Через несколько дней после поражения Сталин вызвал Хрущёва в Москву. Впервые Хрущёв испытывал страх за свою судьбу и готовился к худшему, даже к аресту. После нескольких недель напряжённого ожидания Хрущёва назначили членом военного совета Сталинградского фронта, командующим которого стал генерал А. И. Ерёменко.
Находясь в действующей армии, Хрущёв уделял много внимания партизанскому движению — оно приобрело на Украине большой размах. В республике действовали сотни крупных и мелких партизанских отрядов, здесь функционировали десятки подпольных обкомов, горкомов и райкомов и даже подпольный ЦК КП(б)У. Но образовались также националистические вооружённые формирования, которым часто покровительствовали оккупанты. Главные базы УПА (украинская повстанческая армия) и УНРА (украинская народно-революционная армия) находились в Западной Украине.
Конечно, Хрущёв не решал под Сталинградом чисто военные вопросы, хотя и участвовал в обсуждении важнейших проблем фронта. Основной задачей политорганов фронта было поддержание высокого морального и политического уровня, а стало быть, и боевого духа бойцов и командиров. Хрущёв постоянно бывал в войсках, рядом с передовой, в простреливаемой зоне. Опасность всегда оставалась большой. Однажды он находился со своими помощниками в избе, по которой противник открыл артиллерийскую стрельбу. Командир части предложил всем перейти в более безопасное место. Через несколько минут крупный снаряд прямым попаданием разрушил избу. Конечно, любой фронтовой генерал мог бы рассказать немало подобных историй. Иногда Хрущёву, который имел звание генерал-майора, приходилось решать и чисто военные вопросы. В то время, когда все внимание и все силы были прикованы к Сталинграду, на флангах фронта не всё обстояло благополучно. Хрущёв проехал по степи вдоль Волги от Сталинграда до Астрахани. На многих участках не было боеспособных частей, да и Астрахань оказалась не подготовленной к отражению сколько-нибудь серьёзного наступления противника. Своей властью он принял меры к укреплению южного участка Сталинградского фронта.
По свидетельству маршала А. Василевского, Хрущёв был человеком энергичным, смелым, постоянно бывал в войсках, никогда не засиживался в штабах и на командных пунктах, стремился видеть и разговаривать с людьми, и, надо сказать, люди его любили[31].
Хрущёв участвовал в разработке планов контрнаступления Красной Армии под Сталинградом и выступил на большом митинге, посвящённом окончанию Сталинградской битвы.
После расформирования Сталинградского фронта Хрущёв получил назначение на Южный фронт, которым командовал А. Ерёменко, а позднее Р. Малиновский. Этот фронт освободил Ростов-на-Дону. Зимнее наступление 1942/43 года привело к освобождению некоторых районов Украины. Хрущёв был переведён на Юго-Западный фронт, ему присвоили звание генерал-лейтенанта.
Уже на исходе зимнего наступления советские войска освободили Ворошиловград, а затем и Харьков. Хрущёв немедленно посетил эти города. Он был награждён своим первым боевым орденом — Суворова 2-й степени — «за умелое и мужественное руководство боевыми операциями и достигнутые в результате этих операций успехи».
В марте 1943 года его постигло большое личное горе — под Смоленском погиб старший сын Леонид, самолёт которого, сбитый над оккупированной территорией, упал в болотистых лесах. Направленные в этот район партизаны не нашли самолёта — пробив промёрзший верхний слой, он ушёл глубоко в трясину.
С освобождением части Украины Хрущёв начинает заниматься не только военными делами. Так, он и Корниец подписали постановление о подготовке к уборке урожая на освобождённых территориях и о восстановлении животноводческих ферм. Но Германия ещё надеялась на победу и готовилась к новому наступлению. В знаменитой Курской битве с советской стороны участвовали войска пяти фронтов — Брянского, Центрального, Воронежского, Степного и Юго-Западного. Хрущёв был членом военного совета Воронежского фронта. Наша победа на Курской дуге, освобождение Орла и Белгорода открыли путь на Украину. Был организован Первый Украинский фронт, командующим которого стал генерал армии Н. Ф. Ватутин, а членом военного совета — Н. С. Хрущёв.
