Если на ход Кавказской войны значительно повлияли духовные наставники горцев шейхи Магомед Ярагинский и Джамалуддин Казикумухский, то после ее окончания большое влияние приобрел шейх Кунта-Хаджи Кишиев из чеченского аула Илсхан-юрт. Кунта-Хаджи проповедовал учение тариката кадирийа, которое позже стали называть «зикризмом». Как отмечал В. X. Акаев, автор книги «Шейх Кунта-Хаджи: жизнь и учение»: «…В своих проповедях и наставлениях он осуждал кровопролитие как богопротивное дело, призывал горцев к ненасилию, милосердию, братской помощи, мирному укладу жизни».

В послевоенной атмосфере неопределенности и тревожного ожидания перемен народ нуждался в духовной опоре и воспринял учение миротворца. Последователями шейха становились не только простые горцы, но и бывшие сподвижники Шамиля. Царские власти поначалу не увидели в учении Кунта-Хаджи ничего опасного. Но когда число последователей шейха стало стремительно увеличиваться, приобретая очертания объединяющей силы, администрация забеспокоилась. Шейх и множество его последователей были арестованы. Сторонники шейха подняли восстание, требуя освободить арестованных. На усмирение восставших были брошены войска. У села Шали произошел бой, стоивший обеим сторонам больших жертв.

Кунта- Хаджи с ближайшими сподвижниками был отправлен в ссылку, откуда уже не вернулся. Но в народе он приобрел значение «эвлии» - святого и у него по-прежнему много последователей. О Кунта-Хаджи сложены народные песни.

С начала 1850-х годов князь А. И. Барятинский, тогда еще не наместник, а начальник левого фланга Кавказской линии, стал вводить для управления подконтрольной частью Чечни наибства и словесные суды, к которым горцы привыкли в Имамате. Восстановлено было и сельское самоуправление, но под контролем военных или царских чиновников. Подобная система впоследствии получила название военно-народного управления.

После завершения Кавказской войны 1817-1864 годов началась постепенная замена военного управления Северным Кавказом на гражданское. В 1860 году вместо правого и левого флангов Кавказской линии были созданы Кубанская и Терская области; Черноморское казачье войско стало называться Кубанским, а Кавказское линейное - Терским.

Горское население Кубанской области в 1865 году было распределено по пяти военно-народным округам: Псекупскому (сюда вошли аулы западных черкесов по среднему течению Кубани и нижнему течению реки Псекупс), Лабинскому (объединял черкесов, живших по рекам Лабе и Белой), Урупскому (черкесы, ногайцы и армяне, жившие по Урупу и его притокам), Зеленчукскому (черкесы, абазины и ногайцы по рекам Большой и Малый Зеленчук) и Эльбрусскому (карачаевские и абазинские аулы по Куме и ее притокам). Прежние феодальные владения упразднялись. Функции и штаты военно-окружных управлений были определены в специальном «Положении», утвержденном наместником и главнокомандующим Кавказской армией великим князем Михаилом Романовым 20 января 1866 года.

На Западном Кавказе, ввиду небольшого количества горского населения (к концу 60-х гг. XIX в. его оставалось около 87 тыс. чел. - 6% от прежнего состава), а также в связи с наплывом переселенцев из южных и центральных губерний России, военно-народные округа уже в 1871 году были упразднены и введено традиционное гражданское управление. Кубанская область подразделялась на 5 уездов: Ейский, Темрюкский, Екатеринодарский, Майкопский и Баталпашинский. Основная масса горского населения проживала в трех последних уездах. Южные районы области, ранее населенные черкесскими племенами убыхов, шапсугов, джигетов, саше и другими, вошли во вновь образованную Черноморскую губернию.

Терская область была разделена на 8 округов: Кабардинский (кабардинское и балкарское население), Осетинский, Ингушский, Кумыкский, Чеченский, Аргунский, Ичкерийский и Нагорный (последние 4 округа были населены чеченцами). Административная, военная и судебная власть в округах принадлежала их начальникам. Округа делились на участки во главе с участковыми начальниками - царскими офицерами. Существовавшие ранее в Кабарде княжеские владения ликвидировались. Устанавливалось раздельное управление для гражданского, казачьего и горского населения. В 1871 году Кабардинский округ был переименован в Георгиевский, Кумыкский - в Хасавюртовский; Осетинский и Ингушский объединены в один Владикавказский; созданы новые округа: Грозненский, Веденский и Кизлярский.

Наиболее пестрой оставалась картина управления в Дагестане. По «Положению об управлении Дагестанской областью», 5 апреля 1860 года утвержденному наместником А. И. Барятинским, во главе Страны гор был поставлен начальник из царских генералов, облеченный огромной властью. В области гражданского управления он пользовался правами генерал-губернатора, в области военного - командира корпуса. Он мог применять оружие против горцев, предавать их военному суду и высылать в административном порядке.

Область состояла из четырех отделов: Северный Дагестан (Даргинский округ, Мехтулинское ханство, шамхальство Тарковское и Присулакское наибство), Средний Дагестан (Аварское ханство, Гунибский и Казикумухский округа), Верхний Дагестан (остальные высокогорные селения, ранее входившие в Имамат Шамиля) и Южный Дагестан (Кюринское ханство, Самурский и Кайтаго-Табасаранский округ). Округа в свою очередь делились на более мелкие административные единицы - наибства. Первые возглавляли русские офицеры, вторые - лояльные царским властям горские феодалы и старшины. Кроме того, в Дагестанскую область вошли Дербентское градоначальство (город Дербент и Улусский магал) и управление портовым городом Петровском (ныне Махачкала) с прилегающими к нему землями. Граница между Дагестанской и Терской областями была проведена по Андийскому хребту.

Манифест 19 февраля 1861 года об отмене крепостного права на горских крестьян не распространялся. Лишь в 1864 году феодально-зависимые крестьяне «азиатского происхождения, находящиеся во владении у разных лиц, приписанных к Терскому войску», были освобождены, а продажу холопов за пределы Терской области запретили.

Летом 1866 года в Тифлисе был создан Особый комитет по крестьянским делам. Намерение правительства освободить зависимые сословия вызвало недовольство феодалов. Некоторые кабардинские князья даже предъявили ультиматум: оставить у них холопов или разрешить переселиться в Турцию. 8 августа 1866 года группа кабардинских и балкарских феодалов подала в Комитет записку, в которой говорилось: «Лишить нас внезапно услуг холопов, а в особенности домашних прислужниц, - значит повергнуть в крайнее положение и непременную нищету».Они соглашались освободить своих крепостных только за выкуп. Поскольку у большинства крестьян не было требуемых сумм, они должны были вместо уплаты выкупа работать на господ в течение 6-8 лет. 8 декабря 1866 года аналогичную записку подали дигорские феодалы Осетии, которые предлагали освободить крестьян на условиях выкупа в размере 180- 240 руб. или шестилетней отработки.

Особый комитет по крестьянским делам выработал проект освобождения, устроивший феодалов. Выкупная сумма для трудоспособного крестьянина (от 15 до 45 лет) устанавливалась в размере 180-200 руб. Подростки до 15 лет освобождались с уплатой предельного выкупа в 150 руб. (из расчета 10 руб. за каждый год возраста). Осетинские феодалы согласились освободить несовершеннолетних крепостных бесплатно.

При освобождении владелец получал от половины до 2/3 крестьянского имущества; сакля и домашняя утварь оставались за крестьянами. Так как освобождаемые крестьяне не могли сразу выкупить себя, то они оставались временнообязанными в течение 6 лет. За это время крестьянин должен был отработать свой выкуп в хозяйстве бывшего господина. Годовой труд мужчин-горцев оценивался от 35 до 70 руб., женщин от 25 до 40 руб.

В 1867 году в Терской области было освобождено 23 976 чел. В Дагестане освобождение рабов проходило с 1860 по 1868 год. Всего было освобождено около 5 тыс. чел., большая часть (75%) - бесплатно. Рабы были снабжены свидетельствами об освобождении, приписаны к сельским обществам и на 8 лет освобождены от налогов. Правительство выделило 15,5 тыс. руб. для оказания помощи освобожденным рабам. В 1867-1868 годах были освобождены без выкупа и наделены землей наравне с другими крестьянами чагары (2 тыс. чел.). Однако раяты оставались в зависимости от беков до 1913 года.