистана сменилась хоть и условно, но все-таки активной. Договариваться об этом надлежало в Москве. По «тибетскому варианту» германский МИД не вел никаких переговоров с Москвой. Это была абсолютно новая тема. Но предполагалось, что и она будет рассмотрена в Советском Союзе. Еще прежде чем были установлены непосредственные контакты с Молотовым, в германском МИДе решили, что подготовку обоих рискованных операций надо было объединить между собой. Некая логика в данных словах была. Если Риббентроп в силу своих функций мог представлять интересы Гиммлера в Москве, то вряд ли советские органы позволили СС проводить на территории Советского Союза самостоятельную политику.

Шло время. 3 ноября 1939 года Эрнст Шефер доложил Генриху Гиммлеру о завершении прохождения специальной подготовки в пражском центре СС. При этом он просил рейхсфюрера выплатить всем его товарищам двухмесячное денежное довольствие, а ему лично предоставить небольшую ссуду. Из данного письма также следовало, что Шефер, несмотря на прохождение спецподготовки, встречался с Гейдрихом и его подчиненным бригаденфюрером Йостом, занимавшим пост начальника 6-го управления Главного управления имперской безопасности (политическая разведка). Речь между ними шла как раз о подготовке операции в Азии. Во время беседы называлось даже приблизительное начало акции — лето 1940 года.

Можно констатировать, что по мере развертывания Второй мировой войны, особенно с ноября—декабря 1939 года, советская сторона стала активнее поддерживать все немецкие начинания в Азии. Беседы на эту тему шли на самом высшем уровне. Как правило, они обсуждались лично немецким послом в СССР Фридрихом Вернером Шуленбуртом и советским министром иностранных дел Вячеславом Молотовым.

Общение между дипломатами шло на самые различные темы, но азиатским операциям уделялось особое внимание. Москва хотела выиграть время, а потому требовала от германской стороны детально проработанных планов. При этом сам Молотов не хотел терять возможности политического и дипломатического маневра. Стратегические желания Германии весьма чувствительно били по интересам СССР. Почти незамеченным остались немецкие предложения о воен но-политическом сотрудничестве на территории оккупированной Польши. Советской стороной оказалась обойдена проблема двухсторонних поставок стратегического сырья и вооружений. Между Германией и СССР чувствовалось взаимное недоверие. Стороны осторожно прощупывали друг друга. В конечном итоге обсуждение'операций в Тибете и в Афганистане для Сталина и Молотова было лишь пробным шаром, который должен был выявить долгосрочные цели германской политики. В итоге интенсивность ведения переговоров в Германии по той или иной проблеме давала советской стороне возможность определить актуальность определенных тем. По этой причине резкий поворот в сторону интересов Германии должен был быть оплачен неоднократно запрашиваемой экономической помощью. Но в любом случае в советском правительстве весьма скептически относились к германским планам в Азии. Это отношение было даже скорее «осознанно непредсказуемым». В этом скоро смогли убедиться даже поборники идеи советско-германского союза.

Скорейшему осуществлению «афганского варианта» мешала не только выжидательная позиция советской стороны, но также и принципиальные расхождения во мнениях между Министерством иностранных дел Германии и внешнеполитическим управлением НСДАП, которое на тот момент возглавлялось идеологом национал-социализма Альфредом Розенбергом.

