Современников поражало его виртуозное владение техникой обработки мрамора, заставлявшее «дышать» камень. Как отметил Д. Аркин, «умение увидеть и пластически выразить „противочувствия человеческой натуры“ позволило художнику создать „коллективный портрет своей эпохи“», вернее её определённого круга, в который вошли придворные вельможи, счастливые фавориты и знатные сановники последней четверти переломного для судеб России XVIII века.

Свои лучшие произведения Федот Шубин создаёт в семидесятые годы. Как писал спустя полвека создатель первого «Русского музеума» П. П. Свиньин, они «совершены художником были в первых порывах огня и честолюбия». Среди исполненных в эти годы портретов придворной знати — мраморные бюсты жены сенатора М. Р. Паниной, промышленника и откупщика И. С. Барышникова, братьев Чернышёвых, пятерых братьев Орловых, екатерининского полководца П. А. Румянцева-Задунайского.

«К 1774 году относится мраморный бюст генерал-фельдмаршала З. Г. Чернышёва, стоявшего во главе русских войск, занявших Берлин в 1760 году, — пишет Г. В. Жидков. — Это уже не портрет вельможи, а изображение военачальника. В крупных чертах его лица есть что-то от мужественной простоты русского солдата. Характерен лаконичный язык скульптора в этом бюсте, недаром он не уделил на этот раз внимания декоративно-эффектным драпировкам, которые так изумительно переданы в портрете Голицына».

Вновь к использованию подобного мотива Шубин возвращается в портрете фельдмаршала П. А. Румянцева-Задунайского (1778). Здесь он даёт более приподнятый образ, чем в бюсте Чернышёва.

В середине семидесятых годов Шубин выполняет большой, весьма своеобразный цикл исторических портретов. Это — пятьдесят восемь мраморных рельефных бюстов, сделанных для Чесменского дворца, строившегося архитектором Фельтеном в окрестностях Петербурга в ознаменование одной из выдающихся побед русского флота. Серия заключённых в овалы изображений представляет собой галерею великих князей, царей и императоров, начиная от легендарного Рюрика и кончая Елизаветой Петровной. Шубин свободно следовал за своей творческой фантазией, трактуя создаваемые им образы как образы в первую очередь воинов. Именно так показаны Александр Невский, Дмитрий Донской, Мстислав Удалой, Иван Грозный и многие другие. Мастер представил этих князей и царей богатырями древних сказаний, сильными, крепкими, похожими на тех простых, мужественных людей, среди которых провёл свои юные годы сам художник.

Основная линия искусства Шубина оставалась, однако, по-прежнему связанной с портретными бюстами, исполнявшимися с натуры. В персонах царей, вельмож, царедворцев и передовых деятелей Шубин видел и любил прежде всего людей, каждый из которых был личностью глубоко индивидуальной. Не идеализируя портретируемых, скульптор трактует каждый образ с гуманистических позиций.

Правда, Екатерину II, которую Шубин изображал неоднократно, скульптор давал постоянно в идеализированном виде. В 1789–90 годах Шубин трудился над статуей «Екатерина II — законодательница». Однако за величественную мраморную фигуру Екатерины II со свитком законов в руках мастер высочайшего одобрения не получил. Напротив, он остался без награды и впал в немилость. Количество заказов резко сократилось. Серьёзные денежные затруднения вынуждают скульптора просить в 1792 году зачислить его на вакантную должность адъюнкт-ректора Академии.

Лишившийся былой славы и почестей скульптор тем не менее продолжал работать.

«В 1790-е годы Шубин достигает совершенства в раскрытии индивидуальности, — пишет Л. Шапошникова. — Он делает портреты выдающихся людей эпохи, ярких личностей его времени — Ломоносова и Шварца, Потёмкина, Безбородко и Павла I, Репнина и Чичагова. Бюсты этих современников скульптора хранятся в Русском музее. Они волнуют достоверностью, сходством с оригиналом, психологической глубиной и красотой пластики.

Разные грани характера убедительно показаны в образе графа А. А. Безбородко. Это и умный, энергичный государственный деятель, и одновременно человек, избалованный и пресыщенный жизнью, хитрый и честолюбивый. Поражает жизненная трепетность лица. Тяжело, массивно трактована его нижняя часть; обвисшие, потерявшие упругость щёки, двойной подбородок, чувственные губы. С предельной естественностью раскрывается нравственный облик сановника. Искусная обработка мрамора усиливает выразительность произведения. В портретах М. В. Ломоносова и И. Г. Шварца проглядывают искреннее уважение и симпатия автора к изображённым. Здесь скульптор отказывается от деталей, сосредоточив внимание на главном. Энергично вылеплена голова Ломоносова с большим „сократовским“ лбом. Смело и определённо трактовано лицо с открытой светлой улыбкой, живым взглядом умных глаз. Шварц наоборот — сдержанный, спокойный, величавый».

Создавая свои лучшие произведения в области портрета, Шубин исполнил вместе с тем и немалое количество произведений, рассчитанных на включение их в архитектурные ансамбли. Среди них — рельефные композиции на исторические или библейские темы, круглые статуи аллегорического, мифологического и религиозного содержания. Это работы для Мраморного дворца (1775–1780) и Троицкого собора Александро-Невской лавры (1786–1789).

Для Мраморного дворца (архитектор А. Ринальди) скульптор исполнил несколько рельефов на античные темы и по рисункам Ринальди высек в мраморе статуи «Ночь» и «Весеннее равноденствие».

Для большого каскада в Петергофе Шубин исполнил бронзовую статую Пандоры (1802) — произведение, долженствующее занять определённое место в общем садово-парковом комплексе. Над проблемой синтеза искусств Шубин работал, как и другие его сотоварищи по искусству. И всё же монументально-декоративная пластика скульптора по художественному качеству значительно уступает его портретным бюстам.

В 1800 году художник создаёт образ Павла I. «Когда смотришь на бюст Павла I, — пишет Ю. Синицына, — то представляешь себе его фигуру хилой и тщедушной. Пластические массы скомпонованы так, что портрет сильно утяжеляется книзу; это подчёркивают многочисленные декоративные детали — широкий горностаевый воротник, медальон, ордена, кисти тесёмок мантии. Утяжелённая нижняя часть бюста резко контрастирует с небольшой головой, поэтому впечатление монументальности отсутствует, уступая место ощущению „борьбы“ хрупкого, тщедушного человека с тяготами непосильной ему государственной власти. Посмотрите, насколько метки и убийственно точны характеристики: профиль — лицо с провалившейся переносицей и выпяченной нижней губой; в трёхчетвертном повороте — мелькает гримаса бессильной злобы; ещё ракурс — и выражение меняется, становится вдруг трогательным и беззащитным перед судьбой…»

Одной из последних работ скульптора был портретный бюст Александра I (1801). Высокий воротник и складки на мундире, искусно выполненные, создают впечатление, что за ними скрывается человек, который боится выдать свою сущность. Свой портретный бюст Александр поторопился отправить подальше от столицы — в университет города Юрьева. Но к автору император проявил милость: в 1801 году Шубину была предоставлена казённая квартира и свечи.

В 1803 году по указу Александра I Академия художеств зачислила Шубина на платное место, которого так долго и безуспешно добивался стареющий художник. Через два года, 12 (24) мая 1805 года, Шубин умер.

Эпитафия на могиле первого русского скульптора-портретиста гласит: