Греческая биология и, фактически, античная наука в целом достигли своего расцвета в лице Аристотеля (384 — 322 гг. до н. э.). Он был уроженцем Северной Греции и наставником Александра Великого. Лучшие дни Аристотеля наступили, однако, в его средние годы, когда он основал знаменитый Лицей в Афинах и преподавал там. Аристотель был самым многосторонним и совершенным из греческих философов. Он писал почти обо всех предметах, от физики до литературы, от политики до биологии. В поздние времена стали более прочих известны его труды по физике, имеющие дело главным образом со структурой и функционированием неодушевленной Вселенной; именно они, как показывают события нашего времени, почти полностью неверны. И все-таки именно биология, и в частности изучение морских созданий, была его первой и самой дорогой интеллектуальной любовью. Биологические книги Аристотеля оказались лучшими из всех его научных работ, авторитетны они и в наше время. Аристотель внимательно и аккуратно описывал внешний вид и привычные действия созданий (это было первым этапом естественной истории). В свой труд он включает около пятисот сортов или видов животных и указывает различия между ними. Этот список сам по себе тривиален, но Аристотель пошел дальше. Он признал, что различные животные могут быть сгруппированы в категории и что эта систематизация не обязательно будет устроена просто и легко. Например, легко разделить наземных животных на четырехногих творений (зверей), летающих пернатых творений (птиц) и остающихся разнообразных червей («vermin» — от латинского слова «червь»). Морские творения можно разделить огульно по признаку «еды». Сделав это, однако, не всегда легко сказать, какой категории может соответствовать отдельное создание. Тщательные наблюдения за дельфином, выполненные Аристотелем, например, совершенно прояснили, что, хотя он рыбообразное творение, но если судить по внешнему виду и по поведению, то он совершенно нерыбообразное во многих важных отношениях. Дельфин имеет легкие и дышит воздухом; в отличие от рыбы он может утонуть, если держать его погруженным в воду. Дельфин теплокровный, а не холоднокровный, как обыкновенная рыба. Более важно, что он рождается, чтобы питаться молоком, а перед рождением питается через плаценту. Во всех этих отношениях дельфин подобен волосатым теплокровным животным суши — зверям. Эти подобия, как казалось Аристотелю, были существенны, чтобы сгруппировать китообразных (китов, дельфинов и морских свиней) скорее вместе со зверями полей, чем с рыбами морей. В этом Аристотель был на две тысячи лет впереди ученых своего времени, продолжавших в античный период и Средневековье группировать китообразных вместе с рыбами. Аристотель был вполне современен и в своем делении чешуйчатых рыб на две группы: рыб с костным скелетом и рыб, подобных акулам, с хрящевым скелетом. Это тоже соответствовало современной точке зрения. В группировании видов животных и сравнении их с оставшимися во Вселенной отточенный ум Аристотеля не мог не систематизировать материал в порядке увеличения его сложности. Он видел природу развивающейся постепенными этапами вплоть до человека, который стоит (как это естественно думать для человека) на вершине творения. Таким образом, можно разделить Вселенную на четыре царства: неодушевленный мир почвы, моря и воздуха; мир растений над ним; мир животных, находящийся выше, и мир человека на вершине. Неодушевленный мир существует; мир растений не только существует, но и размножается; мир животных не только существует и размножается, но движется; и человек не только существует, размножается и движется, он может делать из наблюдений выводы. Более того, внутри каждого мира есть дальнейшие подразделения. Растения могут быть разделены на простые и более сложные; животные — на тех, которые имеют красную кровь, и тех, которые ее не имеют; животные без красной крови включают в свой состав в порядке возрастающей сложности губок, моллюсков, насекомых, ракообразных и осьминогов (по Аристотелю). Животные с красной кровью находятся выше на шкале и включают рыб, рептилий, птиц и зверей. Аристотель знал, что на «лестнице жизни» нет резких ступеней, так что невозможно точно сказать, в какую группу может попасть конкретная порода. Поэтому очень простые растения, как кажется, едва ли могут обладать какими-либо атрибутами жизни. Простейшие животные (губки, например) могут быть подобны растениям и так далее. Аристотель нигде не показывает и намеков на предположение, что одна из форм жизни может медленно превратиться в другую; что творение, расположенное выше на лестнице, может подняться с более низкого места еще выше на ступень. Это концепция, в которой хранится ключ к современной теории эволюции, а Аристотель не был эволюционистом. Однако подготовка «лестницы жизни» неминуемо побуждает к тренировке мышления. Она, в свою очередь, ведет к эволюционной концепции, а Аристотель был основателем зоологии (изучения животных). Но насколько мы можем предположить, судя но его сохранившимся трудам, он, скорее всего, пренебрегал растениями, однако после смерти Аристотеля руководство его школой перешло к его ученику Теофрасту (372 — 287 гг. до н. э.), который заполнил место, освобожденное его учителем. Теофраст основал ботанику (науку о растениях), и в его трудах тщательно описаны 500 видов растений.
