Оттон III не возобновил Оттонианум (Оттоновы привилегии) для пап, а полностью подчинил их своей власти. Он сделал попытку ликвидировать также власть крупных феодалов, но с небольшим успехом. Оттон возвел на папский престол под именем Сильвестра II своего приближенного, учителя и друга, француза Герберта, архиепископа Реймсского, занимавшего папский престол с 999 по 1003 год. Здесь прослеживается аналогия: император Оттон мнил себя новым Константином, во время правления которого папой был Сильвестр I. Император Оттон III и папа Сильвестр II мечтали о Христианской республике, и это воодушевляло их на реставрацию империи. Однако в 1002 году бунт римской аристократии побудил к бегству молодого императора-мечтателя и папу: их власть была еще недостаточной, чтобы держать в узде римлян.
Когда произошло образование венгерской государственности, Оттон III и папа Сильвестр II предполагали осуществить идею христианского универсализма, в соответствии с которой в 1000 году Святой Иштван получил из рук Сильвестра корону. Характерно, что Иштван испрашивал корону не у Византии, хотя венгерскую церковь организовали латинские и греческие миссионеры. Присылка короны была также символическим актом, означавшим независимость страны: тем самым папа признавал Иштвана суверенным христианским монархом, в семье которого власть передается по наследству. Одновременно это символизировало божественное происхождение власти. Иштван в свою очередь даровал свою страну Святому Петру (поэтому позже, например, Григорий VII и Иннокентий III выдвигали требования вассальной субординации) и получил титул апостолического посла (отсюда апостолический титул венгерских королей). В более поздние времена венгерские короли в противостоянии сверхдержаве, Германской империи, пытались опираться на пап.
После смерти Оттона III (1002) род Кресченциев восстановил свое господство в Риме. В первой половине XI века вновь последовала череда пап, которые в гораздо большей степени зависели от аристократических партий, чем от германских императоров. Вначале всю полноту власти в Риме осуществлял сын казненного Кресченция, Иоанн, который, будучи патрицием, и назначал пап. После смерти Иоанна, наступившей в 1012 году, власть перешла к противной партии, к потомкам семейства Теодоры-Марозии, к дому графов тусколомских. Граф Аль-берих посадил на папский трон своего брата под именем Бенедикта VIII (1012–1024). Папу Бенедикта следует упомянуть в связи с тем, что лишь с него стало обычаем — в настоящее время это уже закономерное явление — менять при избрании в папы имя, до этого такие случаи были редки. Тусколомские графы жили мирно с далеким германским императором. Короля Генриха II (1002–1024) папа Бенедикт VIII в 1014 году короновал в Риме в императоры. Генрих был довольно щедр в Германии по отношению к высшему духовенству, но именно поэтому он был столь упорным в отстаивании своего права назначать епископов. Стоит также упомянуть о том, что Генрих в согласии с папой в 1022 году в связи с проводимым в Павии собором высказался за строгое наказание женатых священников и нарушителей целибата хотели покарать, исключив их из духовного сословия.
Последовавшего за Генрихом II Конрада II (1024–1039), который был коронован в Риме императором в 1027 году, Италия не очень интересовала. В Риме власть над папами он уступил аристократам. В 1024 году тосканская партия даже посадила на папский престол мирянина, брата скончавшегося папы. Иоанн XIX (1024–1032) за один день прошел все ступени церковной иерархии. Этот папа стал одиозной фигурой в связи с тем, что он за крупные суммы открыто занимался продажей епископских должностей. После смерти Иоанна папой вновь стал представитель тусколомских графов: молодой человек 18 лет, получивший имя Бенедикт IX. При нем симония расцвела в такой степени, что сам папа продал тиару и трон за довольно крупную сумму денег, предложенную покупателем, протопресвитером по имени Джованни Грациано, который под именем Григория IV (1045–1046) вступил на престол Святого Петра. Купленное папство неожиданно было поддержано теми, кто как раз и выступал противниками симонии, ибо новый папа этим актом хотел освободить папский престол от юнца Бенедикта, который вел позорную, развратную жизнь. Однако с куплей-продажей папского престола ни император, ни римские партии не были согласны. Вновь усилившаяся партия Кресченциев уже в противовес Бенедикту IX выдвинула антипапу в лице Сильвестра III. Таким образом, в 1046 году одновременно было трое пап: Бенедикт IX, Григорий IV и Сильвестр III.
