Сложными были условия, в которых проходило упрочение Советской власти в губернии. Дутовцы продолжали борьбу, подняв мятеж. 2 апреля в станице Изобильной они почти полностью уничтожили красногвардейский отряд, прибывший во главе с С. М. Цвиллингом для подавления мятежа, а в ночь на 4 апреля совершили налет на Оренбург. Нападение было со стороны Форштадта, куда часть дутовцев сумела просочиться раньше. Много людей, застигнутых врасплох, погибло в начале этого внезапного налета, зарублен был редактор газеты «Известия Оренбургского военно-революционного комитета» С. С. Гринберг, зверски убиты располагавшиеся в казармах бывшего юнкерского училища красногвардейцы, где белоказаки не пощадили женщин и детей, приехавших навестить своих мужей и отцов, дикую расправу учинили они и в бывшем доме Панкратова на Гостинодворской, где в это время в части помещений было устроено нечто вроде общежития и там находились революционные матросы.

Несмотря на внезапность, город захватить не удалось. Устоял красногвардейский штаб под командованием П.С. Курача в Хлебном переулке в бывшем доме Брагина (тогда № 7, теперь № 4), где находился и отряд интернационалистов во главе с венгром Шипко. Сюда прибыли товарищи, спасшиеся из дома Панкратова. Как вспоминает бывший красногвардеец Б. Филонов, белые сначала пытались атаковать штаб с перекрестка Введенской, но пулеметный огонь из полуподвального этажа штаба подавил атаку. На перекрестке Николаевской и Гостинодворской белоказаки установили пушки и стреляли из них, корректируя огонь из Панкратовского дома; пытались обойти штаб со стороны Хлебной площади, но все напрасно. Руководимый большевиками Военно-революционный штаб избрал основной базой обороны вокзал и Главные мастерские. Собранные им рабочие-красногвардейцы к полудню выбили белоказаков из города. На траурном митинге во время похорон жертв набега выступавшие клялись отмстить за их гибель и до последней капли крови бороться за власть Советов. На могиле, там где сходятся теперь улица Цвиллинга и Парковый проспект, был насыпан холм, на верху которого позже поставили обелиск. В 1950 году здесь открыт памятник.

Снова потребовалась помощь В. И. Ленина, так как дутовцы не прекращали попыток прервать коммуникации и захватить город. В Оренбург из разных городов и с западного фронта прибыли советские воинские части, объединенные под командованием Г. В. Зиновьева, они до конца июня срывали все попытки белых.

Положение чрезвычайно усложнилось в конце июня в связи с мятежом Чехословацкого корпуса. Белочехи отрезали Оренбург от Советской России, захватив ряд городов и в том числе Бузулук. Отряды дутовцев значительно усилились. В связи с создавшейся ситуацией на совещании губкома РКП (б), губисполкома и командования войсками решено было вывести войска из города. Оренбург почти на семь месяцев снова оказался под властью Дутова. За это время дутовцы разграбили многие предприятия, оставили город без продовольствия и топлива. Сотни людей пали жертвами белого террора, среди них губернский комиссар юстиции М.Н. Бурзянцев, губернский комиссар труда С. А. Кичигин, член ВРК Б. А. Шафеев, председатель мусульманского ВРК, большевик Б. Я. Нуриманов.

Утром 22 января 1919 года части Красной Армии, продвигаясь одновременно с северо-запада и с юга, навсегда освободили Оренбург. Были восстановлены Советы, под руководством коммунистов началась борьба с разрухой. Председателем губкома РКП (б) стал И. А. Акулов, один из направленных ЦК в Оренбуржье опытных работников. Но городу предстояло еще одно серьезное испытание.

Весной 1919 года развернулось наступление армии Колчака, которая, захватив несколько городов, подошла к Самаре, Казани и Оренбургу.