После правления Александра Великого и его завоевания Персидской империи греческая культура быстро распространилась вдоль Средиземного моря. Египет подпал под владычество Птолемеев (поднявшиеся потомки одного из генералов Александра), и греки толпились во вновь созданной столице — городе Александрии. Птолемеи были первыми, кто основал и поддерживал Музей — ближайший античный эквивалент современных университетов, и александрийские ученые были знамениты своими открытиями в математике, астрономии, географии и физике. Менее важной в Александрии считалась биология, однако по меньшей мере два имени первого ранга прозвучали здесь. Это были Герофилус и его ученик Эрасистрат (расцвет около 250 г. до н. э). В христианские времена они были обвинены публично в рассечении человеческого тела как методе изучения анатомии. Возможно, они этого не делали. Герофилус был первым, кто уделил адекватное внимание мозгу, который рассматривал как пристанище интеллекта (Алкмеон и Гиппократ также верили в это, но Аристотель не верил). Он чувствовал, что мозг не что иное, как орган, сконструированный для того, чтобы охлаждать кровь. Герофилус был способен делать различие между чувствительными нервами (которые получают ощущения) и моторными нервами (такими, которые вызывают мускульные движения). Он также делал различие между венами и артериями: первые пульсируют, а вторые — нет. Герофилус описал печень и селезенку, сетчатку глаза и первый отдел тонких кишок (которые мы теперь называем «двенадцатиперстной кишкой»). Он также описал яичники и простатову железу в мужском организме. Эрасистрат добавил к изучению мозга указание на деление мозга на большой (полушария) и меньший (мозжечок). Он, в частности, отметил морщинистую поверхность («извилистость») мозга и увидел, что у человека мозг больше, чем у других животных, а исходя из этого, связал извилины с интеллектом. После такого многообещающего начала, к сожалению, александрийская школа биологии впала в застой. Фактически вся греческая наука начала иссякать после приблизительно 200 г. до н. э. Она начала расцветать в течение четырех столетий, но, ведя последовательные войны против своих соотечественников, греки безрассудно растратили свою энергию и состояние. Они попали под македонское, а затем под римское владычество. Интересы их ученых все больше и больше поворачивались в сторону риторики, этики, философской морали. Они отворачивались от естественной философии — от рационального изучения природы, которое началось при ионийцах. Биология, в частности, пострадала от этого, ибо рассматривалась как более святая область, нежели неодушевленная Вселенная, и поэтому являлась менее подходящим объектом для рационалистического исследования. Рассечение человеческого тела многим казалось совершенно неправильным и либо не делалось вообще, либо если делалось, то это быстро завершалось, во-первых, под действием общественного мнения, а затем при помощи закона. Во многих случаях запрещения рассечений лежат в области религиозных верований (у египтян, например), в которых целостность физического тела требовалась для соответствующего использования в загробной жизни. У других народов, например евреев и позже христиан, рассечение считалось святотатством, потому что человеческое тело было создано по образу Бога и считалось святым.