В свете этого противостояния тибетская экспедиция временно уходила на второй план. Риббентроп, который ненавидел англичан еще со времен своей работы послом в Лондоне, был не только архитектором «Пакта о ненападении» с СССР, но и хорошим знакомым главного идеолога русско-немецкого союза Петера Кляйста. Именно ему, дипломату Вернеру Отто фон Гентигу, послу Шуленбургу, а также недавно назначенному на свой пост младшему статс-секретарю МИДа Теодору Хабихту он поручил вести все переговоры с Москвой. Именно новичку в МИДе Хабихту было поручено согласовать с советской стороной все антибританские акции на Востоке и в Азии. Но при этом у него явно не хватало опыта, многие вообще сомневались в его дипломатической квалификации. Возможно, именно для того, чтобы исправить свою репутацию, Хабихт развил немыслимую активность на дипломатическом поприще. Сразу же после своего назначения он попытался связаться с советскими правительственными учреждениями, чтобы сразу же начать вести переговоры по обеим антибританским акциям. В декабре 1939 года Кляйсту удалось договориться начать переговоры в Москве. В них с немецкой стороны должны были принимать участие сам Кляйст, Гентиг и Хабихт. Кроме этого на них должны были присутствовать Эрнст Шефер и афганский министр иностранных дел Гхулам Ситгик Хан. И вновь Министерство иностранных дел Германии было вынуждено держать оборону против Альфреда Розенберга и Фрица Гробба. Розенберг активно воспротивился идее направить афганского министра на переговоры в Москву. «Догматик партии» полагал, что для реализации афганской операции надо было искать контакты в Кабуле в правящих кругах. Но Розенберг в отличие от гибкого и дипломатичного Риббентропа вряд ли мог рассчитывать на сотрудничество с Советским Союзом. Если бы германская сторона сделала ставку на внутриполитическую оппозицию в Афганистане, то выступление против Британии могли бы стать возможными только после свержения правящего режима. А в данном случае от советской стороны потребовалось бы значительно большая политическая и техническая поддержка. Розенберг вообще не был готов сотрудничать с «большевиками». По крайней мере, он не хотел делать на них главную ставку. При подобном развитии событий в афганской операции первую скрипку стал бы играть СССР. Розенберг опасался, что «русские» в результате сами смогут прорваться к Индийскому океану. По этой причине он предпочел бы просто оказывать давление на правящие круги.

В итоге весь афганский-вопрос свелся к двум существенным проблемам. С какой афганской партией Третий рейх должен был искать союза? И в какой мере Германия нуждалась в поддержке СССР для осуществления своих планов в Афганистане? Но в итоге речь шла о том, какая из структур одержит верх в Третьем рейхе. Пока разгорался этот конфликт, Кляйст в Москве обсуждал с Молотовым конкретный план действий.

29 ноября 1939 года Хабихт, наверняка не без помощи Гентига, сформулировал меморандум. Советский Союз должен был дать разрешение транспортировать по его территории оружие и армейские части. 1 и 7 декабря 1939 года в Москве обсуждались перспективы двух одновременных операций (афганской и тибетской). Но о конкретном плане их осуществления опять не было произнесено ни слова. 12 декабря Кляйст со специальным заданием прибыл в Москву. Встретиться с Молотовым ему удалось лишь шесть дней спустя. Эта задержка могла оцениваться лишь как откровенное неверие Москвы в «немецкие авансы». Советское правительство осторожничало. Содержание беседы Кляйста и Молотова моментально было передано послом Шу-ленбургом в Берлин.

«Предоставленные мною сведения были детально обсуждены с Молотовым. Молотов согласился поддержать эти планы в случае, если будут предоставлены более точные сведения о принципах осуществления акций, а также их методах. Только в данном случае можно осуществить намерение отправить в Москву афганца и Шефера. Предлагаю вернуться в Берлин, разработать запрошенные Молотовым документы, чтобы как можно скорее вернуться в Москву… Отъезд Кляйста и Шуленбурга на 20-е число». Подобное сообщение позволяет оценивать позицию немецкой стороны как серьезную. Кляйст специально отбыл в Берлин, чтобы обсудить в соответствующих инстанциях свои дальнейшие действия. Он не мог самостоятельно вести переговоры в Москве, так как был ограничен полученными указаниями. К тому же он не знал всех целей участвовавших в данной дипломатической игре заинтересованных лиц. При обсуждении столь щепетильного вопроса, как дестабилизация британских колоний, он хотел подстраховаться. Он не хотел рисковать, и тем паче давать повод для принципиальных расхождений во мнениях между двумя неравными партнерами (в деле проникновения в Азию Германия полностью зависела от благосклонности СССР).