В июне 1553 года царь вернулся в Москву. На обратном пути произошло трагическое событие: в реке Шексне утонул малолетний наследник трона царевич Дмитрий — кормилица уронила ребенка в воду, когда Данила Романович и Василий Михайлович Юрьевы вели ее по сходням на судно. То, что Юрьевы сопровождали царя в поездке, ясно говорит, что они продолжали пользоваться его расположением.

В Москве к царю обратились митрополит и другие церковные власти с сообщением о появлении в Москве ереси и о том, что необходимо провести розыск «откуду сие зло изливается».

Середина XVI века была временем резкого оживления всей русской общественной жизни. Проводились реформы, охватывавшие многие области жизни не только светского общества, но и церкви. Самые разные люди выступали с проектами преобразований — и ученый книжник Ермолай Еразм, и выезжий литовский шляхтич Иван Пересветов. Такая общая ситуация благоприятствовала и оживлению религиозных исканий, тем более что в Москве к середине XVI века появились сторонники Реформации. Протестантизм стал к этому времени легальным вероисповеданием у западных соседей России — в Великом княжестве Литовском и Польше, и количество его сторонников среди мещанства и шляхты все время увеличивалось. К середине 50-х годов в Москве возник немногочисленный кружок дворян, которые после бесед с приезжими поляками — «аптекарем Матюшкой» (Матисом Ляхом) и Андрюшкой Сутеевым подпали под влияние протестантских учений. Об этом довольно ясно говорит перечень обвинений в адрес участников кружка, который мы находим в официальных документах того времени. Еретики отождествляли церковь с собранием «верных», отвергали почитание икон, отрицали ценность священного предания, признавая для себя авторитетными лишь тексты Нового Завета, которым они давали толкования, отличные от тех, какие давала этим текстам церковь. Все это соответствовало наиболее общим положениям целого ряда существовавших в то время протестантских учений. В перечне этих обвинений вызывает известные сомнения лишь утверждение, настойчиво повторяющееся и в грамотах, и в официальной летописи, что еретики считали Иисуса Христа не равным Богу Отцу. Дело в том, что в лоне самой польско-литовской Реформации подобное учение (так называемое арианство) сложилось лишь десятилетием позже — к середине 60-х годов XVI века. Получалось, что русские еретики заметно опередили своих учителей.

По-видимому, участники кружка не отдавали себе отчета в том, насколько их взгляды расходятся с учением православной церкви. Об этом определенно говорит поведение одного из членов кружка, сына боярского Матвея Башкина, который стал активно излагать все то новое, что он узнал, своему духовному отцу, священнику Благовещенского собора Симеону, а позднее принес ему текст Апостола, где воском были размечены места, вызывавшие у него разные недоуменные вопросы. Вероятно, не случайно один из современников называл увлечения Матвея Башкина «ребячеством».

Как бы то ни было, при содействии Сильвестра текст Апостола, размеченный воском, попал в руки самого царя, и после этого разбор всего дела шел при его непосредственном участии. Царь распорядился посадить Башкина в подклеть на царском дворе и одновременно велел его «распросити осифовским старцом Герасиму Ленкову да Филофею Полеву». Эта запись свидетельствует об установлении к этому времени у молодого царя близких доверительных отношений с братией любимой обители своего отца — Иосифо-Волоколамским монастырем. Основатель обители и ее первый игумен Иосиф Санин вошел в историю русской церкви как беспощадный обличитель «еретиков» — «жидовствующих», против которых была направлена его книга «Просветитель». Сохранилась относящаяся к 50-м годам XVI века запись известного книжника того времени сарского епископа (а до того — игумена Иосифова монастыря) Нифонта Кормилицына, что он не может передать в Иосифов монастырь принадлежащую ему рукопись «Просветителя», так как «митрополит ея емлет и чтет, да и царь князь великий ея имал и чел». Неудивительно, что читавший «Просветитель» царь так энергично занялся розыском о новых появившихся в Москве еретиках. Дело не ограничилось с его стороны лишь распоряжением об организации следствия. Не менее активное участие царь принял и в деятельности церковного собора, созванного осенью 1553 года для осуждения еретиков. На соборе, как отмечалось в соборной грамоте, царь сам стал еретиков «испытывати премудре», они ж, «видевше благочестиваго царя крепко поборающа о благочестии и убояшась». Матвей Башкин испытал сильное психическое потрясение, сопровождавшееся расстройством речи: по сообщению летописи, он «язык извеся непотребно и нестройная глаголаша на многи часы». Покаявшись в своих прегрешениях, он начал своих «единомышленников перед царем на соборе с очей на очи обличать».