Под руководством губкома РКП (б) трудящиеся города встали вместе с имевшимися войсками на защиту Оренбурга. Командарм 1-й армии Г. Д. Гай назначил начальником группы обороны города М. Д. Великанова. Комиссаром группы был А. А. Коростелев. Оборона Оренбурга началась с упорного боя 19 апреля на подступах со стороны станицы Нежинской. От края современного Оренбурга до того оборонительного рубежа всего около километра, рубеж отмечен памятным знаком к северу от шоссе. 210-й рабочий полк, партийная дружина и отряд губчека устояли и отбросили белоказаков. 29 апреля белоказаки заняли Меновой двор и с горы Сулак начали обстрел города. Особенно близко белым удалось придвинуться к Оренбургу 15 мая, когда защитникам его пришлось отойти на правый берег Урала и сжечь за собой деревянный настил железнодорожного моста. Белые обстреливали город из орудий, пулеметов; форсировав Урал ниже Оренбурга, они начали наступление к железной дороге.

Благодаря неустанному вниманию В. И. Ленина, дважды в мае телеграфировавшего М. В. Фрунзе об оказании военной помощи Оренбургу, город удалось отстоять. По указанию М. В. Фрунзе, в распоряжение М. Д. Великанова были переданы военные части. Самое трудное время осталось позади, но бои вокруг Оренбурга продолжались еще в июне и июле. В целом оборона города длилась более 100 дней.

За свой подвиг рабочие Оренбурга была награждены Почетным революционным знаменем ВЦИК, которое секретарь ЦК РКП (б) Е. М. Ярославский торжественно вручил 12 июня 1921 года во время митинга на привокзальной площади. Знамя из его рук принимали Г. Дунаев, Н. Мутнов, П. Журевский, о чем был составлен и акт[79].

Едва успели отгреметь орудийные залпы, как в Оренбург с агитпоездом «Октябрьская революция» 19 сентября прибыл Председатель ВЦИК М. И. Калинин. Встречали его на вокзале, на привокзальной площади М. И. Калинин выступил с речью. Он принял участие в работе совещания ответственных работников Оренбурга, Казахстана и Реввоенсовета Туркестанского фронта во главе с М.В. Фрунзе. На этом совещании одним из вопросов был и пункт о будущей автономной Кирреспублике.

В Оренбурге, как и во всей стране, наступил период борьбы с разрухой, вызванной гражданской войной и интервенцией. В этих условиях территория города заметно расширяться не могла. Предприятия пришли в упадок: мукомолы работали только в одну смену, маслобойный завод и вовсе с перебоями, лесопиление уменьшилось на 50 процентов[80]. Нужно было восстанавливать и развивать промышленность и сельское хозяйство. Для самого же города первоочередной задачей стало решение проблемы водоснабжения и канализации, улучшение санитарных условий. О каком-либо государственном жилищном строительстве в этих обстоятельствах речи идти не могло, тем более о расширении городской территории. Когда жизнь в городе начала входить в колею, горсовет предпринял первое переименование улиц. Переименовали и Нахаловку, поселок получил название «Красный городок», ведь большинство самых стойких борцов были выходцами отсюда.

Декрет ВЦИК и СНК РСФСР от 26 августа 1920 года, подписанный В. И. Лениным и М. И. Калининым, провозгласил образование Киргизской (Казахской) АССР. Оренбург и окружающие уезды как губерния вошли в ее состав. Оставаясь губернским центром, Оренбург одновременно стал столицей республики. Целесообразность такого решения была признана еще на сентябрьском совещании 1919 года в Оренбурге, на котором был М. И. Калинин.

Казахский народ еще никогда не знал своей государственности, и она рождалась в Оренбурге при братской помощи русского народа. Партийная организация губернии направила целый ряд опытных товарищей для работы в аппарате Кирреспублики. Из них наиболее ответственные посты занимали Г.А. Коростелев ― сначала член бюро, а затем секретарь Киргизского обкома партии; И.Д. Мартынов руководил Наркомпродом, заместителем наркома внутренних дел стал И. Ф. Киселев, двое из братьев Кашириных тоже вошли в республиканский аппарат: Иван Дмитриевич в качестве полномочного представителя ГПУ при КирАССР, Алексей Дмитриевич, начав комиссаром Ташкентской железной дороги, стал затем наркомом путей сообщения республики.