Наконец Генрихи, императоры, происходившие из баварской (франконской) Салической династии, с помощью немецкого духовенства и церковного движения за реформы сломили власть римской аристократии. При Генрихе III (1039–1056) власть германских императоров достигла своего пика. Вновь временно пересеклись интересы императора и папы. Чтобы удержать в повиновении разбогатевшее высшее немецкое духовенство, императоры использовали папство. Поэтому Генрих III еще более решительно выступил в поддержку церковного движения за реформу, которая была направлена на ликвидацию анархии внутри церкви и на упрочение централизованного управления. Именно потому, что император сажал на папский престол своих приверженцев и через них мог держать в руках папство, оно превратилось в опору имперской власти. Поэтому восстановление авторитета папы, который тем самым мог воспрепятствовать устремлениям окрепших немецких епископов к самостоятельности, было в интересах императора.
Исходя из этого, Генрих взял под свое покровительство движение за реформу церкви, направленное на освобождение церкви от деспотизма светской знати и на укрепление прав папы как главы церкви. Партия реформ, опираясь на императора, также стремилась как можно быстрее преодолеть анархию, господствующую в Риме. Генрих III отправился в Италию и в 1046 году созвал собор в Сутри под Римом. Здесь были низложены папы Сильвестр III и Григорий VI, а затем на следующем, римском, соборе объявили низложенным вновь заявившего свои права на престол папу Бенедикта IX. Император предложил в качестве кандидата на папский престол угодного ему епископа Бамбергского. Климент II (1046–1047) тотчас же короновал Генриха III в императоры, и тем самым вновь торжественно был скреплен союз между папой и императором.
В середине XI века во главе церкви был целый ряд немецких пап, которые пользовались доверием императора и настойчиво проводили умеренную реформу церкви. Император уменьшил влияние римских династий на папство, но и не открыл путь чересчур широким реформам. Генрих III понимал, что чрезмерное укрепление папской власти не отвечает его интересам, ибо папа также может восстать против императора. Однако это был объективный процесс: экономические и политические условия светско-державных устремлений папства формировались в рамках феодальных отношений, в условиях все возрастающих церковных землевладений, что, следовательно, находило отражение и в политической консолидации. В то же время королевские владения все более сокращались, и это вело к ослаблению центральной власти.
Развернувшееся в первой половине XI века церковное (монастырское) движение за реформы нельзя считать непосредственным предшественником григорианского папства, но несомненно, что движение за реформы политически и идеологически подготовило почву внутри и вне церкви для папства нового типа, стремящегося к светской власти и достигшего своей цели при Григории VII.
Начало движения за реформу церкви восходит к X веку, и истоки его прослеживаются в бенедиктинских монастырях Бургундии, а также Лотарингии. Реформаторские тенденции были направлены на решение в первую очередь внутренних церковно-политических проблем. Монастыри зависели от епископов и светских феодалов, которые из опекунов монахов стали их угнетателями. К светским властям монахи непосредственно обращаться не могли, поэтому во время частых имущественных судебных процессов представителем монастыря выступал его светский господин, действовавший в соответствии со своими собственными интересами. Если же землевладелец-феодал сам основывал монастырь, то он обладал правом облагать монастырь налогом и назначать его настоятеля. Проявляющаяся во всем обществе секуляризация привела и к падению нравов среди монахов, в монастырях распространилось распутство, обжорство и пьянство.