Участников кружка послали в заточение в различные монастыри. Однако этим дело не закончилось, и на собор для расследования стали вызывать людей, которые были знакомы Башкину и одобрительно отзывались об отдельных его высказываниях. До начала следствия ни царь, ни Сильвестр не знали Башкина (Сильвестр только слышал, что «слава про него недобрая носится»), но среди обвиненных в общении с еретиками заволжских старцев был человек, хорошо известный им обоим, — бывший игумен Троице-Сергиева монастыря Артемий.

Характерной чертой этого незаурядного человека было то, что глубокая духовная связь с православной традицией сочеталась у него с рядом совершенно оригинальных взглядов. Оригинальные черты его личности проявились уже в молодости, когда, будучи иноком Псково-Печерского монастыря, он отправился в пограничный ливонский городок Нейгаузен «говорити, как хрестьянский закон с римским законом», то есть спорить о вере с латинскими богословами. Позднее Артемий жил в заволжских обителях, где суровый образ жизни и прекрасное знание писаний святых отцов снискали ему общее уважение. Вероятно, во время одной из поездок царя по заволжским обителям и состоялось его знакомство с Артемием. Позднее между ними завязалась переписка. В одном из своих посланий царю Артемий упоминает, что ранее (очевидно, по желанию царя) он писал ему «на собор, изъявляя разум мой». Очевидно, речь шла о Стоглавом соборе, обсуждавшем в начале 1551 года вопрос о реформах церковной жизни. Царь вспомнил об Артемии летом 1551 года, когда освободилось место настоятеля самой почитаемой русской обители Троице-Сергиева монастыря. Если в ранней молодости царю импонировала строгость в соблюдении норм монастырского устава троицкими монахами, то к середине XVI века его мнение о монастырских порядках изменилось в невыгодную для обители сторону. Много позже в своем послании в Кирилло-Белозерский монастырь царь с осуждением вспоминал о том, как живший в Троице на покое митрополит Иоасаф «с крылошаны пировал», а также о ссорах между ним и другими троицкими монахами. Суровый аскет из Заволжья должен был прекратить все эти нарушения. По приезде в Москву Артемий остановился в Чудове монастыре и беседовал с Сильвестром. Отзыв царского наставника оказался благоприятным, и так Артемий стал настоятелем Троице-Сергиева монастыря.

По свидетельству Курбского, царь его «зело любяше и многажды беседоваше, поучаяся от него». Какие вопросы обсуждали между собой царь и заволжский пустынник, каков был характер отношений между ними, позволяет судить содержание двух посланий, отправленных Артемием царю в ответ на его обращение «написати» «о Божиих заповедях и отеческих преданиях и обычаях человеческих».

Артемий призывал царя способствовать устранению разных обычаев, которые появились «на пакость житию от невидениа божественных писаний», и устраивать жизнь самого царя и всего общества, «отскочивше от своих вълеи и обычая и человеческих преданий и назирания», по «евангелию Божию». Чтобы царь понял, как это сделать, Артемий рекомендовал ему читать беседы на евангелия Иоанна Златоуста и Книгу о постничестве Василия Великого. Читать их он рекомендовал многократно и не торопясь («множицею, не мимошествене»). Хотя ты, обращался он к царю, «измлада Священная писания умееши», но учиться не вредно и царю, учатся, чтобы достичь совершенства, даже ангелы. «Не срамляйся неведением, — наставлял он царственного корреспондента, — со всяцем тщанием въпроси ведущаго. Подобает убо учитися без стыдения, яко же учити без зависти. Никто же не научився может что разумети».