Существенные перемены произошли в середине XVI века в положении еще одного сословия русского средневекового общества — духовенства. Формирование этого сословия началось значительно раньше, чем формирование других сословий. Уже в домонгольской Руси сложилось довольно четкое представление, что «церковные люди» составляют особую общность, живущую по своему особому праву, подчиненную управлению и суду митрополита и епископов. Однако и к середине XVI века реального объединения всего духовенства в одно единое сословие не произошло. Еще и в это время значительная часть приходского духовенства и братия многих монастырей не подчинялись суду митрополита и епископов и не уплачивали налогов в их казну, будучи освобождены от этих обязанностей так называемыми «несудимыми грамотами» их светского сюзерена — великого князя (а затем царя). Решения созванного в начале 1551 года так называемого «Стоглавого собора» русского духовенства (в его работе активно участвовал и царь со своим окружением) положили конец подобной практике, а позднее епископы получили от царя грамоты, в которых подтверждалось их право суда над всем духовенством на территории их епархий. Хотя и это решение не было полностью реализовано на практике, само его принятие было важным шагом по пути освобождения духовенства от опеки государственной власти и его объединения в единую общность — сословие во главе с собственным руководством — духовной иерархией.
Одновременно решения Стоглава способствовали созданию и среди лиц духовного сословия институтов самоуправления. Правда, выборные представители приходского духовенства, так называемые «поповские старосты», существовали и до созыва собора, но теперь этот институт стал повсеместным и занял важное место во внутренней жизни духовного сословия и его взаимоотношениях с церковной иерархией. Не чиновники, назначавшиеся великим князем или епископом, а лица, выбранные самими священниками из собственной среды, наблюдали теперь за образом жизни духовенства и за тем, насколько правильно исполняются церковные обряды. Именно они должны были собирать налоги, уплачивавшиеся священниками в казну митрополита или епископа, принимать участие в работе суда вместе с судьями, которых назначали епископы, получив при этом право обжаловать их неправильные решения.
Все сказанное позволяет достаточно определенно судить о значении реформ 50-х годов XVI века в истории русского общества и государства. Если до этого времени Русское государство было патримониальной (вотчинной) монархией, при которой государство рассматривалось как родовая собственность (вотчина) государя, а власть находилась в руках тех лиц, которым передавал ее государь, то в 50-е годы XVI века был сделан важный шаг на пути к созданию в России сословного общества и сословной монархии. В таком обществе сословия представляли собой большие общности людей, не просто отличавшиеся друг от друга родом занятий и социальным положением, но обладавшие своей внутренней организацией и своими органами самоуправления. В их руки постепенно переходила значительная часть функций органов государственной власти на местах.
Такими сословиями монархия уже не могла управлять так, как она управляла многочисленными социальными группами, на которые делилось общество до образования сословий. Она уже не могла им диктовать, а должна была с ними договариваться. Отсюда появление такого важного нового компонента политического строя, как собрания (носившие в разных странах названия парламента, генеральных штатов, сейма), на которых монарх должен был договариваться с выборными представителями сословий о решении различных вопросов. В 50-х годах XVI века были заложены определенные предпосылки для развития России по этому пути.
Достаточно широко распространено представление, согласно которому охарактеризованные выше реформы были направлены против знати и привели к серьезному ослаблению ее позиций. Ход рассуждений, который ведет к такому выводу, достаточно очевиден. В Русском государстве XVI века лишь знатность происхождения открывала путь к высоким государственным должностям. Поэтому уменьшение прав и объема власти, связанного с этими должностями, можно было бы рассматривать как показатель уменьшения силы и значения знати. Однако дело обстоит не так просто, и на вопрос о том, как реформы 50-х годов XVI века отразились на положении правящей элиты, нельзя дать однозначный ответ.
Итоги «боярского правления» оказались для знати попросту плачевными. Получив в свои руки на время всю полноту власти в государстве, боярство не сумело выработать какую-то согласованную программу действий. Оно было ослаблено соперничеством между отдельными боярскими кланами, а злоупотребления наместников и волостелей, как уже отмечалось, привели к тому, что деятельность знати стала вызывать недовольство не только горожан и крестьян, но и широких кругов дворянства.
В 50-е годы XVI века положение во многом изменилось к лучшему. Правящая элита сумела преодолеть конфликты между кланами и выработать согласованную программу действий. С устранением злоупотреблений наместников и волостелей (а затем и самих этих должностей) был устранен и один из главных источников противоречий между знатью и стоявшими ниже на социальной лестнице слоями дворянского сословия. Соответственно и влияние знати на широкие круги детей боярских должно было усиливаться.
Формирующееся дворянское сословие в России XVI века, да и позже, имело сложную иерархическую структуру. На самом верху находилась группа княжеских и боярских родов. Лишь лица, принадлежавшие к этим родам, могли рассчитывать на занятие наиболее высоких государственных должностей. Из этой среды выходили и члены высшего государственного органа — совета при правителе — Боярской думы. Монополию знатных родов на власть сохраняла практика так называемого местничества. Государь мог назначить на высокую государственную должность любого из своих приближенных, но в случае, если его происхождение не соответствовало важному характеру должности, воеводы или наместники, которым предстояло служить с этим человеком, отказались бы от исполнения своих обязанностей. В среде знати существовала своя иерархия знатности; между отдельными лицами, семьями, родами постоянно вспыхивали столкновения из-за места на иерархической лестнице, но общая заинтересованность в сохранении коллективной монополии на власть способствовала сплочению этой группы.
Ниже этого слоя знати стояли дети боярские, входившие в состав «государева двора». Двор представлял собой своеобразное отборное войско, окружавшее монарха. По указу 1551 года тысяча «лучших» детей боярских из состава двора получила поместья в Московском и других близких к Москве уездах, чтобы, постоянно находясь близко от столицы, «они были готовы в посылки». Дети боярские, входившие в состав двора, получали назначения на более низкие военные и административные должности. В соответствии с этим до отмены кормлений лишь им наряду со знатью принадлежало право получать кормления и пользоваться доходами с них. В этой среде также существовала своеобразная иерархия знатности, хотя и выраженная менее ясно, чем в среде знати.
Наконец, на самой низкой ступени сословной лестницы стояли обычные дети боярские, которые несли службу в рядах своей уездной дворянской корпорации — «города», и получали время от времени денежное жалованье за свою службу.
Несмотря на сложную иерархическую структуру, можно говорить о единстве всего формирующегося дворянского сословия, которое проявлялось в том, что каждый сын боярский независимо от положения на социальной лестнице принадлежал к определенной уездной корпорации — «городу». В фрагментах списков членов двора 40-х годов XVI века даже представители наиболее знатных родов, начинавшие службу «стольниками» в непосредственном окружении монарха, связаны с определенными «городами»; все дети боярские, входившие в состав государева двора, обозначаются в текстах 50-х — начала 60-х годов как «выбор из городов», то есть как лица, «выбранные» из состава своих уездных объединений для службы в составе государева двора.