45-мм универсальными полуавтоматическими пушками 21-К в 1930-х гг. в качестве зенитных вооружились все корабли — от катеров до линкоров. Дальность стрельбы орудия — 9,5 км, досягаемость по высоте — 6000 м. Но в качестве зенитных они к концу 1930-х гг. устарели. На больших кораблях они с 1941 г. заменялись на 37-мм автоматы. «Сорокапятки» оставались главным калибром катеров «малых охотников», малых тральщиков и вспомогательных судов. Использование их на батареях береговой обороны было неоправданным. Даже в качестве противокатерных они были недостаточно эффективны. Советские крейсера, эсминцы и сторожевые корабли наиболее успешно отражали атаки торпедных катеров огнем 130- и 100-мм орудий.

Поскольку половина батарей находилась на островах, сектор имел в своем распоряжении 10 катеров: СХ-1 — СХ-11.

Существенным дополнением к огневой мощи береговых батарей являлся 343-й артиллерийский полк бригады. Кроме того, в стрелковых полках имелись 45-мм противотанковые и 76-мм полевые пушки.

Участок ПВО — командир майор Г. Г. Мухамедов — имел в своем составе:

18-й отдельный зенитный дивизион (три батареи). Командир — старший лейтенант В. К. Воронин. Его батареи стояли на островах Руссарэ и Деден и в районе Лесной гавани;

93-й отдельный зенитный дивизион (три батареи) — полуостров Глосшер, остров Тальхольмарне, район завода «Динамо» — командир капитан И. Т. Ковальчук;

236-й отдельный зенитный дивизион (три 76-мм батареи) — острова Гуннарсэранд и Медэн, район морского аэродрома. Капитан И. Х. Ивашин.

Все батареи участка ПВО имели на вооружении по четыре 76-мм зенитных орудия обр. 1931 г., прожектор и прожекторно-звуковую установку.

Участку ПВО оперативно подчинялся 204-й зенитный дивизион 8 ОСБ (34 76-мм) — в районах Тверминнэ, Сюндален и Нордберг.

Всего в базе находилось двенадцать зенитных батарей — 48 76-мм орудий. Кроме того, на Ханко имелись две зенитно-пулеметные (26 пулеметов М-4) и две прожекторные роты.

Участок ПВО имел свои плавсредства — три катера типа КМ и четыре баркаса.

Расположение зенитных батарей обеспечивало как все наиболее угрожаемые направления, так и все наиболее ценные объекты от ударов с воздуха.

Недостатком ПВО базы было отсутствие вынесенных на расстояние постов Воздушного наблюдения и оповещения связи (ВНОС), которые оповещали зенитчиков о самолетах противника. Границы базы были определены так, что посты ВНОС, расположенные буквально рядом с охраняемыми объектами, не могли заблаговременно обнаружить подход самолетов противника, дать возможность вовремя ввести в бой все средства ПВО базы. Но границы не изменились.

В начале войны для перевооружения зенитных батарей начали поступать новые 85-мм орудия обр. 1939 г. Но ввиду отсутствия к ним прицелов, таблиц стрельбы и достаточного количества боезапаса по своему прямому назначению они использованы не были.

Прибывшие четыре 85-мм орудия были установлены как противокатерные батареи — два на острове Густавсверн и два на полуострове Ханко в районе метеостанции.

Сухопутную и противодесантную оборону базы обеспечивала 8-я Особая стрелковая бригада трехполкового состава. Командовал ею полковник Н. П. Симоняк, начальник штаба — капитан Г. Р. Кетлеров. Бригада имела в своем составе два стрелковых полка: 270-й (полковник Н. Д. Соколов) и 335-й (майор Н. С. Никаноров, начальник штаба — майор С. М. Путилов). Стрелковые полки имели численность до 2700 человек, а также батарею 76-мм полевых пушек, 45-мм противотанковую батарею и взвод 120-мм минометов. Полковая артиллерия была на конной тяге.

343-й артиллерийский полк майора И. О. Морозова имел на вооружении девять батарей (36 орудий), сведенных в три дивизиона: 1-й — 76-мм пушки, 2-й — 122-мм гаубицы, 3-й — 152-мм пушки-гаубицы.

297-й отдельный танковый батальон (командир капитан К. А. Зыков) имел 33 танка Т-26 и 11 танкеток. В состав бригады входили также 204-й зенитный артдивизион, саперный батальон (майор Ф. Г. Чудесенко), батальон связи, тыл бригады.

