Убийство ал-Амира ввергло исма'илитов муста'литов в новый кризис, расколовший их общину на фракции хафизии таййиби 48 .Фатимидский халифат, в свою очередь, тоже был на грани распада, раздираемый непрерывными династическими, религиозными, политическими и военными кризисами. Согласно традиции муста'литов таййибитов, уал-Амира, за несколько месяцев до его смерти, родился сын, нареченный ат-Таййибом. Эти сведения подтверждаются посланием ал-Амира, адресованным сулайхидской королеве Йемена. Историческая реальность факта рождения ат-Таййиба также подтверждается летописцами, и среди прочих — Ибн Муйассаром 49. Ат-Таййиб был сразу же назначен наследником ал-Амира, однако после кончины халифа власть была узурпирована его двоюродным братом Абу-л-Маймуном 'Абд ал-Маджидом, внуком ал-Мустансира, в то время самым старшим членом клана Фатимидов.
'Абд ал-Маджид правил официально как регент, сумев скрыть существование ат-Таййиба, о чьей последующей судьбе историкам ничего не известно. Вскоре после этого, пока 'Абд ал-Маджид оставался у власти в качестве регента (вали 'ахд ал-муслимин),Абу-л-'Али Ахмад, озванный Кутайфатом, сын ал-Афдала 6. Бадра ал-Джамали, был провозглашен армейскими группировками везиром. Через некоторое время после его вступления в должность, что, несомненно, остается наиболее загадочным событием во всей истории династии Фатимидов, Кутайфат арестовал 'Абд ал-Маджида и объявил о вступлении во власть двенадцатого имама, или Махди исна'ашарийа,находившегося в сокрытии с 260/874 года. Кутайфат, с тех пор ши'ит двунадесятник, отчеканил в Каире монеты, именуя себя представителем (на'иб)скрытого имама. Это было гениальным — хотя и временным — решением проблемы наследования халифата и имамата Фатимидов в отсутствие законных претендентов.
В 526/1131 году Кутайфат был свергнут и убит во время очередного переворота, организованного сторонниками династии Фатимидов. 'Абд ал-Маджид был освобожден из тюрьмы и восстановлен у власти. Поначалу он снова правил как регент, но три месяца спустя в раби' II 526/ феврале 1132 года он был провозглашен халифом и имамом с титулом «Ал-Хафиз ли-Диналлах»; исма'илизм был восстановлен в качестве официальной религии государства Фатимидов. Незаконное вступление ал-Хафиза в права наследства, поскольку его отец не правил перед ним, было легитимизировано в послании, распространенном канцелярией Фатимидов и провозглашавшем, что ал-Амир лично назначил своего двоюродного брата, ал-Хафиза, своим наследником, так как и Пророк когда-то назначил в Гадир Хумм своего двоюродного брата 'Али руководить мусульманами 50. Этот документ давал «законное» основание, по которому правление Фатимидов, впрочем уже весьма шаткое, длилось еще четыре десятилетия.
Провозглашение ал-Хафиза имамом вызвало большой переполох в исма'илитской муста'литской общине. Как и в случае раскола между низаритами и муста'литами, оно было поддержано штаб-квартирой да'вав Каире. И, следовательно, также получило одобрение большинства зависевших от режима Фатимидов исма'илитов муста'лиЕгипта и Сирии. Эти исма'илиты, признав ал-Хафиза и поздних Фатимидов своими имамами, стали известны как хафизиты. Иная ситуация сложилась в Йемене, где ожесточенный спор велся с позиции политики силы внутри муста'литской общины. В результате исма'илиты муста 'лиЙемена сами распались на две фракции. Зурайиды Адана и некоторые из Хамданидов Саны, завоевавшие независимость от Сулайхидов, поддержали теперь дело хафизи.Фактически Зурайиды возглавили хафизитский да'вав Йемене в качестве да`и ад-ду'ат,С другой стороны, сулайхидская правительница, утратившая к этому времени иллюзии насчет Каира, поддержала ат-Таййиба, признав его наследником ал-Амира и имамата. Эти исма'илиты муста'лиЙемена, как и ряд мелких групп в Египте, и Сирии, поначалу были известны как амириййа,но позднее, после установления независимого таййибитского да'ва,были названы таййибитами. Так, к 526/1132 году некогда объединенный исма'илитский да'ваи единая община времен ал-Мустансира были навсегда разделены на соперничающие низарп, хафизии таййибифракции, враждебно настроенные друг по отношению к другу.
