Особое место в творчестве Чапека занимает тема войны. Война была для писателя самым ужасным воплощением зла, все еще тяготеющего над человеческими отношениями. Это зло он обличает в пьесе "Из жизни насекомых", написанной им вмести с братом и выдержанной в духе аллегории, в которой флиртующие бабочки, воинственные муравьи и жуки - скопидомы олицетворяют пороки современного общества. Предчувствие войны применением страшных средств разрушения пронизывает роман "Кракатит". Тема войны затронута в повести "Фабрика абсолют" и в драме "R.U.R.". Но особенно сильно зазвучала она в творчестве писателя в 30-е годы. При этом если раньше протест против бесчеловечности чаще всего выражался у Чапека в общефилософской форме, то теперь его произведения все больше наполняются критикой конкретных носителей исторического зла.

Материал для этого давала сама действительность. Говоря словами Чапека, это было время, когда "на Оперплаце в Берлине уже убрали пепел костров, на которых сжигали книги. Догорели произведения поэтов и ученых; социализм, пацифизм, свобода мысли были брошены в огонь, словно таким образом их можно сжить со света". Все очевиднее становился агрессивный курс фашистской Германии.

Чапек с глубоким сочувствием следил за борьбой абиссинского народа против итальянских фашистов. Его возмущала варварская война против республиканской Испании. "Есть вещи, мимо которых нельзя пройти равнодушно, не почувствовав, что все мы, все человечество перестаем быть людьми, писал Чапек. - Двести пятьдесят детей было разорвано на куски взрывом авиабомбы в школе каталонского местечка Лерида. Двести пятьдесят ребятишек сидели за партами, и в одно мгновение от них остались только куски кровавого мяса. Мы не узнаем имени летчика, столь успешно сбросившего бомбы. Может быть, это был патриот Франко, или молодой немец, или итальянец... Наверное, он будет отмечен в армейском приказе. Вероятно, это большой успех - сразу убить двести пятьдесят детей. Это можно называть деморализацией тыла. Но большинство европейцев не избавится от чувства ужаса, читая это сообщение, не избавится от мысли, что совершилось еще одно из самых крупных варварских злодеяний нашего столетия. Не будем винить в этом преступлении экипаж самолета. Ответственность падает на высшие круги, на тех, кто приказывает, кто руководит, кто финансирует всю ату резню этих постыдных лет".

Не случайно пьеса Чапека "Белая болезнь" (1937) строится как поединок врача - исцелителя, борца за жизнь людей с милитаристом Маршалом, вдохновителем агрессии, символизирующим смерть.

Новым для творчества Чапека было то, что идеалы Маршала обретают ощутимое сходство с агрессивной нацистской идеологией, процветавшей в гитлеровской Германии. Ближайшего сподвижника Маршала Чапек наделяет символической фамилией Крюг (от немецкого "der Krieg"-война). Когда пьеса была поставлена в Национальном театре в Праге, посол фашистской Германии даже потребовал замены этой фамилии.

Вместе с тем в своих произведениях позднего периода Чапек не отказался от философских обобщений или от фантастического элемента. Фантастика по-прежнему служит ему средством заострения проблем. Она присутствует и в пьесе "Белая болезнь". Обобщающим символом духовной проказы является в этой драме смертельный недуг, поразивший человечество. Лишь один безвестный врач Гален обладает секретом лекарства. И он решает использовать свою монополию как оружие в борьбе против богатых и власть имущих, от которых зависит развязать или предотвратить войну. Отказываясь предоставить лекарство вершителям агрессивного курса, Гален хочет столкнуть их самих лицом к лицу со смертью, на которую они хладнокровно посылают тысячи людей.

Чапек писал, что пьеса лишь привлекает внимание к конфликту, который может решить только история. Своей драмой он призывал читателей глубже задуматься над тем, что происходит в мире, быть не зрителями, а активными участниками исторической борьбы.

Размышления Чапека о войне и агрессивной политике отражены и в его сатирических миниатюрах, соединяющих в себе черты басни и афоризма (они представляют собой изречения приписанные животным, вещам или людям определенных профессий, общественных позиций и политических склонностей). Mногие миниатюры Чапека возникли как отклик на международную политику и военные конфликты 30-х годов. К "микросатирам" относится и своеобразный цикл "Побасенки будущего". Замысел этого цикла родился, по-видимому, не без влияния Уэллса. Английский писатель в одном из своих произведений, обращаясь к будущему, изображает элоев и морлоков - далеких потомков современного человечества, часть которого выродилась в изнеженных и почти бесплотных паразитов, а другая часть превратилась в полудиких существ, загнанных под землю.

В связи с опасностью катастрофических войн, грозящих сделать невозможной жизнь на поверхности планеты, Чапек переосмыслил идею "пещерных людей" будущего. Его побасенки, проникнутые изрядной долей сарказма, написаны как изречения этих подземных людей, у которых перевернуты все представлении о мире: свет кажется им злом, а тьма - благом.

Вершиной творчества Чапека является роман "Война с саламандрами" (1936), одно из наиболее сильных антифашистских произведений в мировой литературе кануна войны. Пристальное наблюдение международной жизни тех лет слилось в этом произведении с тридцатилетним опытом большого художника. Роман - синтез всего лучшего в творчестве Чапека, новое слово писателя.

Чапек оригинально задумал это произведение, как бы сплавил воедино два приема, которые прежде применялись им порознь. Один из этих приемов состоял в том, что обесчеловечивание личности и общественные пороки, недостойные имени человека, Чапек нередко обличал в гротескно-сатирических картинах, используя аллегорические образы животных, насекомых. Таковы, например, муравьи и сверчки в пьесе "Из жизни насекомых". В "Войне с саламандрами" он соединил этот прием с научной фантастикой. Чапек исходит из фантастического допущения, будто, то один вид редких животных начал быстро эволюционировать, повторяя путь развития человека. Открывается широчайший простор для сатирических аналогий и параллелей. "Ведь в самом деле, рассуждал писатель, - отнюдь не исключено, что при благоприятных условиях иной тип жизни, скажем иной зоологический вид, нежели человек, мог бы стать двигателем культурной эволюции... Не исключено, что при определенных условиях пчелы или муравьи могли бы развиться в высокоинтеллектуальные существа, способности которых к созданию цивилизации были бы ничуть не ниже наших". И писатель задает иронический вопрос: "иной зоологический вид... стал ли бы совершать такие же безумства, как человечество? Вел бы такие же войны? Переживал бы такие же исторические катастрофы?"