На участвовавших в осаде Нотебурга посыпался дождь наград. Царь пожаловал бомбардирского поручика Меншикова губернатором как Шлиссельбурга, так и лифляндским, карельским и ингерманландским. Князь Голицын был пожалован гвардии Семеновского полка полковником, 300 крестьянскими дворами и 3 тысячами рублями. Майор гвардии Карпов – подполковником, 150 дворами и 1500 рублями, капитанам было дано по 300 рублей, поручикам – по 200, прапорщикам – по 100, сержантам – по 70, капралам – по 30 рублей. Старые солдаты были пожалованы капралами, а молодым дано жалованье против старых. Всем выданы серебряные медали. В то же время несколько десятков дезертиров наказали шпицрутенами сквозь строй, а некоторых казнили.

В Шлиссельбургской крепости царь оставил три солдатских полка под началом полковника Юнгора, а сам с «комендантом Шлиссельбурга» Меншиковым двинулся отмечать викторию в Москву. 4 декабря 1702 года царь торжественно въехал в столицу через несколько триумфальных ворот, сооруженных по сему случаю.

1703 год, как и предыдущий год, Карл XII провел в Польше. Ему покорились Варшава, Краков и большинство других городов. Король Август II буквально как заяц бегал по стране от шведских войск. Опьяненный успехами, Карл почти забыл о России.

Между тем, к середине апреля 1703 года в районе Шлиссельбурга завершилось сосредоточение русских войск, предназначенных для овладения Ингрией. 23 апреля фельдмаршал Шереметев во главе 20-тысячного корпуса двинулся по правому берегу Невы брать Ниеншанц. Не доходя до Ниеншанца верст 15, Шереметев выслал вперед отряд из двух тысяч человек с целью произвести разведку боем. Отряд ночью атаковал 150 шведских драгун, стоявших вне крепости. Шведы бежали, но успели захватить двух пленных. Несколько русских даже залезли на крепостной вал. В принципе, этот отряд мог с ходу взять крепость; поскольку шведы растерялись, да и численность гарнизона не превышала 700 человек. Но командир русского отряда испугался и велел трубить отбой. 26 апреля к Ниеншанцу подошли основные силы Шереметева, были начаты осадные работы. После приведения в готовность осадных батарей Шереметев предложил шведскому коменданту капитулировать, но тот ответил, что «крепость вручена им от короля для обороны», и отказался сдать ее. 30 апреля началась бомбардировка крепости. К тому времени в лагерь осаждающих прибыл сам царь, именовавший себя бомбардирским капитаном Петром Михайловым. 1 мая шведский гарнизон сдался. Петр велел Ниеншанц переименовать в Шлотбург.

На следующий день (то есть 2 мая) разведчики доложили царю, что в Финском заливе замечена шведская эскадра. 5 мая два малых фрегата (галиота), шнява и большой бот стали на якорь в устье Невы. Петр приказал посадить в 30 больших лодок солдат Преображенского и Семеновского полков и отправился с ними вниз по Неве. Воспользовавшись темнотой и дождем, русские лодки внезапно вышли из-за островов невского устья и напали на два головных шведских судна.

Как вспоминал чуть позже сам Петр: «по нарочитом бою взяли два фрегата, один „Гедан“ о десяти, другой „Астрильд“ о восьми пушках а окон 14. Понеже неприятеля пардон зело поздно закричали, того для солдат унять трудно было, которые, ворвався, едва не всех покололи; только осталось 13 живых. Смею и то писать, что истинно с восемь лодок только в самом деле было».

Далее царь писал: «Хоть и недостойны, однако ж от господ фельдмаршала и адмирала мы с господином поручиком (Меншиковым) учинены кавалерами Святого Андрея».

По случаю взятия шведских судов Петр приказал выбить медаль с лаконичной надписью: «Не бывалое бывает». Такую медаль получили все участники операции:

После овладения Ниеншанцем все течение Невы, от истоков, где стоял Шлиссельбург, до устья, оказалось в руках русских. Тем не менее, Петр понимал, что рано или поздно шведы попытаются вернуть утраченные земли. Ключом к обладанию Ингрией для шведов был Нотебург, а для русских – Невское устье. Поэтому Петр решил сразу же закрепиться в устье Невы.

В «Гистории Северной войны» записано: «По взятии Канец (Так русские называли крепость Ниеншанц) отправлен воинский совет, тот ли шанец крепить, или иное место удобнее искать (понеже оный мал, далеко от моря, и место не гораздо крепко от натуры), в котором положено искать нового места (остров), где 16-й день мая (в неделю пятидесятницы) крепость заложена и именована Санкт-Петербург».

Собственно крепость начали строить на небольшом Заячьем острове (Иенчсаари) длиной 750 метров и шириной 360 метров. Остров имел важное стратегическое значение, поскольку находился у разветвления Невы на три рукава. Зато в инженерном отношении место было выбрано крайне неудачно. Плоский Заячий остров невысоко поднимался над уровнем Невы и при большом подъеме воды затоплялся. Таким образом, прежде чем строить крепость, остров нужно было «поднять». По приказу свирепого царя тысячи солдат и принудительно согнанных местных жителей таскали землю на Заячий остров. Изнурительная работа и плохое питание привели к большой смертности строителей. Петропавловская крепость, да и весь Санкт-Петербург, не только в переносном, но и в буквальном смысле, построены на костях десятков тысяч мужиков и солдат.

Проект крепости составлял лично царь с помощью французского военного инженера Жозефа Ламберта. Немец Гюйсен, очевидец сооружения Петропавловской крепости, оставивший подробное описание Петербурга и Кроншлота в первые годы их существования, писал, что крепость построили «непостижимо скоро». В короткий срок – за полтора месяца – были засыпаны землей стены крепости, укреплены бастионы (раскаты), выступавшие за общую линию крепостных стен. Шесть бастионов, намного увеличивавшие площадь обстрела вокруг крепости, были названы в честь соратников Петра I – Меншикова, Нарышкина, Трубецкого, Головкина, Зотова. Один бастион был назван Царским или Государевым раскатом. К осени на бастионах уже стояли более 120 пушек. Позже, начиная с 30 мая 1706 года, земляные бастионы стали заменять каменными. В крепости возвели деревянную церковь во имя Петра и Павла, Рядом с церковью построили деревянный дом для царя (19х6,5 метров), с двумя комнатами, сенями и кухней, с холстинными выбеленными обоями, с простой мебелью и кроватью. Дом Петра в таком виде сохранился по сей день.

Комендантом крепости был назначен полковник Рен. Меншикову, как генерал-губернатору завоеванных городов и земель, царь поручил надзирать над строившимся городом. Были определены места для гостиного двора, пристани, присутственных мест, адмиралтейства, сада, государева дворца и домов знатных господ.

По неведомым причинам Петр решил разорить крепость Ниеншанц. Напротив этой крепости, за Охтой, был посад, состоявший из 400 деревянных изб. В посаде жили вепсы, финны и шведы. Петр велел уничтожить посад, а его население в принудительном порядке стало первыми жителями Санкт-Петербурга.

Кстати, в связи с началом строительства Санкт-Петербурга Петр отменил старый московский обычай падать на колени при встрече с царем, поскольку по берегам Невы была одна грязь да болота. Поскольку народ этого царевого указа не слушался, Петр запретил коленопреклонение под страхом жестокого наказания, дабы «народ ради него не марался в грязи».

В начале мая 1703 года фельдмаршал Шереметев осадил небольшой укрепленный город Копорье в 80 верстах от Санкт-Петербурга на пути к Нарве. 28 мая после интенсивной бомбардировки Копорье сдался. По сему поводу Шереметев писал царю: «Музыка твоя хорошо играет; шведы горазды танцевать и фортеции отдавать; а если бы не бомбы, Бог знает, что бы делать».

Еще через несколько дней Шереметев захватил город Ямбург (Ям). Петр приказал фельдмаршалу укрепить Ямбург, в том же письме было сказано: «Итак, при помощи Божьей, Ингрия в руках».

Пока Петр побаивался идти к Нарве, зато в конце августа 1703 года конница Шереметева переправилась через реку Нарову южнее крепости и пошла гулять по Эстляндии. Большей частью конница была иррегулярная – украинские казаки, татары, калмыки, башкиры. Шлиппенбах не имел сил противостоять им и благоразумно отвел войска в сильно укрепленные города. Зато неукрепленные города и мызы подверглись ужасающему разгрому.