Естественно, между обеими структурами сразу же завязалась бюрократическая междоусобица. Конфликт принял острые формы после того, как УСО попыталось завербовать в Таиланде агента, который уже работал на УКП. Проблема была решена при преемнике Хилленкотера, который был снят с должности Трумэном в октябре 1950 года из-за того, что ЦРУ не смогло предсказать начало Корейской войны. Сперва новый директор ЦРУ генерал-лейтенант Уолтер Беделл Смит (тот самый, на чье имя написал в 1943 году свой рапорт Донован) добился передачи УКП из Госдепартамента в состав ЦРУ. Затем он сосредоточил управление УСО и УКП в одних руках, учредив для этого пост заместителя директора ЦРУ по планированию. Первым из занимавших эту должность стал знаменитый Аллен Даллес. Наконец, в августе 1952 года УСО и УКП были объединены в одну структуру, получившую название Директорат планирования (известен также как Тайная служба (Clandestine Service)), позднее переименованный в Оперативный директорат.
Аналитическая часть ЦРУ была сосредоточена в Управлении докладов и оценок, состоявшем из двух отделов. Первый из них объединял аналитиков, каждый из которых специализировался на каком-либо географическом регионе. Второй – редакторов, готовивших на основе получаемых разведданных доклады ЦРУ. В то время деятельность управления большей частью сводилась к подготовке ежедневных текущих обзоров для президента. Позднее в его составе было образовано подразделение глобальных обозрений, готовившее ежемесячные отчеты для СНБ, озаглавленные «Оценка ситуации в мире».
Генерал Смит создал также и Управление национальных оценок (будущий Разведывательный директорат), призванный составлять аналитические обзоры по разведке в целом и по конкретным проблемам. Таким образом, структура ЦРУ начала приобретать современные очертания.
В этот период ЦРУ охватило своими тайными операциями весь земной шар. К 1953 году крупные тайные операции (пропагандистские, полувоенные и политические) проводились в 48 странах. Оружие и денежные средства направлялись засевшим в Бирме недобитым гоминьдановцам (американцы надеялись, что им удастся превратить Бирму в плацдарм борьбы против социалистического Китая). В 1950 году агенты ЦРУ помогли подавить народное восстание на Филиппинах, приведя к власти американского ставленника Рамона Магасасе.
В 1952 году агенты ЦРУ свергли египетского короля Фарука и привели к власти бывшего агента Абвера и будущего Героя Советского Союза и любимца Хрущева Гамаля Абделя Насера. Забавно, что впоследствии руководству ЦРУ пришлось очень пожалеть об этом решении.
В 1953 году эксперт ЦРУ по Ближнему Востоку Кермит Рузвельт организовал операцию по свержению иранского премьера Мохаммеда Мосаддыка и возвращению на трон шаха Мохаммеда Реза Пехлеви.
В 1954 году ЦРУ провело полувоенную операцию по свержению президента Гватемалы Хакобо Арбенса, посягнувшего на самое святое – собственность американской компании «Юнайтед Фрут».
Велись тайные операции и непосредственно против главного противника – СССР. Начиная с августа 1949 года была организована заброска на территорию СССР прошедших обучение в ЦРУ украинских и прибалтийских националистов. Агенты обеспечивались рациями и должны были держать связь со своими американскими руководителями, находившимися в Западной Германии. На протяжении пяти лет ЦРУ забрасывало своих агентов в СССР на парашютах или переправляло по Балтийскому морю, однако ни один из них так и не сообщил никакой информации, если не считать сигналов о провале.
В странах Восточной Европы создавались «группы сопротивления коммунизму». В рамках операции под кодовым названием «Красная шапка – красные носки» была организована спецподготовка польских, румынских, венгерских и чехословацких эмигрантов, которые должны были впоследствии возглавить «движения сопротивления» просоветским режимам в своих странах. На территории Западной Европы были размещены секретные склады оружия (чтобы в случае войны «освободительные» движения не остались с пустыми руками после прихода советской армии).