1-я бригада торпедных катеров капитана 2-го ранга B. C. Черокова к началу войны состояла из двух дивизионов и насчитывала 20 катеров. Из них один отряд — 6 катеров проходил боевую подготовку в Рижском заливе, базируясь на Усть-Двинск. На Ханко оставались 14 катеров. Бригада имела свою береговую базу и вспомогательные плавсредства: быстроходный катер ЯМБ (яхта моторная — скорость хода 24 узла), три малых катера ТК-12, ТК-13 и ТК-14 со скоростью 7–9 узлов.

На Ханко базировался 8-й дивизион 2-й бригады подводных лодок — 9 лодок типа М (М-90, М-94, М-95, М-96, М-97, М-98, М-99, М-102 и М-103). Командовал дивизионом капитан 3-го ранга Е. Г. Юнаков. У дивизиона имелась береговая база. К началу войны в базе находились только четыре лодки: М-95, М-96, М-98, М-103; одна находилась в дозоре, остальные ремонтировались в Таллине.

Охрана водного района (ОВР) базы под командованием капитана 2-го ранга М. Д. Полегаева имела в своем составе всего три катера «малых охотника» МО — 311, 312, 313, буксир OP-1 и малые катера охраны рейда ОР-2 — ОР-10. Учитывая шхерные условия в расположении базы, имеющихся в составе ОВРа кораблей было мало для защиты всей акватории.

Командование базы еще в мирное время в своих докладах командованию КБФ неоднократно отмечало необходимость иметь в составе ОВРа базы сторожевые корабли, тральщики, бронекатера.

Кроме катеров, в состав ОВРа входили боновая и сетевая партии. Однако, несмотря на наличие личного состава, бонов и сетей в базе не было. В базе хранилось 400 малых германских (периода Первой мировой войны) мин, однако специальных кораблей как для постановки мин, так и для их траления не было. Всех этих средств для обороны базы с моря было явно недостаточно.

Планировалось поступление в состав базы дивизиона сторожевых кораблей типа «Вихрь» (4 единицы) и дивизиона тральщиков. В Ханко периодически заходили тральщики, сторожевые корабли и эсминцы. Однако, несмотря на стратегически выгодное расположение базы, ни эсминцы, ни тральщики на постоянное базирование, как первоначально предусматривалось приказами Наркома ВМФ, так и не прибыли.

Охрану сухопутной границы Ханко осуществлял 8-й пограничный отряд НКВД Прибалтийского пограничного округа майора А. Д. Губина. Отряд располагался вблизи пограничной железнодорожной станции Лаппохья.

В Ханко базировался и морпогранотряд Прибалтийского пограничного округа НКВД, имевший четыре катера типа МО — ПК-236, 237, 238, 239.

На полуострове дислоцировался 13-й истребительный авиационный полк 61-й истребительной авиабригады ВВС КБФ под командованием Героя Советского Союза полковника И. Г. Романенко (начальник штаба майор П. Л. Ройтберг), насчитывающий 60 самолетов (30 И-153 и 30 И-16). В июне 1941 г. на полуострове оставались штаб полка и находилась только одна 4-я эскадрилья капитана Л. Г. Белоусова — 10 «чаек» (И-153) и один И-16, остальные три эскадрильи под Ленинградом получали новые машины.

Сухопутный аэродром был расположен в районе деревни Тякктом. Запасных посадочных площадок на территории полуострова не было. На аэродроме находилась и 11-я отдельная авиационно-ремонтная мастерская.

Кроме того, базу, согласно плана обороны и прикрытия полуострова Ханко, утвержденного командующим Ленинградского военного округа генерал-лейтенантом М. М. Поповым, должна была поддерживать авиация 4-й смешанной авиадивизии, самолеты которой должны были вылететь по вызову командования базы.

На Ханко размещалась 81 отдельная авиационная эскадрилья (ОАЭ) гидросамолетов МБР-2. Командовал ею капитан В. Н. Каштанкин, начальник штаба старший лейтенант Н. Ф. Юргелевич. К началу войны она насчитывала 9 МБР-2. Эскадрилья дислоцировалась на морской аэродром в районе острова Кутерн. Запасных оборудованных аэродромов для морских самолетов на Ханко не было. Для буксировки гидросамолетов эскадрилья имела катера: ВВС-52, ВВС-53 и ВВС-55.

Гидрорайон базы имел гидрографические суда (ГИСУ) «Волна», «Веха», промерные катера и манипуляторную службу.