Так или иначе, японский поход был выполнен и с результатами не плохими: были открыты, осмотрены и описаны Курильские острова, а также северные части Японии. Весь этот район земного шара получал теперь совершенно иной вид, ничего общего не имевший с теми обозначениями на картах, которые считались в ту пору правильными. Проблематические земли, все эти Компанейские острова, Штаты и пр., красовавшиеся до той поры на картах и прочно запечатлевшиеся во многих умах, должны были навсегда исчезнуть.

Но вот пред нами еще одна поучительная и вместе печальная страница из истории развития науки. Рутина, косность, интрига, злоба сделали то, что Шпангбергу еще долго не верили и отнеслись к его донесениям вначале с полнейшим невниманием.

Вернемся к нашему путешественнику. Прибыв в Охотск, Шпангберг еще застал там Беринга, оставшегося очень довольным результатами японского похода. Задача похода была безусловно выполнена. Шпангберг заслужил и ожидал для себя больших наград. Но он полагал, что успех всего предприятия станет еще более значительным, если он приведет в русское подданство обитателей Курильских островов, о чем было рассказано выше. С этой целью Шпангберг просил Беринга разрешить ему на следующий год совершить еще один поход. Не учтя предложения Шпангберга и исходя из чисто формальных соображений (по программе на японский поход полагалось лишь два лета, каковые и были уже использованы), Беринг не решился самолично продлить срок экспедиции, а потому направил своего коллегу в Петербург для самостоятельных действий. Донесения же его немедленно отправил в Петербург через Якутск, где Шпангберг должен был провести зиму. Шпангберг выехал в дальний путь, не подозревая, что против него уже вьется клубок интриг.

Лишь только японская экспедиция закончилась, тайные и явные враги Шпангберга воспрянули духом и принялись строчить в Петербург кляузы. Штурманский офицер Петров, тот самый, которого Шпангберг грозил повесить на рее, объявил на своего начальника страшные "слово и дело". Другой его недруг, готовый при первой возможности перегрызть ему горло, уже известный нам беспокойный Писарев, "боясь бога", но тем не менее исходя из ложных предпосылок и в дальнейшем не без логической последовательности развивая их, горячо доказывал, что все путешествие Шпангберга обман, что он не был в Японии вовсе, а лишь прошелся у берегов Кореи.

Свое утверждение Писарев обосновывал прежде всего на некоторых подробностях плавания, главным образом на румбах направлений, которые он разузнал у Вальтона; во-вторых, у него под руками находилась единственная карта Японии Штраленберга, где страна была обозначена прямо на юг от Камчатки. Происхождение этой карты было таково: сделав кое-как поверхностные наблюдения во время своего путешествия с Массершмидтом в Сибирь, Штраленберг, вернувшись к себе на родину в Лейпциг, поручил кому-то на основании представленных им материалов написать за него книгу, а заодно составить и карту. И эта злополучная карта, долго вводившая в заблуждение географов, стала свидетельством против мореплавателей, лично посетивших страну. Вот все аргументы Писарева, но их было достаточно, чтобы возбудить смятение в умах петербургских заправил экспедиции, недоверие и тысячи сомнений, усугубленных еще Берингом и самим Шпангбергом: первый, просматривая журналы Шпангберга, нашел там немало ошибок, а второй то же проделал с тетрадями Вальтона. В общем получилась неразбериха, и вполне понятным становится недоумение Адмиралтейств-коллегий: подлинно ли моряки посетили Японию?

Коллегия довольно просто вышла из затруднения: Шпангбергу предписывалось еще раз проделать вояж в Японию, о чем представить более точные и основательные данные. Как громом, поразило Шпангберга приказание, врученное ему еще в Якутске, вернуться в Охотск и повторить свое плавание. Разгневанный незаслуженной несправедливостью, моряк отправился к месту назначения. Но в Петербурге не успокоились на этом; повидимому, у Шпангберга были не только недруги, но и заступники. Для проверки и перевычислений показаний моряков была избрана авторитетная комиссия из моряков под председательством Дмитрия Лаптева и гидрографа адмирала А. Нагаева.

В тяжелом настроении духа, в августе 1740 года вернулся Шпангберг в Охотск и, конечно, не смог в ту же навигацию осуществить поход. В Охотске еще находился Беринг, деятельно готовившийся к своему походу в Америку. Никак не предполагая, что Шпангбергу еще раз придется пускаться в море, он забрал все его запасы, а также и лучшие его суда; вряд ли он и придавал какое-либо значение новому походу своего коллеги.

Новое осложнение угнетающе подействовало на моряков: уже не чувствуется в их работе прежней энергии, все идет неудачно. Все же Шпангберг отправляется в Якутск и заготовляет там к новой экспедиции снаряжение и провизию. Сопровождаемый большим транспортом, он возвращается в Охотск уже к концу июня 1741 года, за ним следуют дополнительные грузы. Пока заканчивали постройку новых судов и подготовляли их к экспедиции, наступил сентябрь; о дальнем путешествии в Японию нечего было и думать, но кое-что, - полагал Шпангберг, можно было выполнить еще и в эту навигацию.

Послав "Надежду" под командою мичмана Шельтинга для описи западного берега Охотского моря до устья Амура, Шпангберг с остальными судами вышел в Большерецк на Камчатку, где намеревался перезимовать. Во время приключившейся по дороге сильной бури бригантина "Св. Михаил", которой "командовал за недостатком надежных морских офицеров геодезист Свистунов", потеряла способность управляться и со сломанной бурею гротмачтой была отброшена к Курильским островам. Неудача постигла и "Надежду": пройдя Шантарские острова и нигде не найдя хорошей стоянки, судно получило сильную течь. Теперь приходилось думать уже не об описи берегов, а о спасении команды, а потому Шельтинг поспешил вернуться в Большерецк. К началу октября все суда находились в Большерецке.

23 мая 1742 года Шпангберг снялся с якоря и снова поплыл в Японию. Сам он держал флаг на только что выстроенном пакетботе "Св. Иоанн". Штурмана Петрова уже не было с ним, вместо него он взял штурманов Хметевского и Верещагина. Специально для этого путешествия к Шпангбергу были прикомандированы из Петербурга в качестве переводчиков двое учеников Академии, изучавших японский язык. В походе принял также участие и "Св. Михаил" с новой гротмачтой, перевезенной "с великими усилиями" из Верхнекамчатска. Командовал кораблем тот же Шельтинг, а дубельшлюпкой "Надежда" - штурман Ртищев.