Герметические трактаты были темны и непонятны для непосвященных, поскольку «философы» преднамеренно их затемняли. Они смотрели на алхимию как на самую высокую из наук, полагая, что алхимия есть искусство из искусств, истинная наука. Подобная наука должна быть известна, по их мнению, только небольшому числу адептов. В Средние века даже корпорации ремесленников имели практические секреты, которые ни один из членов корпорации не отважился бы разгласить, так что уж говорить об алхимии. Алхимики-адепты скрывали свою науку от празднолюбопытствующих. Когда попадался неофит, достойный, по их мнению, посвящения, они указывали ему дорогу, не открывая, однако, всего сразу. Они требовали, чтобы он самостоятельно продвигался к цели, и только наводили его на верный путь и поправляли. Не было ни одного полного описания всех операций Великого Делания, поскольку адепты верили, что могут за это навлечь на себя небесную кару — моментальную смерть.

Сколь бы полным и исчерпывающим на первый взгляд ни был алхимический трактат, в нем обязательно отсутствовала некая деталь, служившая ключом к пониманию целого, и сообщить эту деталь мог только учитель, на поиски которого уходили порой годы, а то и вся жизнь. Николя Фламель, двадцать лет потратив на расшифровку «Книги Авраама Еврея», но так ничего и не добившись (во всем Париже не нашлось знатока алхимических тайн), отправился, уже будучи немолодым человеком, в многотрудное паломничество в Сантьяго-де-Компостела, дабы заручиться поддержкой святого Иакова, слывшего покровителем алхимиков. Там, в Испании, он и встретил долгожданного наставника.

Чтобы скрыть от профанов священную науку философского камня, адепты использовали специальные знаки, которые появились вместе с алхимией. Первыми ввели эти знаки греки, заимствовавшие герметическую науку от египтян, иероглифическое письмо которых подсказало идею: древнеегипетские иероглифы в слегка измененном виде и стали служить тайными знаками. Зашифрованные таким способом послания алхимиков стали называться иероглифическими фигурами. Древнеегипетский иероглиф («священная резьба») — олицетворение тайного знания. Широкое применение в алхимической тайнописи получили также символы. Так, Феникс был символом истинного философского камня, способного обращать металлы в золото и серебро.

Таким образом, в приготовлении эликсира, или философского камня, имеющего способность превращать простые, неблагородные металлы в золото или серебро, и состоит главная проблема алхимии. Различали два эликсира: один — белый, превращавший простые металлы в серебро; другой — красный, превращавший их в золото. Вначале за философским камнем признавалось только свойство превращения (трансмутации) металлов, но позднее герметические философы признали у него массу других свойств, как то: производить бриллианты и другие драгоценные камни, исцелять все болезни, продлевать человеческую жизнь и даже даровать бессмертие. Обретение реального, телесного бессмертия — высшая цель адепта, что породило множество легенд и преданий об алхимиках, будто бы избежавших этого проклятия всего живого на Земле — смерти. Якобы такова участь и любимого персонажа С. Ютена, многократно и по разным поводам возникающего на страницах его книги — Николя Фламеля, а заодно и его супруги, госпожи Пернеллы.

Если алхимики-суфлеры не шли дальше попыток изготовления рукотворного золота, то адепты ставили перед собой более масштабные задачи. Полем их деятельности было все мироздание, все три «царства природы» — минеральное, растительное и животное. Не только человечество страдает от последствий первородного греха, но и все мироздание претерпело первобытное грехопадение, и задача «герметических философов» состоит в том, чтобы избавить мир от негативных его последствий — вылечить с помощью медикамента, в роли которого и выступает философский камень. В результате мир должен возвратиться в блаженное состояние совершенства, якобы существовавшее до всеобщего грехопадения. По сравнению с этой целью мечта о герметическом золоте выглядит приземленной и бескрылой — если забыть на мгновение, что-то и другое являлось лишь гранями одной алхимической утопии.

Алхимик словно бы тяготился ограничениями, налагаемыми на него законами реального мира, и неотступно стремился выйти за его пределы. Философский камень (представлявшийся не только в виде собственно камня, например рубина, но и в виде жидкости — эликсира, а также в порошкообразном состоянии, в качестве так называемого порошка проекции темно-красного цвета и довольно тяжелого) не был единственным олицетворением этой тяги к невероятному. Алхимики искали также универсальный растворитель — алкагест, не смущаясь тем обстоятельством, что если бы алкагест действительно все растворял, то уничтожил бы и содержащий его сосуд. Но сколь бы ошибочна ни была гипотеза, порой она помогает открытию истины. Так и алхимики: занимаясь поисками алкагеста, они открыли много более прозаических, но весьма полезных веществ. Алхимики пробовали также извлекать Мировой Дух (Spiritus Mundi). Эта субстанция, якобы разлитая в воздухе, насыщенная планетным влиянием, по их мнению, обладает массой удивительных свойств, в частности может растворять золото, чтобы приготовить питьевое золото — чудодейственное лекарственное средство, против которого не устоит ни один недуг.

Существует расхожее мнение, что алхимики в своих исканиях продвигались на ощупь, точно слепые. Это справедливо лишь в отношении алхимиков-суфлеров, не знавших иных способов экспериментирования, кроме метода проб и ошибок — ошибок, которые им стоили порой слишком дорого. Что же касается адептов, «герметических философов», то они имели вполне определенные теории. В основании их концепции лежал великий закон единства материи. Материя, полагали они, едина, но принимает различные формы, комбинируясь сама с собой и производя бесконечное множество новых тел. Эту первичную материю адепты называли также «причиной», «хаосом», «мировой субстанцией». Первичная материя, считали они, не есть какое-либо определенное тело, но обладает свойствами всех тел. Исходя из этого предположения, они допускали возможность трансмутации, то есть превращения металлов — простых, неблагородных — в благородные серебро и золото. Единую материю они подразделяли на три начала — «серу», «ртуть» и «соль», которые представляли собой лишь отвлеченные понятия, применявшиеся для обозначения группы свойств. Так, если металл был желтый или красный и трудно плавился, то говорили, что в нем слишком много «серы». Поскольку же под «серой», «ртутью» и «солью» могло подразумеваться практически все что угодно (а не только химические элементы сера и ртуть и химические соединения, называющиеся солями), первая проблема, с которой сталкивался алхимик, приступая к выполнению операций Великого Делания, заключалась в том, чтобы определить, из чего должна состоять «первичная материя» его экспериментов.

Наряду с «серой», «ртутью» и «солью» (которые назывались также «философской серой», «философской ртутью» и «философской солью») алхимики признавали четыре элемента: «землю», «воду», «воздух» и «огонь». С точки зрения алхимии четыре элемента, как и три начала, представляют не природные стихии, а состояния материи, качества или свойства. «Вода» служила синонимом жидкости, «земля» — твердого состояния, «воздух» — состояния газообразного, «огонь» — состояния газа, наиболее тонкого, как бы расширенного теплотой. Позднее к четырем элементам прибавили пятый — «квинтэссенцию».

Алхимики работали главным образом с металлами, проводя аналогию между ними и семью известными в Средние века планетами: золото — Солнце, серебро — Луна, ртуть — Меркурий, свинец — Сатурн, олово — Юпитер, железо — Марс, медь — Венера. Они подразделяли их на металлы совершенные, неизменяемые, каковыми считались золото и серебро, и металлы несовершенные, изменяющиеся в «известь» (окись). Алхимик, совершая определенные манипуляции с несовершенными металлами, намеревался «вылечить» их, привести в совершенное состояние — превратить, например, свинец или ртуть в золото.