Новые политические веяния конца 50-х — начала 60-х годов заметно отразились на жизни университетов. Уже в конце 50-х годов попечителями учебных округов стали назначаться вместо генералов — Назимова, Кокошкина, Васильчикова — штатские: попечителем московского учебного округа стал сенатор Е. П. Ковалевский, петербургского — князь Г. А. Щербатов, киевского — известный ученый-медик Н. И. Пирогов.

Большие изменения произошли и в преподавательском составе университетов. «50% преподавателей, работавших в университетах в 1854 году, к концу 1862 года выбыли. К осени 1861 года 47,5% преподавателей были новыми. Перемены затронули все университеты. Особенно велики они были в Петербургском и Казанском, где выбыло соответственно 58,3 и 61% и вновь поступило 59 и 58,8% всего состава». ⁷⁰Места старых консерваторов-профессоров занимали молодые, прогрессивно настроенные ученые. В Петербургском университете был забаллотирован профессор русской истории Н. Г. Устрялов — один из ведущих историографов николаевской эпохи, и на место его избран Н. И. Костомаров, незадолго перед тем возвратившийся из ссылки, на которую был осужден по процессу Кирилло-Мефодиевского общества. На юридический факультет были приняты ученый-просветитель Д. И. Мойер и К. Д. Кавелин — правовед, историк и социолог, видный общественный деятель либерального направления. На естественном отделении физико-математического факультета Петербургского университета стали читать лекции будущий великий ученый, тогда же молодой приват-доцент Д. И. Менделеев, высокоодаренный химик Н. И. Соколов и А. Н. Бекетов — известный ботаник, человек прогрессивных взглядов, позднее ставший ректором университета.

Постепенно стали меняться характер и содержание университетских лекций. Профессора информировали студентов о современных достижениях европейской науки, новых научных теориях. В 1864 году появился перевод на русский язык книги Ч. Дарвина «Происхождение видов», совершившей переворот в науке. Большее место в лекционных курсах стало отводиться освещению западноевропейской литературы, истории, права. Активизировались и научные публикации — в начале 60-х годов вышли из печати новые тома «Истории Руси с древнейших времен» Соловьева, «Исторические монографии и исследования» Костомарова, курс ботаники Бекетова. Появилась возможность для заграничных стажировок студентов и научных командировок преподавателей университетов. Новым явлением в университетской жизни стали научные дискуссии.

В 1860 году в Петербургском университете прошел публичный диспут между Костомаровым и Погодиным. Поводом послужило выступление первого против норманнской теории. Сторонник теории Погодина придал научному спору открытый характер и стал инициатором дискуссии, которая вызвала большой общественный интерес. Актовый зал университета во время диспута был переполнен молодежью.

Современница вспоминала: «Сидели по двое на одном стуле... сидели на коленях друг у друга, на окнах, на полу». ⁷¹Симпатии слушателей в основном были на стороне Костомарова. Стремление университетских ученых распространять научные знания проявилось и в чтении публичных лекций, которые ранее подвергались административным гонениям. При Вольном экономическом обществе с конца 50-х годов возобновились публичные лекции по широкой программе, профессор Петербургского университета С. С. Куторга прочел там целый курс «О человеке и природе». В Казани профессора университета Ешевский, Бабст, Булич и Пахман читали лекций гуманитарного цикла. В Петербурге товарищество «Общественная польза» даже открыло зал для публичных лекции в Пассаже. Там читали лучшие профессора университета:

Ленц, Загорский, Ходнев, Цонковский. Билеты брались нарасхват. Лекции проходили при переполненном зеле. На каждой присутствовало не менее 300, часто до 500 и более человек.

