По-видимому, в начале 1593 года у Марло возникает замысел большой поэмы на античный сюжет - "Геро и Леандр". К весне были готовы две первые ее части.
На этот раз произведение Марло обращено не к пестрой народной театральной аудитории, а к сравнительно узкому кругу знатоков поэзии и образованной придворно-аристократической среде. Здесь придавалось большое значение "искусству" в поэзии, то есть умению поразить воображение филигранной отделкой стиха, сложным мифологическим сравнением, предполагающим высокую культуру читателя, изяществом выражения. Всеми этими качествами обладает "Геро и Леандр". Поэтическая ткань поэмы, более чем когда-либо у Марло, насыщена мифологическими образами; иногда они образуют целую цепь (например, в описании красоты Леандра); зачастую поэт нарочито усложняет мифологическое сравнение описательным оборотом: кентавров он называет "косматыми существами, порожденными грешным Иксионом", использует мелкие детали античного эпоса ("как жезл Цирцеи, был он станом строен") или даже выдумывает такие детали, чтобы намекнуть на менее известные варианты древних легенд. Искушенному читателю должно было быть понятно, например, что Нептун, подарив Леандру браслет Геллы, совершает как бы обряд обручения.
Плавные периоды поэмы скреплены созвучиями парных рифм; фраза, свободно расположенная а строках, в нужных случаях легко "кристаллизуется" в афористичных, синтаксически законченных двустишиях; четкая, даже жесткая ритмозвуковая основа поэмы усиливает ощущение непринужденности интонации, субъективной, авторской свободы в изложении. Поэтому так легко вплетаются в сюжет авторские отступления, иронические сентенции.
Стиль "Геро и Леандра" несет явственный отпечаток условности. По античной легенде, Геро и Леандр - идиллически наивные существа, любовь их безыскусственна, как проста и естественна окружающая их природа. Геро и Леандр Марло наделены лишь условной простотой, сквозь которую проступают черты совсем иные. "Юная жрица" носит ожерелье из простых камешков - и роскошное одеяние с модными в XVI веке сюжетными вышивками на рукавах, драгоценную обувь с хитроумным механическим приспособлением. Леандр, не обладающий, как предполагается, любовным опытом, обращается к Геро с любовной речью, "как ритор изощренный". До минимума сведен пейзаж; краски живой природы уступают место мифологическим аллегориям и яркому, но мертвенному сиянию хрусталя, золота, алмаза. Марло и не стремится скрыть условности поэмы. Целым рядом деталей он дает почувствовать, что на сюжетной канве легенды выткана история любви современных ему героев. Геро напоминает не жрицу, а аристократку XVI века, Леандр - юношу невысокого социального положения, наделенного, помимо красоты, острым умом и красноречием, "Богиня, увлеченная пастухом" - так иносказательно подчеркивается социальное неравенство героев. Но этот мотив подчинен главному - защите любви, свободной от средневековой аскетической морали. В страстной и вместе с тем чуть-чуть иронической речи Леандра против девства заключена огромная полемическая сила, по достоинству оцененная современниками Марло. Отрицание "божественности" аскетического идеала было вызовом, кощунством с точки зрения религиозного англичанина XVI века.
В "Геро и Леандро" с первых строк звучит и трагическая тема. Леандр должен погибнуть. Как и в "Эдуарде II", падение героя связано с патологической страстью - на этот раз Нептуна к Леандру - значение этого аспекта поэмы нельзя недооценивать: здесь творчество Марло частично соприкасается с литературой эпохи кризиса и упадка гуманизма. Тема патологических страстей и безумия героев то с большей, то с меньшей силой выступает в "Дидоне", "Тамерлане Великом" и "Эдуарде II". Правда, она нигде не занимает ведущего места. Трагизм Марло определяется иными проблемами, он проникнут пафосом борьбы за гуманистический идеал. И все же даже резко отрицательные герои трагедий Марло второго периода - Варавва, Мортимер, Гиз - обладают долей темного обаяния, В "Геро и Леандре" возникает еще одна, ранее несвойственная Марло тема - всевластие судьбы, господство страстей над разумом. Рядом с ясными пластическими образами время от времени появляются образы излишне отвлеченные, поражающие прежде всего выдумкой и неожиданностью.
Поэму "Геро и Лоаидр" Марло закончить не удалось. Этому помешали надвинувшиеся грозные события.
Марло уже в течение некоторого времени находился под наблюдением тайной полиции. В середине мая 1593 года в руки "наблюдателей" попали новые порочащие Марло сведения.
В эти дни лондонская полиция занялась расследованием важного "дела": в городе начались волнения подмастерьев, были обнаружены бунтовщические прокламации. Во время поисков авторов и издателей прокламаций полиция заподозрила драматурга Роберта Кида и произвела обыск у него на квартире. Крамольных листков не было; но среди рукописей Кида был найден трактат, содержащий различные еретические высказывания; эта находка заинтересовала полицию в высшей степени. Кид был арестован и при аресте показал, что трактат является собственностью Марло, с которым он, Кид, жил раньше в одной комнате. При ближайшем рассмотрении рукопись оказалась изложением еретических взглядов унитарианца Джона Эштона, осужденного в 1549 году.
18 мая 1593 года Тайный совет постановил арестовать Марло. В это время поэт находился в Скэдбери, в доме Томаса Уолсингема. Из Скэдбери констебль доставил Марло в Лондон. Однако официального разбирательства не последовало. Марло дал подписку о невыезде: он должен был ежедневно являться в Тайный совет.
В мае в Лондоне началась очередная вспышка эпидемии чумы. Видимо, поэтому Марло направился в Дептфорд - местечко в трех милях от Лондона, на берегу Темзы. Дептфорд был местом загородных прогулок лондонцев; на реке близ Дептфорда стоял на вечном приколе знаменитый корабль "Золотой олень", на котором флотоводец, пират и путешественник Френсис Дрейк совершил кругосветное плавание.