Число и тип кораблей, которые составляли флот тамплиеров, доподлинно неизвестны, но все источники называют его «большим» и «могущественным». Также отсутствуют сведения, которые объясняли бы, как эти корабли могли так внезапно исчезнуть в самый подходящий момент. Наиболее приемлемая версия заключается в том, что руководители ордена были предупреждены об опасности своими шпионами при французском дворе или в Ватикане, и располагали несколькими часами или, возможно, парой дней, чтобы избежать опасности. Это объяснило бы, почему корабли были полностью подготовлены к отплытию и на них поднялись готовые к бегству тамплиеры. Согласно некоторым источникам, сам де Моле также взошел той ночью на корабль и был арестован четыре года спустя, когда возвращался для исполнения тайной миссии.

Различные авторы утверждают, что большой флот был разделен не менее чем на две флотилии, которые, покинув порт, поплыли в разных направлениях, чтобы сбить с толку своих преследователей. Часть кораблей направилась в Португалию, другая часть — в Шотландию, и, возможно, третья эскадра вошла в Средиземное море, чтобы укрыться на Сицилии.

Португалия была идеальным местом, где корабли тамплиеров могли, быстро покинув открытое море, укрыться от наблюдения папских кораблей, поскольку находилась относительно недалеко от Ла-Рошели. Кроме того, королевская династия Португалии, в отличие от Франции и Испании, традиционно поддерживала хорошие отношения с орденом. Под покровительством короля Альфонса IV тамплиеры основали альтернативное братство, носившие имя Ордена Рыцарей Христа, первым Великим магистром которого был сам монарх. Впоследствии Великим магистром ушедшего в подполье Ордена Храма будет принц Энрике Мореплаватель.

Известно, что принц Энрике принимал самое активное участие в первых плаваниях к берегам и западным островам Африканского континента и в географических открытиях таких португальских мореходов, таких как Васку да Гама и Педру Алвареш Кабрал. Официальной целью этих экспедиций был поиск морского пути в Индию, поскольку сухопутные караваны подвергались постоянным нападениям со стороны мусульман. Однако очень вероятно, что Энрике, как Великий магистр подпольных тамплиеров, видел древние финикийские и арабские карты, на которых был обозначен огромный неизведанный континент, расположенный к западу от Азорских островов. Возможно, он желал проверить в деле свои корабли и предоставить их капитанам возможность набраться опыта в дальних переходах вдоль берегов Африки, прежде чем отправить межокеанскую экспедицию на поиски потерянного материка. Как мы увидим ниже, мысль о подобном плавании пришла Колумбу после контакта с тамплиерами в Португалии и на Азорах.

Другие корабли из флота тамплиеров отправились в берегам Великобритании, стремясь достичь безопасных портов в Ирландии. Там они вступили в контакт с лидером движения за независимость Шотландии Робертом Брюсом, который вел войну против англичан и их сторонников. Брюс уже контролировал значительную часть территории Шотландии, и на ней не действовали ни папские буллы, ни власть Ватикана, поскольку сам Брюс был отлучен от Церкви за мятеж. Он великодушно принял тамплиеров, которые в свою очередь оказали ему поддержку в его кампании против Англии и ее местных союзников.

Хроники сообщают, что 24 июня 1314 года Брюс с шеститысячной армией противостоял двадцати тысячам английских солдат в решающем сражении при Баннокберне. Отваги и мужества восставших не хватало для того, чтобы восполнить численное превосходство противников, и чаша весов склонялась на сторону англичан. В этот момент позади арьергарда шотландцев появился взвод всадников, вступивших в бой под своими собственными знаменами. Когда англичане узнали эмблемы тамплиеров и увидели алый восьмиконечный крест на груди рыцарей, они обратились в беспорядочное бегство, уступив победу Роберту Брюсу.

