Несмотря на все трудности, творческая активность университетских ученых получила в этот период воплощение в ряде выдающихся научных работ: математика П. Л. Чебышева, физика А. Г. Столетова, механика Н. Е. Жуковского. Историческая наука обогатилась завершающими томами «Истории России с древнейших времен» С. М. Соловьева (1878-1879), в это же время вышли в свет «Общинное землевладение...» М. М. Ковалевского, «Боярская дума в древней Руси» В. О. Ключевского и др.

Общедемократический подъем конца 70-х — начала 80-х годов оказал огромное воздействие на университеты. Под влиянием растущего общественного возбуждения, активизации революционной деятельности народников студенты начали принимать все более деятельное участие в разного рода публичных мероприятиях: юбилеях прогрессивных писателей, петициях, похоронах передовых общественных деятелей, затем сходках и демонстрациях. С весны 1878 года передовое студенчество принимает активное участие в общественных выступлениях против произвола властей. Многочисленные сходки в университетах страны прошли в связи с политическим «процессом 193-х». «Печать и высшая школа всегда являлись у нас наиболее чувствительными и нежными барометрами для определения политической погоды», ⁸³— писал в своих воспоминаниях замечательный русский ученый-историк А. А. Кизеветтер.

Осенью и зимой 1878 года студенты Петербургского, Харьковского и Московского университетов обратились с петицией к наследнику престола великому князю Александру Александровичу (будущему императору Александру III). В петиции содержались просьбы о предоставлении корпоративных прав, разрешения касс взаимопомощи, сходок и других «прав человека». Подобные петиции подавались и студентами Петербургской Медико-хирургической академии. Харьковского ветеринарного института и других высших учебных заведений страны. В ряде случаев студенческие демонстрации были разогнаны полицией и казаками.

Академический конфликт стал приобретать политический характер.

В ответ на студенческие волнения правительство в изданных в 1879 году «Временной инструкции для университетской инспекции» и «Правилах для студентов» постановило: студенческие сходки, собрания, спектакли, а также подачу адресов и петиций запретить, усилить полицейский надзор за студентами. В обязанности инспектора теперь входило наблюдение за студентами во внеучебное время — посещение их квартир, вечеринок, изучение характера, интересов, дружеских связей каждого студента.

Однако дальнейшее нарастание революционной ситуации в период 1879-1881 годов притормозило последующие репрессивные меры против университетов и опубликование готовящегося нового университетского устава.

Лишь в августе 1884 года был обнародован новый университетский устав, явившийся «детищем» Д. Толстого, а позднее назначен министром просвещения И. Д. Делянов, который «был решительным врагом всяких либеральных веяний и являлся неизменным оруженосцем Победоносцева и Толстого».

Новый устав 1884 года был принят без предварительного одобрения Государственным советом, многие члены которого выступили с серьезными возражениями. Утвержденный императором устав, по выражению Б. Н. Чичерина, обезглавил университеты и «перевернул вверх дном». Показательно, что реакционная печать дала высокую положительную оценку уставу 1884 года «Московские Ведомости» писали, что в новом уставе «не допущено никаких искажающих дело компромиссов, не сделано никаких поблажек самодурству... Историческое дело благоустройства учебного дела в России, выпавшее на долю Толстого, получило теперь свое завершение... Надо всем простирается направляющий и контролирующий надзор государственной власти». Действительно, новый устав практически упразднил автономию университетов — был введен строжайший контроль министерства за преподавательской деятельностью, учебной программой и учебными планами университетов; министерство повышало и увольняло по представлению попечителя профессоров, «избирало» ректора и деканов факультетов. Историк А. А. Кизеветтер впоследствии так оценил значение устава: «Университетский устав 1884 года устанавливал некоторые полезные нововведения... совершенно ниспровергал университетскую автономию, сводил к нулю самостоятельность совета профессоров, уничтожал выборное начало в строе управления университетом, отменял выборы ректора и деканов и превращал ректора и деканов в чиновников назначаемых: ректор — министром народного просвещения, деканы — попечителем учебного округа». ⁸⁴

В «Соображениях о приведении в действие постановлений нового устава» подчеркивалось политическое значение университетов: «университет как учреждение государственное не может не иметь политической цели», поэтому «...университетское воспитание... должно быть на службе государственных интересов и правительственной власти». Отсюда вытекало требование, чтобы «профессора в политическом отношении сознавали себя органами правительства и обязанными следовать его видам». Выборы профессоров не могут быть предоставлены «случайностям и пристрастиям», а должны быть результатом «внимательного и подробного обсуждения с решающим голосом центральной власти». Во время таких «избраний» профессоров и доцентов главное внимание обращалось на их «благонадежность» и образ мыслей. При этом наряду с прискорбными случаями увольнения способных ученых и педагогов случались и курьезы. Так, один доцент Харьковского университета (впоследствии видный ученый) был «оставлен за штатом», то есть не принят на должность, так как, «по частным сведениям», один его доклад на археологическом съезде в Одессе был признан не соответствующим официальной концепции. Однако впоследствии оказалось, что упомянутый доклад был сделан совсем другим человеком. ⁸⁵

Решающее влияние на жизнь университета получил инспектор. Не будучи преподавателем, он, тем не менее, мог теперь совместно с деканом обсуждать распределение часов, содержание лекций и даже научные вопросы.

Поскольку одной из главных целей устава являлось стремление сделать невозможными студенческие беспорядки, то инспекторское наблюдение за студентами было "настолько усилено, что, по существу, приближалось к полицейской слежке.

«Сыск и шпионство царили в университетах, — писал позднейший исследователь. — В Казанском они проявлялись, кажется, в особо грубых формах... Там вводить устав 1884 года был назначен новый попечитель из ретивых директоров гимназий, некто Масленников—господин, как говорили, сделавший карьеру по протекции какой-то влиятельной монахини... Приступив к вылавливанию из студенческой среды крамольников, Масленников нашел себе хорошего помощника в лице... инспектора Потапова, который почти каждого студента почитал личным врагом». ⁸⁶

Совершавший инспекторскую поездку председатель ученого комитета министерства народного просвещения А. Георгиевский также положительно оценил деятельность казанского инспектора, его «тщательное наблюдение за студентами», особо подчеркнув, что «инспекция в Казани была поставлена в правильные отношения к общей полиции и жандармскому управлению». ⁸⁷

Устав 1884 года внес изменения и в учебные планы университетов, при этом большой урон претерпело историко-филологическое образование. Было уничтожено деление историко-филологических факультетов на историческое, славяно-русское и классическое отделения. Основными предметами для студентов этого факультета стали древние языки, древняя история и мифология.

Бывший студент этого факультета, впоследствии академик С. А. Жебелев писал: «Из всех университетских факультетов факультеты историко-филологические были затронуты уставом 1884 года наиболее чувствительно. Строго говоря, эти факультеты, как таковые, были упразднены... В них сохранялась одна лишь классическая филология, понимаемая, опять-таки, не научно, а под определенным углом зрения...». «Министр просвещения, — иронично продолжал мемуарист, — убежденный в том, что классическая филология — альфа и омега всех гуманитарных дисциплин, что в ней залог блага и спасения России... задумал... взрастить возможно большее количество филологов-классиков, как самый надежный оплот отечества...». ⁸⁸