Американские военные самолеты постоянно вторгались в советское воздушное пространство. Вот лишь выдержка из списка потерь, официально признанных американцами:
8 апреля 1950 года над Балтийским морем советскими истребителями был сбит самолет-разведчик ВМС США PB4Y-2 «Прайвэтир».
6 ноября 1951 года вблизи советского побережья исчез патрульный самолет ВМС США P2V-3 «Нептун», обстрелянный перед этим советскими истребителями.
13 июня 1952 года над Японским морем исчез совершавший разведывательный полет самолет ВВС США RB-29 «Суперфортрес».
7 октября 1952 года вблизи японского побережья исчез самолет ВВС США RB-29A «Суперфортрес».
29 июля 1953 года над Японским морем советскими истребителями сбит самолет ВВС США RB-50 «Суперфортрес».
4 сентября 1954 года возле советского побережья сбит патрульный самолет ВМС США P2V-5 «Нептун».
7 ноября 1954 года вблизи острова Хоккайдо (Япония) советскими истребителями сбит самолет-фоторазведчик ВВС США RB-29.
22 июня 1955 года вблизи острова Св. Лаврентия в Беринговом море советскими истребителями сбит патрульный самолет ВМС США P2V-5 «Нептун».
Начиная с июля 1956 года разработанные под руководством ЦРУ самолеты-шпионы U-2, неуязвимые для тогдашних советских средств ПВО, начали безнаказанные полеты вглубь территории Советского Союза.
В 1953 году Трумэна на посту президента США сменил Эйзенхауэр. В свою очередь, Аллен Даллес был назначен директором ЦРУ и стал первым штатским на этом посту. За те неполные девять лет, что Даллес находился у руководства, он превратил ЦРУ в главное оружие Америки периода «холодной войны».
Даллес создал в ЦРУ особую культуру, уникальную атмосферу, продержавшуюся на протяжении следующих двух десятилетий. Главными положениями политики ЦРУ в то время были следующие: «мы наделены властью делать все, о чем нас попросит президент» и «для достижения своих целей мы уполномочены использовать любые средства». Например, привлекать к работе бывших руководителей нацистской разведки, таких, как Рейнхард Гелен, создавать подставные организации типа радиостанций «Свобода» и «Свободная Европа», планировать политические убийства, например, кубинского лидера Фиделя Кастро, и т. д. и т. п.
Работавшие в этот период в стенах ЦРУ представители «интеллектуальной элиты американской нации» – отпрыски аристократических или богатых семейств, выпускники престижных университетов, состоящих в так называемой «Лиге Плюща» – наверняка изучали русскую культуру и читали произведения Достоевского. Скорее всего, знакомы они были и со знаменитым высказыванием этого наиболее известного на Западе русского писателя о том, что «если Бога нет, значит, все позволено». Однако веря в Бога и участвуя в провозглашенном Даллесом «всемирном крестовом походе» против Советского Союза, эти высоколобые интеллектуалы полагали себя свободными от любых моральных ограничений.
Следует отметить, что американское общество тех лет мало что знало не только о деятельности ЦРУ, но даже о самом факте существования этой организации. Информация о тайных операциях лишь иногда просачивалась в широкую прессу.
Однако начиная с 1960 года для ЦРУ наступила эпоха публичных скандалов.
1 мая 1960 года демонстративно бесцеремонный полет через советскую территорию пилотируемого Фрэнсисом Гэри Пауэрсом самолета U-2 была прерван советской ракетой «земля-воздух» в небе над Свердловском. Поначалу американцы попытались ввести в действие легенду прикрытия, заявив, что это был самолет разведки погоды, который сбился с курса. Однако оставшийся в живых Пауэрс дал показания, что работал на ЦРУ. Разразился международный скандал.
В апреле 1961 года была проведена катастрофическая по своим последствиям высадка десанта в бухте Кочинос, ознаменовавшая собой попытку военного вторжения на Кубу. Примерно 1400 кубинских эмигрантов, завербованных и прошедших подготовку в ЦРУ, попытались проникнуть на родину и организовать восстание против режима Кастро, но были наголову разгромлены. В результате этого провала, вызванного, в первую очередь, вопиющими просчетами в организации операции, Даллес был вынужден уйти в отставку.