Главным в Иерусалиме был недавно назначенный патриарх Софроний. Это был греческий церковник, образованный и утонченный — живой контраст грубым бедуинам. Для Софрония явление арабов было знаком гнева Господа на грехи христианских народов. В пылкой проповеди он обрушился на верующих: «Отчего идут на нас войной? Отчего умножились вторжения варваров? Отчего восстали на нас ряды сарацин? Отчего не унимается кровопролитие? Отчего птицы небесные пожирают тела людей? Отчего осмеян Крест? Отчего на самого Христа, подателя всех благ и светоча нашего, воздвигается хула устами варваров? Сарацины, — продолжал он, — нежданно поднялись против нас за грехи наши и истребляют все в жестоком зверстве с нечестивой и безбожной дерзостью». Вот подлинный голос высокой греческой культуры, устрашенной и отчаявшейся при виде завоевания Сирии мусульманами.

При всем презрении и отвращении к арабам военное положение вынудило Софрония вступить с ними в переговоры. Он, однако, настаивал, что сдаст город только самому халифу Умару. Сдача Иерусалима вошла в историю и легенды и изобилует примерами для тех, кто интересуется отношениями между мусульманами и христианами.

Возможность представилась, когда Умар посетил Сирию. Как обычно, арабские истории противоречат друг другу относительно времени этого события и даже относительно того, побывал ли там халиф один раз или несколько. Наиболее вероятный сценарий таков: халиф прибыл в Джабийю в 637 или 638 году. Пока он находился там, решая множество административных вопросов, к нему прибыла делегация из Иерусалима для выработки условий. Посланцы приехали верхом и с мечами, и кое-кто в мусульманском лагере принял их за вражеский отряд. Однако халиф, в своей неизменной мудрости, уверил всех, что те прибыли лишь для переговоров. До нас дошел предполагаемый текст соглашения:

Далее приводится список свидетелей, в том числе Халида ибн аль-Валида, Амра ибн аль-Аса и будущего халифа Муавийи ибн Аби Суфйана. Действительно ли текст передает соглашение с Умаром или это древняя подделка, с точностью сказать нельзя, но он дает четкое представление об отношении мусульман к новым христианским подданным. Тот факт, что он подписан именем Умара, безусловно, добавляет ему весомости и авторитета. Упор на безопасность религии не удивляет, учитывая особый статус Иерусалима. Гораздо удивительнее заверение, что в городе не позволено будет селиться иудеям. Этот запрет был особенностью римского закона, и тот факт, что мусульманский источник подтверждает его, говорит о том, что христиане сумели провести свою линию в переговорах. Любопытны некоторые статьи, которые бросают свет на обстоятельства жизни города. Разрешение на отъезд греческих чиновников указывает на эмиграцию высших слоев общества и управленцев, а статья о сельских жителях, оказавшихся в городе, явно отражает современные обстоятельства.

Умар лично посетил город. Наиболее полный отчет о его визите представлен в хронике араба-христианина Сайда ибн аль-Батрика, известного также под христианским именем Евтихия Александрийского. Он писал в XI веке, но сохранял традицию, подчеркивавшую, что Умар обеспечил безопасность христиан в Святом Городе. Согласно его описанию, Софроний приветствовал Умара при въезде в город, и горожанам были даны гарантии сохранности их имущества и свободы религиозных обрядов. Когда настало время молитвы, патриарх предложил халифу помолиться в церкви Гроба Господня, но Умар отказался, сказав, что в этом случае мусульмане станут видеть в ней свою святыню и она будет потеряна для христиан. Затем он составил документ, в котором мусульманам запрещалось молиться в притворах церквей, и в результате церкви с тех пор оставались в руках христиан. Затем Умар потребовал выделить участок для постройки мечети, и патриарх за руку отвел его на гору, где когда-то стоял храм Ирода. Повествование явно составлено с целью закрепить статус иерусалимских христиан непререкаемым авторитетом самого халифа Умара.

Согласно арабской традиции, Умара направлял некий Кааб ибн Абхар, обращенный в ислам еврей, который якобы ввел в новую религию множество иудейских рассказов и преданий. В ответ на вопрос халифа Кааб предложил в тот день обратиться для молитвы к скале, выдававшейся в центре площадки, однако Умар отверг его предложение, пояснив, что для этой цели Господь назначил Каабу в Мекке. Умар отлично знал, что на этом участке стоял великий храм иудеев, разрушенный римлянами после великого восстания иудеев в 70 году н. э. и в византийские времена остававшийся грудой щебня. Он сам подал пример, начав расчищать площадку, и другие присоединились к нему. Возможно, он приказал выстроить там простое здание для молитвы. Известно, что паломник из Европы, христианин Аркульф, посетивший Иерусалим после мусульманского завоевания, но до начала строительства мечети в 685 году, нашел, что это место почитается мусульманами. По этой причине Купол Скалы иногда ошибочно называют мечетью Умара (или Омара).

К 640 году вся Сирия, за исключением одного-двух прибрежных городов попала под власть мусульман. Северной границей мусульманских владений стала Антиохия, древний город Кирхус и Манбидж. Здесь поставили гарнизон, а местные жители с радостью доносили мусульманам о приближении византийских войск. Впрочем, в тот момент византийцы были слишком обескуражены поражением, смертью в 641 году императора Ираклия и последовавшей за ней борьбой за императорский титул, чтобы предпринимать попытки контрударов.

Окончательное завоевание Сирии открыло мусульманским армиям путь через Евфрат и начало завоевания Джазиры. Арабское слово «джазира» означает «остров», но начиная с VII века этот термин применялся для обозначения «острова» между Тигром и Евфратом на территории современных Сирии и Ирака. С севера Джазиру ограничивали горы Антитавр на юго-востоке от Анатолии. Граница шла примерно параллельно современной границе Турции. Ландшафт там представляет собой более или менее плоские открытые равнины и пустыни. Историк более позднего времени отмечает: «Джазира сильно напоминает Средиземноморье — море степей, разделенное архипелагами речных долин и холмов, неравномерно заселенное по берегам». Эту местность объединяет характер ландшафта, сообщение здесь легкое и быстрое, но ко времени мусульманского завоевания район был разделен между Византией на западе и землями Сасанидов на востоке. Граница проходила близ древнего города Нисибия, примерно соответствуя современной сирийско-иракской границе. Это разделение предопределило пути завоевания Междуречья: мусульманские силы с запада захватывали земли Византии, войска из Ирака занимали бывшие Сасанидские владения на востоке.

В речной долине находилось множество древних городов. Самым знаменитым среди них была Эдесса, один из центров древнего христианства. По преданию, в I веке н. э. царь Абгар стал первым из монархов, принявших христианство. Главный собор, ныне полностью разрушенный, был одним из величайших христианских сооружений на Востоке. Город был и важным политическим центром — Ираклий обосновался в нем в конце сирийской кампании.