Летом 1919 года выявилась также зависимость армии “верховного правителя России” от других белогвардейских формирований, ведших борьбу с красными и левоэсеровскими партизанами на ряде участков транссибирской железной дороги — единственной коммуникации, связывавшей Омск с зарубежным миром. Особо заметную роль в контроле над транссибирской магистралью обрели в этот период действовавшие в Забайкалье отряды казачьего атамана Григория Семенова, которые весной 1918 года вторглись в Забайкалье из Маньчжурии (северо-восточного Китая). Но даром оказывать Колчаку услуги Семенов не пожелал. Зная о нахождении в Омске “царского” золотого запаса, он стал настойчиво добиваться выдачи ему части золота, ссылаясь на необходимость закупок оружия и боеприпасов для своих казачьих отрядов. Подбивали Семенова на такие домогательства к омскому правителю и японские советники, неотлучно находившиеся при атамане в те годы. И Колчаку пришлось “отстегнуть” семеновцам часть царских драгоценностей. В июне 1919 года казачий атаман получил от Омского правителя два вагона с золотыми слитками. Ориентировочно в золотых рублях их стоимость исчислялась в 43,5 миллионов рублей. Приблизительно в тот же период захватил Семенов запас Читинского государственного банка, определявшийся в сумму 5 миллионов золотых рублей.

Весной-летом 1919 года наспех сформированные полки омского “верховного правителя” стали терпеть поражения от Красной Армии и откатываться на восток. К осени 1919 года армия Колчака окончательно утратила способность к сопротивлению Ее разбитые части стали одна за другой обращаться в бегство группируясь вдоль транссибирской железнодорожной магистрали и подвергаясь то и дело атакам красных партизанских отрядов. В ноябре 1919 года Колчаку и его правительству пришлось покинуть Омск и направиться в Иркутск, к востоку от которого дислоцировались тогда передовые части вооруженных сил японских интервентов.

При отступлении из Омска колчаковской армии несмотря на угрозу окружения и замешательство в ее рядах удалось все-таки увезти с собой вагоны с “царским” золотом. Подтверждением тому стали показания одного из офицеров этой армии М.К. Ермохина, данные в сентябре 1945 года после его ареста в Маньчжурии органами советской прокуратуры. “В ноябре 1919 года, — сообщил Ермохин, — я по приказу Колчака в городе Омске со своим отрядом принял охрану золотого фонда, который Колчак вывозил из России. Золото из Омского банка было погружено в 20 товарных вагонов и под охраной солдат, которыми я командовал, было отправлено в Нижнеудинск. В эшелонах, прибывших в Иркутск с остатками колчаковской армии находился, как сообщают историки, и эшелон с “царским” золотым запасом.

Однако развитие событий стало в последующие дни еще “круче” и полностью нарушило все ожидания и расчеты Колчака: 28 декабря 1919 года в Иркутске политические противники Колчака — левые эсеры подняли восстание. Попытки отрядов атамана Семенова оказать помощь колчаковским отрядам, окончились неудачей. Не помогли “верховному правителю” и подошедшие к Иркутску с востока японские вооруженные силы: их генералы предпочли не ввязываться в сражение и заняли выжидательную позицию. И это не случайно: японское командование не питало особых симпатий к Колчаку, недолюбливавшему “Страну восходящего солнца” и мечтавшему о восстановлении единой Российской империи. В результате спустя несколько дней, а именно 3 января 1920 года сопротивление колчаковцев отрядам восставших левоэсеров было подавлено, а казачьи подразделения атамана Семенова отступили от Иркутска в направлении Читы. Далее, 4 января 1920 года морально сломленный Колчак сложил с себя полномочия “верховного правителя России” и сдался отряду белочехов. Чехи же 15 января передали беззащитного адмирала в руки “красных”, после чего 7 февраля 1920 года бывший “омский правитель” был без промедления расстрелян последними по приговору революционного трибунала.

