Поселившись в подходящем месте, выхухоль прежде всего роет норы: основную жилую и несколько временно посещаемых. Каждая нора начинается подводным входом, от которого она тянется вверх, под берег. Если берег пологий, нора может достигать более 12 метров. В крутых берегах зверькам обычно хватает двух-трех метров, чтобы считать их жилище уже достаточно приподнятым над водой. Семейные зимние норы могут иметь сложную структуру: несколько гнездовых камер, два-три выхода. Временные норы устроены гораздо проще — недлинный ход с небольшим расширением в конце.

Если жилая нора — дом выхухоли, то временные норы — это ее садовые павильоны или беседки. Норы одного зверька (или одной семьи) расположены на расстоянии 25—30 метров одна от другой. Примерно столько взрослая выхухоль проплывает за минуту — обычное время между двумя выныриваниями. Между входами в норы в дне водоема прорыты характерные канавки-траншеи. Там, где дно покрыто толстым слоем ила, траншеи могут быть глубиной до полуметра. Стартовавшая из норы выхухоль в поисках корма не мечется по всему водоему, а уверенно и быстро плывет вдоль своей траншеи, хватая сползшую или упавшую туда тихоходную донную живность. Минута — и траншея пройдена, зверек уже у входа в другую нору. Можно, не всплывая на поверхность, зайти в беседку, перевести дыхание, перекусить не съеденной на месте добычей (особенно если ее надо сначала отделить от раковины или домика), почиститься, поискать, не упал ли в нору вкусный дождевой червяк. А затем снова в воду — вдоль следующей траншеи до следующей норы. Для практически слепого существа (крошечные глазки выхухоли не различают даже контуров предметов) такой способ охоты, вероятно, наиболее эффективен. Особенно если учесть завидную прожорливость зверька: за сутки он съедает примерно столько, сколько весит сам.

1. Выхухоль не зря называют водяным кротом: подобно своему сухопутному родичу она постоянно роет норы. Длина некоторых из них превышает 12 метров

2. В природе хохуле редко удается поживиться свежей рыбой. Но когда такие удачи случаются, зверек ест ее с особым удовольствием

Благодаря системе траншей и временных нор выхухоль может кормиться много часов подряд, почти не показываясь на поверхности. Ее густая, мягкая, постоянно смазанная выделениями специальных желез шерсть не промокает никогда. Воздуха в ней всегда столько, что специфический паразит выхухоли — жучок Silphopsyllus desmanae — даже не счел нужным приспособиться к подводному дыханию и прекрасно чувствует себя в шерсти водяного крота, оставаясь воздуходышащим.

Впрочем, когда выхухоль плывет под водой, немного воздуха все-таки выдавливается из-под ее шерсти и всплывает в виде пузырьков. Кроме того, сам зверек постепенно выдыхает набранный в легкие воздух. Плывущая хохуля отмечает свой путь характерной цепочкой пузырьков.

Как ни странно, привычка пускать под водой пузыри оказывается довольно полезной. Когда водоемы покрываются ледком, выхухоль продолжает плавать по своим траншеям. Цепочки пузырьков, всплывая, упираются в лед и по мере его утолщения вмерзают в него. Лед над траншеями оказывается пористым, аэрация под ним лучше, чем в остальных местах водоема, и это дополнительно привлекает мелкую водную живность к охотничьим канавкам выхухоли. А вот весной эти полосы пористого льда оказываются слабыми местами ледяного панциря, ускоряя вскрытие стоячего водоема и не позволяя поднимающейся воде загнать зверьков в смертельную ловушку.