Изменения происходили и в студенческой жизни. Постепенно исчезал дух казарменной дисциплины, полицейского контроля. По словам современника, «начался ряд освободительных действий», в результате которых студенты почувствовали себя свободнее: «начали курить в стенах университета... О ношении треуголок и шпаг начальство уже не заикалось; их сдали в архив даже франты-беложилетники... Вместе с тем, начали появляться в университете студенты с косматыми гривами и усами... Все это были мелочи, но они несказанно поднимали дух и укрепляли...». ⁷²

Бедность большинства студентов, непривилегированность социального положения: выходцы из мелкопоместного дворянства, духовного сословия, мещанства, они, оторвавшиеся от своего сословия, по существу были разночинцами — все это воспитывало в них самостоятельность поступков и суждений, привычку рассчитывать только на свои силы, непримиримость к несправедливости.

Любознательность таких юношей проявлялась не только в науке, но и в активном интересе к общественной жизни. Наряду с этим возникали стремления обсудить университетские проблемы, свое положение. Так, студенты Петербургского университета стали выпускать листки, в которых «помещались сведения о том, что обсуждали и что порешили на той или другой сходке, отчеты о действиях кассы (взаимопомощи — Н. Я.), распоряжения старост... сатиры на профессоров и студентов». Однако вскоре редакторы и сотрудники листков были вызваны к попечителю князю Щербатову, который обязал их представлять ему тексты листков. Естественно, что дальнейшее распространение их прекратилось. Эта и подобные административные меры вызывали возмущение студентов, усиливавшееся всем происходившим в стране. «Сверху предпринимался ряд либеральных мер, — писал современник. — Общество выражало большое сочувствие им, вместе с тем роптало, волновалось, протестовало по поводу злоупотреблений и беззаконий, какие встречались на каждом шагу. Сатирические листки, с „Искрою” во главе, взапуски обличали их; в газетах печатались протесты с десятками подписей...». ⁷³Начались массовые сходки студентов, которым пыталось препятствовать начальство. В Московском университете, «когда очень многолюдная сходка хотела собраться в большой актовой зале старого университета, начальство распорядилось запереть двери этой залы; но это повело лишь к тому, что толпа выломала двери и, войдя в залу, устроила тем сходку...». Постепенно студенческие собрания стали носить политический характер. «...Несомненно, — свидетельствует участник сходки, —что в числе ораторов, говоривших на сходках и вообще руководителей движения были и прямо политические ораторы, находившиеся в связи с тайным обществом „Земля и Воля”, распространившим в то время деятельность свою по всей России». ⁷⁴

Студенческие сходки и выступления стали вызывать тревогу в правительственных кругах. «Государь, — записал в своем дневнике профессор Петербургского университета, редактор «Северной почты» А. В. Никитенко, —- призвал к себе министра (Ковалевского — Н. Я.)и объявил ему, что такие беспорядки, какие ныне волнуют университеты, не могут быть терпимы, и что он намерен приступить к решительной мере — закрыть университеты». ⁷⁵Честный и умный, по словам того же Никитенко, Ковалевский возражал против этих крайних мер, но, не сумев успокоить студенческие волнения, был заменен не посту министра просвещения г. Путятиным, попытавшимся силой воздействовать на движение. Когда в Московском университете состоялась грандиозная студенческая демонстрация в день памяти профессора Т. Н. Грановского, то на следующий день 24 человека из ее участников были арестованы.

В мае—июне 1861 года правительством были приняты постановления о запрещении студенческих сходок и собраний, а также об освобождении от платы за учение не более двух студентов из каждой губернии, что закрывало двери университетов для малоимущих. Но эти меры только подлили масло в огонь. «Для возбуждения университетских волнений, — писал студент Киевского университета, — явился новый повод в только что изданных для студентов правилах, применение которых во всех почти университетах встречено было ропотом и даже сопротивлением». ⁷⁶В ответ на эти правительственные указы возникли крупные студенческие волнения во многих университетах. В Киевском университете в связи с арестом студента Пеньковского начались массовые сходки. Особенно значительными были выступления студентов в Москве и Петербурге, где уличная демонстрация была разогнана полицией. «Господствующее настроение между студентами было самое крайнее: ненависть к власти... протест против существующего порядка вещей, доходивший до полного отрицания какого бы то ни было с ними компромисса» ⁷⁷, — вспоминал участник этих событий.