Как и ал-Хафиз, поздние Фатимиды были признаны имамами ис-ма'илитами хафизи муста'ли.В Египте продолжали сохраняться ранние фатимидские исма'илитские традиции. Организационно эти традиции включали центральный аппарат да'вав Каире и назначение определенных лиц на должности да`и ад-ду'ати кади ал-кудат,а также проведение «собраний мудрости». Однако да'ва хафизи былтеперь ограничен почти исключительно фатимидским Египтом и частью Йемена. С деятельностью да 'во.был тесно связан Дар ал-'илм. В 526/ 1132 году этот институт был переведен в Каир в новое, находившееся вне фатимидского дворца здание, где продолжал функционировать до тех пор, пока не был закрыт с падением династии Фатимидов. Теологи хафизиэтого периода интенсивно занимались литературной деятельностью. Однако да'ва хафизи непережил падения государства Фатимидов; исма'илизм хафизивскоре исчез окончательно и уже не осталось общин хафизи,способных хранить свою литературу.
В последние десятилетия правления Фатимидов Египет был охвачен всевозможными внутренними и внешними конфликтами, а молодые халифы оказались лишь беспомощными зрителями. Предпоследний халиф Фатимид, ал-Фа'из, наследовал своему отцу, аз-Зафиру, (544—549/1149—1154) в возрасте 5 лет. Когда через 5 лет в 555/1160 году он бездетным отошел в мир иной, династия Фатимидов и имамат хафизистолкнулись с еще одной серьезной проблемой наследования. Ибн Руззик, фатимидский везир и полновластный хозяин государства, посадил на трон другого внука ал-Хафиза, с титулом «Ал-'Адид ли-Дйналлах». В то время ал-'Адиду, которому суждено было стать последним представителем своей династии, исполнилось лишь 9 лет.
Номинальное правление ал-'Адида являло собой наиболее беспокойный и запутанный период в истории Фатимидов. Власть была сконцентрирована в руках нескольких временных везиров, отчаянно интриговавших друг против друга. Свои нашествия возобновили и франки, практически установив над Египтом протекторат. В этих условиях фатимидский везир Шавар, свергутый в 558/1163 году, получил убежище при дворе Нур ад-Дина в Сирии, надеясь на помощь зангидского правителя в деле возвращения должности везира. Нур ад-Дин, преследуя собственные экспансионистские устремления, отправил Шавара в Египет, снарядив ему в помощь отряд под командованием Асад ад-Дина Ширкуха. В эту экспедицию Ширкух отправился в обществе своего племянника Салах ад-Дина б. Аййуба (Саладина), будущего основателя суннитской династии Аййубидов.
Шавар был восстановлен в должности везира, но позднее, в 564/ 1169 году, в ходе третьей экспедиции Зангидов, вновь под предводительством Ширкуха, был арестован и убит. После этого ал-'Адид был вынужден назначить везиром уже самого Ширкуха, и, когда спустя несколько месяцев тот умер, ему наследовал в должности везира Саладин, некогда сопровождавший своего дядю в Каир. Саладин, последний из фатимидских везиров, отдавал все силы подготовке почвы для свержения династии Фатимидов и подавления исма'илизма в Египте — целям, которые преследовал Нур ад-Дин. Формально Саладин положил конец правлению Фатимидов, когда 7 мухаррама 567/10 сентября 1171 года прочел в Каире хутба,упомянув правившего аббасидского халифа, что символизировало возвращение Египта к суннитскому исламу. Несколько дней спустя ал-'Адид, четырнадцатый и последний халиф-имам, скончался в результате скоротечной болезни. Фатимидское государство прекратило, таким образом, свое существование через 262 года после основания. После смерти Нур ад-Дина в 569/ 1174 году Саладин провозгласил независимую династию Аййубидов, которой почти три века было суждено править Египтом, Сирией, Йеменом и другими областями Ближнего Востока.