1. Под водой выхухоль движется, загребая широкими лапами. При всей примитивности такой способ плавания обеспечивает нужную скорость и маневренность

2. Хохуля почти ничего не видит. Она полагается на обоняние — свой хоботок и осязание, обеспеченное множеством волосков-вибрисс

Конечно, эффективность этой аварийной системы не абсолютна: при бурном таянии снегов или неожиданном зимнем подъеме воды (например, на зарегулированных плотинами реках) лед не успевает вскрыться и выхухоли гибнут в своих норах, ведь все выходы из них открываются только в воду, то есть под лед. Но даже если эвакуация прошла успешно, паводок — очень тревожное время для этих животных: большинство нор оказываются затопленными, и зверькам приходится спасаться на островках-пригорках или даже на ветвях полузатопленных деревьев. Пожалуй, паводок — это единственное время, когда  выхухолей можно увидеть при свете дня. И хищники (прежде всего пернатые — у четвероногих в это время другие проблемы) этим пользуются.

Но половодье для выхухоли — не только время бездомья и опасности. Это еще и время поиска, встреч, изменений (высокая вода соединяет обычно изолированные друг от друга старицы и озера, позволяя выхухолям расселяться). Именно во время весеннего беспорядка и неустроенности образуются супружеские пары, что сопровождается соперничеством и драками между самцами. В этот период обычно молчаливые хохули обретают голос: самцы громко стрекочут, а самки издают нежные, мелодичные звуки.

Примерно через полтора месяца после этого, в конце мая — начале июня, на свет появляется потомство: обычно 3—5 детенышей, слепых, голых и совершенно беспомощных. Каждый весит всего 2—3 грамма, вдвое меньше новорожденного крысенка. Однако выхухолята довольно быстро растут. Уже в октябре родители, которые не разлучались все лето, хотя отец и не принимал большого участия в заботах о потомстве, могут зачать следующий приплод. Второй пик рождаемости приходится на конец ноября и декабрь, но нередко детеныши появляются и в январе. Выхухоли вообще готовы размножаться в любой сезон — ни холода, ни другие природные неурядицы их не волнуют, лишь бы только рождение и первые недели жизни детенышей не пришлись на паводок.

Моллюски — излюбленная добыча выхухоли. Правда, крупных двустворчатых моллюсков трудно извлечь из раковины, но зверьки с этим справляются

Формально у этих животных в природе множество врагов: в нападении на них замечены выдры , норки, лисы , хорьки , горностаи, собаки, кошки, крупные совы и дневные хищные  птицы, даже вороны и сороки. Но среди них нет, пожалуй, ни одного, кто добывал бы выхухолей регулярно. От четвероногих врагов почти слепого, косолапого и не слишком сообразительного зверька спасает мускус. Грушевидное утолщение в основании его хвоста — это мускусная железа, точнее, множество желез, выделяющих маслянистый, резко пахнущий секрет. Слово moschata — «мускусная» — стало видовым названием выхухоли, а в переводе с английского она так и называется — мускусная крыса. Правда, полагаться только на эту защиту не стоит: хищник, скорее всего, не станет есть добычу с такой отдушкой (ну разве что будучи очень голодным), но задавить все равно может. Поэтому куда эффективнее выхухолей защищает то, что они редко показываются на поверхности земли или воды. Под водой, правда, на них иногда нападают крупные хищные рыбы, но в тех водоемах, где обычно живет выхухоль, щуки и сомы не имеют шансов вырасти большими.

Человек — единственный действительно опасный враг зверька. Еще в первые десятилетия ХХ века хохулю добывали десятками тысяч голов в год ради роскошного меха (мягкого, шелковистого, не знающего износа) и мускусных желез. В 1920 году промысел выхухоли был запрещен. Последующие десятилетия его дважды разрешали (ненадолго и ограниченно), но в 1960-е годы запретили окончательно. Серьезной браконьерской охоты на нее тоже нет. Но при этом выхухолей становится все меньше. В 1950-е годы численность вида измерялась, видимо, сотнями тысяч, в 1970-е всесоюзный учет показал, что в стране живет более 70 000 зверьков (почти все на территории Российской Федерации). Организованный в 2000—2001 годах Центром охраны дикой природы выборочный учет дал оценочную цифру: 30 000—35 000.