В конце августа наши войска окончательно освободили Харьков. В сентябре и октябре Москва салютовала в честь освобождения Сталино, Сум, Чернигова, Полтавы, Запорожья, Днепропетровска, Днепродзержинска. Войска с ходу форсировали Днепр и образовали на его правом берегу несколько плацдармов. Наиболее успешно действовали части на Лютежском плацдарме, поэтому сюда перебрасывались ударные силы фронта. 2 ноября войскам объявили приказ, подписанный Ватутиным и Хрущёвым, о наступлении на Киев. Оно развивалось стремительно, и его возглавили лично Хрущёв и Ватутин. 5 ноября первые боевые части ворвались в пригороды Киева, а в ночь на 6 ноября столица Украины была очищена от вражеских войск.
Вокруг имени Хрущёва сложилось немало легенд, сочинённых его приверженцами и недоброжелателями. В одной из них говорилось, что 6 ноября, после торжественного заседания по случаю годовщины Октября, Сталин устроил для приближённых большой ужин, на котором был и Хрущёв. Неожиданно Сталина позвали к телефону. Вернувшись, он сказал: «Киев взяли». И при одобрении гостей приказал: «Пляши, Никита, пляши. Киев же взяли». И Хрущёв, едва не на столе, стал отплясывать гопака. Все это, конечно, чистая выдумка. 6 ноября Хрущёв находился в атакующих частях фронта, вместе с которыми он вошёл в горящий город. Уже через несколько часов в Киев прибыли и другие руководители республики. 8 ноября Хрущёв направил Сталину письмо «О положении в Киеве». В письме говорится об огромных разрушениях, об угоне и убийстве тысяч жителей. «Киев производит впечатление вымершего города»[32].
Закрепившись на правом берегу Днепра и отбив немецкое контрнаступление, наши войска начали подготовку к новому наступлению. Но Хрущёв уже не пошёл дальше на запад с войсками. 6 февраля 1944 года указом Президиума Верховного Совета УССР он был назначен Председателем Совета Народных Комиссаров УССР. При этом он остался и первым секретарём ЦК КП(б)У.
Перебравшись из штабов и землянок в просторный кабинет в Киеве, Хрущёв с присущей ему энергией принялся за решение проблем разорённой Украины и, пока шла война, не снимал своей генеральской формы. 10 февраля он встретился с прославленным партизанским командиром дважды Героем Советского Союза С. А. Кочпаком. Украинские партизаны выходили из лесов и подполья. Часть из них пополняла действующую армию, других рекомендовали на руководящую работу в республике. Положение на селе было тяжёлым. Большинство производственных построек было разрушено, крупный рогатый скот почти весь вырезан. Пришлось организовать доставку скота из Средней Азии, из Татарской АССР, Казахстана, Сибири. На посевные работы выходили женщины с мотыгами и лукошками — здоровые мужчины воевали или погибли, миллионы молодых украинцев были угнаны для работы в Германию. Хрущёв ездил по освобождённым областям, составляя перечень недостатков, вырабатывал предложения по их устранению. Этот материал в форме письма областным руководителям публиковался в газетах.
Много внимания и сил требовало восстановление промышленных предприятий, шахт, рудников, электростанций, линий связи, железных и шоссейных дорог. Ещё раньше правительство СССР признало целесообразным сохранить эвакуированные предприятия на новых местах, а на освобождённых территориях строить новые, вернув лишь необходимое число рабочих и инженерно-технических работников. Восстановительные работы шли быстро, несмотря на недостатки жилья и рабочей силы.
В марте 1944 года советские войска возобновили наступление и вышли к старой государственной границе СССР на реке Прут. Были освобождены Николаев, Черновицы, Одесса, Тарнополь. В Киеве состоялась сессия Верховного Совета УССР, заслушавшая доклад об освобождении Украины и задачах восстановления народного хозяйства республики. Показательно, что некоторые депутаты, заканчивая своё выступление, произносили не только традиционную здравицу в честь «великого Сталина», но и в честь «верного соратника Сталина», «человека, с именем которого связаны годы расцвета Украины и освобождения её от немецких захватчиков», т. е. Хрущёва.