После поражения англичан Шотландия стала независимым королевством, не имеющим каких-либо обязательств перед Папой. Орден тамплиеров существовал там открыто и приобрел в собственность ряд земельных наделов, большинство из которых находились к северу от Глазго. Тамплиеры процветали под защитой семьи Сен-Клер, или Синклер, владетелей Росслина, высокородных дворян датского происхождения, состоявших в родстве с Вильгельмом Завоевателем и Стюартами, королевским родом, к которому принадлежала супруга Роберта Брюса, правившим в Шотландии с 1371 года, а в Англии с 1603 по 1714 год.

Тамплиеры сражались под Баннокберном под командованием Генри Синклера, которому Брюс пожаловал княжество Росслин и Оркнейские острова. Некоторые источники указывают, что Синклер владел картами, составленными древними финикийцами и арабами, на которых были обозначены неизвестные земли, расположенные к западу от моря Океан. Великий шотландский магистр решил попытаться достичь этих земель, возможно связанных с пропавшей Атлантидой, и отправил на запад большую морскую экспедицию, о которой пойдет речь в одной из следующих глав. Другая часть его флота вышла в открытое море без заданного курса, возможно собираясь напасть в открытом море на католические корабли.

Без сомнения, те вышедшие из Ла-Рошели корабли, которые добрались до Сицилии, также нашли там надежное укрытие. В середине XI века юг Италии был завоеван викингами, которые разбили занимавших эту область византийцев и арабов. Они образовали на этих землях норманнское королевство, первым королем которого был тамплиер скандинавского происхождения Роберт Евискар. В начале следующего века его наследник Рожер II расширил свои владения и, приняв титул короля Сицилии, завел изысканный двор в Палермо. Рожер II был веселым и щедрым государем, любящим жизнь и понимающим в искусстве. Его подданные называли его le joyeux Roger(веселый Роджер). Во время его правления армия и флот Сицилии вели боевые действия под одним из знамен Ордена Храма, изображавшим череп и две скрещенные берцовые кости на черном фоне, который англичане прозвали Jolly Rogerи который и сегодня можно видеть на барельефах, украшающих могилы некоторых тамплиеров в Шотландии.

Когда век спустя в Сицилию прибыли корабли Ордена Храма, спасавшиеся от преследования Инквизиции, они выбрали своим флагом Веселого Роджера. Через некоторое время мрачное черное знамя развевалось на всех тамплиерских кораблях как символ тайной войны против Ватикана.

Занявшись морским разбоем, Орден Храма преследовал цель не только увеличить свои и без того огромные богатства или захватить новые корабли для своего флота. Тайной мечтой тамплиеров было разрушить власть Ватикана, для чего они нападали на корабли тех стран, которые подчинялись власти Папы и укрепляли гегемонию Католической церкви. С этой целью тамплиеры, обосновавшиеся в Шотландии и Англии, искали сообщников среди норманнских пиратов, которые продолжали заниматься своим ремеслом, а осевшие на Сицилии храмовники заключали с пиратами-берберами с берегов Африки кратковременные союзы, сменявшиеся периодами кровавых столкновений.

Берега Испании, отделенные естественной границей от стран африканского Магриба, на протяжении столетий страдали от нападений пиратов-сарацинов, что вынудило их жителей возвести ряд защитных сооружений вдоль средиземноморского побережья. В испанском языке до сих пор существует поговорка о маврах на берегу, которой описывается опасная или вызывающая тревогу ситуация. Однако в XIV и XV веках существовали также андалузские, валенсийские или каталонские пираты, которые оспаривали воды Средиземного моря у генуэзских и провансальских корсаров и иногда вступали в конфликт с пиратами-мусульманами. Сходную деятельность, сочетавшую пиратство с торговлей и контрабандой, осуществляли португальские пираты, имевшие африканскую базу в Сеуте. Для полноты картины нужно упомянуть плававших по этим водам пиратов из Наварры, Майорки и Сардинии. Этническая и религиозная однородность не являлась необходимым условием подбора команды, и часто пленные сарацины становились членами экипажа европейских кораблей, а капитаны мусульманских кораблей заключали контракты с христианскими наемниками. Типичным примером подобной непоследовательности служит история каталонского пирата Бартоломео Перпиньи, который во второй половине XV века держал в страхе валенсийскую морскую торговлю, плавая под парусами мусульманского государства Гранады.