В то же время, Конституция Российской Федерации в силу ст. 15 обладает прямым действием, высшей юридической силой и действует на всей территории Российской Федерации. Таким образом, право на отказ от военной службы по убеждениям, гарантированное Конституцией, с юридической точки зрения, остается неотъемлемым правом граждан даже в условиях отсутствия специального федерального закона об альтернативной гражданской службе. Одна вещь является очевидной: в России на сегодняшний день нет единообразной судебной практики по делам, связанным с требованиями предоставления альтернативной гражданской службы. На практике, право граждан на отказ от военной службы по убеждениям повсеместно игнорируется военными комиссариатами (территориальные органы Министерства обороны, отвечающие на организацию призыва на военную службу) и призывными комиссиями. Это нарушение Конституции и ограничение конституционного права гражданина, а согласно п. 3 ст. 55 Конституции права и свободы гражданина могут быть ограничены федеральным законом только в той мере, в какой это необходимо в целях защиты основ конституционного строя, нравственности, здоровья, прав и законных интересов других лиц, обеспечения обороны страны и безопасности государства.
В нарушение Конституции, призывные комиссии принимают решение о призыве на военную службу отказников по убеждениям. Эти действия призывных комиссий становятся объектом обжалования в суд со стороны отказников по убеждениям, чьи права нарушены. Результаты весьма противоречивы. Одни судьи признают право призывника на отказ от воинской службы, ссылаясь в своих решениях на Конституцию РФ, как основной закон страны.
В других случаях суды выносят решения не в пользу призывников, а в пользу призывных комиссий, руководствуясь не положениями Конституции, а традиционными представлениями об обязательности службы в армии для каждого "настоящего мужчины", но прежде всего ссылаясь на отсутствие соответствующего федерального закона.
В России на сегодняшний день нет единообразной судебной практики по делам, связанным с требованиями о предоставлении альтернативной гражданской службы. К сожалению, Верховный суд РФ не пытается каким-либо образом систематизировать судебную практику и издать руководящие разъяснения по данной категории судебных дел, что, несомненно, значительно бы облегчило отстаивание своего права на АГС. Более того, имеются случаи, когда Верховный суд РФ отказывал в удовлетворении жалоб призывников, ссылаясь на то, что ч. 3 ст. 59 Конституции РФ не имеет прямого действия, поскольку для реализации этого конституционного права необходима дополнительная регламентация, а соответствующего федерального закона нет. Поскольку вопрос с альтернативной гражданской службой в современной России является довольно сложным, в том числе и с юридической точки зрения, судьи поразному решают дела этой категории. Это можно отнести и к судьям Верховного суда РФ, не говоря уже о судьях районных судов. Поэтому во многом успех дела будет зависеть от конкретного судьи, который будет рассматривать жалобу отказника, его личной позиции по делу.
В некоторых случаях суды мотивируют свое отрицательное решение тем, что призывник якобы "не сумел должным образом доказать" свои убеждения, препятствующие ему проходить военную службу. Суды отказываются удовлетворять жалобы призывников, мотивируя это либо отсутствием закона, либо тем, что призывник не смог доказать наличие убеждений, которым противоречила бы служба в армии.
Согласно ст. 28 Федерального Закона "О воинской обязанности и военной службе" в редакции, принятой Госдумой 6 марта 1998 года в случае обжалования решения призывной комиссии в суд, его выполнение приостанавливается до момента вступления судебного решения в законную силу. В некоторых случаях, однако военные комиссариаты действуют неправовыми, противозаконными методами: при помощи милиции они угрозами и силой доставляют в казармы призывников, ждущих судебного решения по своей жалобе. Почти в каждом случае призывник, отказывающийся от службы в армии по убеждениям, проходит через сильный психологический пресс, специально организуемый военкоматами.
С 1995 года военные комиссариаты действуют на основании директивы № 315/6/175Ш от 28.08.95г. Министерства обороны, предписывающей военкоматам рассматривать подаваемые заявления об отказе по убеждениям и направлять таких призывников в части, служба в которых "не связана с ношением и использованием оружия", о чем выдавать призывникам соответствующую письменную гарантию. С юридической точки зрения эта директива, впрочем, не является решением проблемы отказников по убеждениям, поскольку воинская служба в какой бы то ни было части предполагает обязательное принятие воинской присяги, исполнение приказов командиров и прохождение "курса молодого бойца" по обучению владению оружием. На практике, призывники, согласившиеся проходить службу в таких частях, попадают в так называемые "строительные батальоны", где оказываются в еще более худших условиях, подвергаясь пыткам и жестокому обращению. Возможен вариант, когда призывная комиссия предлагает отказникам компромисс, который заключается в обещании того, что из "альтернативщиков" будет сформирована специальная отдельная часть, с созданием необходимых условий для прохождения военной службы верующими и другими "убежденцами". Однако ни юридически, ни фактически создание таких формирований невозможно, так что подобные предложения следует рассматривать лишь как очередную уловку военкомата.
Однако даже в отсутствие закона сотни молодых людей отказываются служить в армии по убеждениям совести. Они избирают нелегкий путь, поскольку гораздо проще купить липовую медицинскую справку о состоянии здоровья и "закосить" от армии, как это делает ежегодно около 20 % от общего числа призывников. Некоторые отказники добиваются решения в свою пользу, некоторые подвергаются уголовному преследованию и тюремному заключению. Все они не только пытаются поступать так, как им велит совесть, но и способствуют более скорому принятию закона "Об альтернативной гражданской службе". Принятие этого закона ознаменует собой окончательный переход от "общества полностью готового к войне" к обществу переходного типа.