В этой сумятице значительная часть эшелона с “царским” золотом была перехвачена вступившими в Иркутск отрядами Красной Армии и взята под охрану. Дальнейшее расследование показало, что отступившим на восток колчаковцам не удалось увезти с собой целиком оставшуюся у них часть золота и они бросили в Иркутске 6354 ящика с золотыми слитками и прочими драгоценностями на сумму 409625870 рублей. Вскоре — 28 мая 1920 года эти ящики по решению специальной комиссии были переданы под контроль Наркомата финансов РСФСР.Что же касается другой части эшелона с “царским” золотом в составе нескольких вагонов, то эти вагоны остались в руках колчаковцев, бежавших в направлении Читы и оказались таким образом в зоне дислокации японских вооруженных сил, чьи хищные генералы жадно захватывали все, что плохо лежало и могло быть увезено ими в “Страну восходящего солнца”.

Сведения о наличии у Колчака значительной части золотого запаса царской России дошли до японцев еще тогда, когда это золото находилось в Омске. И информировало об этом японское военное командование сама колчаковская администрация:

Обращает на себя при этом явно повышенный интерес и какое-то нездоровое любопытство японских публицистов и историков к фантастическому по своим размерам скопищу “царского” золота, оказавшемуся нежданно в центре Сибири, то есть ближе, чем когда-либо к Японии и едва ли не в пределах досягаемости японской оккупационной армии, чьи передовые отряды продвинулись в то время почти до Байкала. Казалось бы, ну зачем было японскому историку Фусукэ Яманоути — изучавшему интервенцию Японии в Сибири заниматься скрупулезными подсчетами запасов золотых слитков, монет и прочих драгоценностей, которыми завладело в конце 1918 года Омское правительство во главе с адмиралом Колчаком и о захвате которых в тот момент японцы не могли всерьез помышлять. Так нет же: именно этому “царскому” золоту посвятил названный историк в своей книге “Тайная история Сибири от начала и до окончания сибирской экспедиций” подробнейшие цифровые выкладки, с информацией о том, сколько в омских хранилищах государственного банка России имелось в 1919 году золотых слитков, золотых русских монет, а также иностранных монет. Как лису в знаменитой крыловской басне пленял запах сыра в клюве вороны, сидевшей на дереве, так пленила верхи милитаристской Японии в те смутные для России годы мечта об овладении этим несметным богатством, казавшимся японцам особенно громадным на фоне жалких валютных резервов самой Японии тех лет. Да и в самом деле размеры золота, оказавшегося в хранилищах Омска казались японцам колоссальными: по подсчетам Яманоути они составляли 523 миллиона рублей золотой русской монетой, 90 миллионов рублей слитками золота и 28 миллионов иностранными монетами. И вот в 1919 году казалось бы неосуществимые вожделения японцев стали вдруг сбываться: омское золото пуд за пудом, тонна за тонной, ящик за ящиком двинулись в зону японской оккупации.

Как уже говорилось выше, утвердившись в Омске, Колчак и его генералы ощутили вскоре острую нехватку оружия и боеприпасов. Единственно возможным путем дополнительных поставок и того и другого была для Колчака транссибирская железнодорожная магистраль. При таких обстоятельствах Япония с ее работавшими на полную мощь военными предприятиями оказалась наиболее подходящим поставщиком вооружений, хотя к японцам Колчак не питал большого доверия и ориентировался главным образом, на политическую и экономическую поддержку Англии. Однако неудачи колчаковцев в боях с Красной Армией вынудили “верховного правителя России” проявить чрезвычайную поспешность и действовать вопреки своим взглядам и предубеждениям, отбросив в сторону недоверие к японским правительственным деятелям, с чьим коварством, Россия не раз сталкивалась в прошлом. Именно безысходность складывавшегося положения заставила Колчака принять решение о размещении в Японии своих военных заказов.