Юстиниан успешно ограничил властные устремления пап, нанеся удар по их экономическим основам. Он передал под непосредственную власть Византии Южную Италию и Сицилию, таким образом наложив руку и на доход от тамошних богатых папских владений. Фактически власть римского папы сохранилась лишь в римском герцогстве. В Риме пап сменял и предлагал к избранию Велизарий. Он изгнал папу Сильверия (536–537), союзника готов, и тот умер в изгнании. На папский престол попадали безусловно послушные Византии священники, которые до того, как правило, служили в столице апокрисариями. Эти папы полностью находились во власти цезарепапизма; император даже по вопросу догматов умудрялся навязывать им свою волю.

При папе Вигилии (537–555) Юстиниан созвал в 553 году II Константинопольский вселенский собор, на котором присутствовало 164 епископа, главным образом восточных, совещание вел Константинопольский патриарх. Собор принял так называемые «Три главы» — несколько ослабленный вариант несторианства, — тем самым нарушив ортодоксальный символ веры. Император вынудил Вигилия в конце концов утвердить решения собора.

Подчиненность папства Византии достигла своего апогея при папе Пелагии I (556–561). Изгнав папу Вигилия, император рекомендовал на папский престол Пелагия, служившего апокрисарием. После того как он поклялся принять «Три главы», византийское войско доставило его в Рим. Для того чтобы увековечить эту подчиненность, император, после смерти Пелагия, постановил, что в будущем папу, избранного римским клиром и народом, можно посвящать лишь после утверждения императором. Иоанн III (561–574) был первым папой, избрание которого утвердил император.

Юстиниан, пытаясь восстановить единство империи и церкви, в результате оказался виновником их окончательного распада и падения. Непрерывные войны истощили Италию, большая часть полуострова была разорена и обезлюдела. Когда-то гордый Рим опустился до уровня провинциального города. Население его уменьшилось до 30–40 тысяч жителей. В водовороте готской войны окончательно исчез античный мир. В 568 году лангобарды создали новое королевство в Италии. Оставшиеся под правлением Византийской империи итальянские территории образовали одну провинцию, которой управлял экзарх Равенны. В нее входило также римское герцогство с городом Римом, которое, однако, было отделено от равеннских территорий кольцом лангобардских герцогств. Это обособление также способствовало тому, что в римском герцогстве и в Риме епископ города во все большей степени овладевал светской властью. В 579 году лангобарды разграбили Рим. Оставленный и забытый там папа Пелагий II (579–590) напрасно обращался за помощью к императору Византии.

В эпоху великого переселения народов Рим остался в одиночестве. По праву морального авторитета папа превратился в светского правителя над Римом и центральной частью Италии. Папа Лев I теоретически, а затем папа Григорий I практически своей экономической и церковно-организационной политикой подготовили путь, который в средние века привел к развитию светского образа правления и к универсальной политической власти пап. Обычно Григория I считают последним папой древнего мира и первым папой средневековья. Его понтификат находится на переломе христианского древнего мира и христианского средневековья.

И на личности Григория, и на его образе правления лежит печать этой двойственности и переходности. Родина папы — еще Римская империя, его избрание утвердил византийский император. Григорий усматривал будущее церкви и пап в окатоличивании германского западного мира и в приспособлении к феодальному обществу. Он прагматически провозгласил лозунг «разрешение и связывание», то есть отход от древнего, рабовладельческого общества и новая связь с феодальным обществом, но осуществилось это лишь в эпоху Карла Великого. Во всех начинаниях папы Григория I превалируют практические и моральные устои церковной политики и духовного пастырства. Именно он стал прообразом более поздних пап-монахов.

Григорий I происходил из старинной богатой семьи римского сенатора. Он владел обширными поместьями в окрестностях Рима и в Сицилии. В светской карьере достиг должности префекта города Рима (самый высокий государственный пост). Но неожиданно ушел в монастырь, который он сам устроил для себя в своем римском доме (так называемый монастырь Андрея). В сицилийских фамильных владениях он основал еще семь монастырей. Пелагий II рукоположил его в диаконы, и на протяжении многих лет он был в Византии апокрисарием. Здесь у него была возможность овладеть политическим мастерством, познакомиться с отношениями, сложившимися в империи. С 585 года до избрания папой он вновь живет монахом.

С именем Григория связана легенда о знаменитом Замке Святого ангела. Согласно легенде, в 590 году в Риме свирепствовала чума. Под руководством пользующегося большим авторитетом Григория уже трое суток длилось публичное церковное покаяние во избавление от чумы. Когда на третий день церковное шествие проходило мимо мавзолея императора Адриана, над куполом мавзолея появился архангел Михаил, вкладывавший меч в ножны в знак того, что гнев Божий прошел. И чума прекратилась. В память об этом на крыше мавзолея установили громадную статую ангела, а мавзолей стал называться Замком Святого ангела (построенный в 136 году императором Адрианом мавзолей со времен Аврелия использовался скорее как военное укрепление. Когда папы стали владетелями Рима и крепость попала в их руки, она часто впоследствии служила для них самих убежищем).

Папы VI века, предшественники Григория, не смогли реализовать примат римского Святого престола на Востоке, как, впрочем, и на Западе тоже. Казалось, что верховенство над церковью окончательно получит Константинопольский патриарх, поддерживаемый императором. Патриарх Иоанн Постник уже с 587 года начал называть себя вселенским епископом (episcopus oecumenicus), против чего безрезультатно протестовал папа Пелагий II. Патриарха Иоанна с одобрения собора и императора уже официально с 595 года титуловали вселенским патриархом (этот титул с тех пор присвоили Константинопольские патриархи). Таким образом, получил законное признание тот факт, что на имперскую церковь распространяется юрисдикция византийского патриарха. Правда, это означало еще лишь имперский патриархат, но потенциально это право могло превратиться также в верховенствующую над вселенской церковью власть. Патриарх Александрии в противовес верховенствующей роли Византии предложил Григорию принять титул «вселенского папы». Однако вопреки этому Григорий начал использовать гордо приниженное звание servus servorum Dei (слуга слуг Божьих).

Так, в истории папства при Григории впервые сознательно вводится концепция служения вселенской церкви, согласно которой руководство церковью, управление ею — наиважнейшее служение Богу. Сформулированное затем Григорием и осуществляемое им служение во имя любви оказалось отлично приспособленным политическим (церковно-политическим) средством для противопоставления требованию покоящегося на политико-властных аргументах примата византийского императора и его придворного иерарха.

Папа Григорий при практической реализации верховной власти, в ходе разнообразной экономической и церковно-административной деятельности опирался на хорошо развитую, централизованную бюрократию. Он укрепил папский чиновничий аппарат, так называемую курию. К концу VI века папы уже управляли мощной римской церковью, на них также лежали обязанности гражданского правосудия в Риме. В юрисдикции Григория как патриарха Запада находилась также главнейшая судебная власть над западными церквами. В конце концов управление разрозненными, крупными по размерам церковными поместьями, формирующимся patrimonium Sancti Petri (наследством Святого Петра), оказалось в руках пап. (Понятие «патримониум Санкти Петри» объясняется следующим образом: имущество, подаренное папе или каким-либо другим образом попавшее в его владение, передавалось, дарилось Петру, первому епископу, но не данному папе, который является лишь его преемником и как таковой управляет этим имуществом.)