Лодка прошла гарантийный ремонт на судоверфи ВМС в Портсмуте, штат Массачусетс, и проходила ходовые испытания у побережья Новой Англии в обеспечении спасательного корабля «Скайларк». В последний раз «Трешер» вышла в море 9 апреля 1963 года. Первый день испытаний прошел нормально. Лодка совершала пробные погружения в относительно мелководном районе с глубинами около 300 метров. На следующий день, в соответствии с планом, должно было состояться глубоководное погружение. Район для этого был назначен за пределами континентального шельфа с глубинами, превышающими 2000 метров. 10 апреля в 6.23 лодка связалась по радио со «Скайларком». Были оговорены детали предстоящего погружения. К этому моменту корабли находились в районе впадины Уилкинсона, где глубина резко увеличивалась с 300 до 2400 метров.

В 8 часов утра началось это роковое погружение. Лодка должна была погружаться постепенно, «отрезками» по 30 метров, каждые пятнадцать минут поддерживая связь с обеспечивающим кораблем по звукоподводному телефону.

Выход на глубину погружения 350 метров занял почти целый час. В 8.53 лодка приблизилась к этой глубине. В 9.02 сеанс связи — все нормально. Но уже в 9.10 «Трешер» не ответила на вызов спасательного корабля. Через две минуты сквозь толщу воды прорвался неразборчивый обрывок фразы командира лодки коммандера Гарвея: «…Небольшие проблемы… дифферент на корму… пытаемся продуться…». По звукоподводной связи был слышен шум воздуха высокого давления, поступающего в балластные цистерны. Спустя некоторое время, в 9.17, еще одно сообщение, в котором можно было разобрать только два слова «предельная глубина…» и приглушенный шум. Это океан безжалостно ломал в глубине стальной корпус лодки. На «Скайларке» еще не понимали что случилось и непрерывно пытались установить связь с «Трешер». Только в 11.04 командир спасательного судна передал командующему подводными силами донесение о возможной катастрофе.

На следующий день были начаты организованные поиски лодки. В них участвовали корабли ВМС, в том числе и атомные подводные лодки «Сивулф», «Томас Джефферсон». Их действиями руководил контр-адмирал Ремедж. Вскоре к ним присоединилось научно-исследовательское судно «Атлантис II».Оно было оснащено современным оборудованием для глубоководных исследований: фотокамерой, магнитометром, гидролокатором. С прибытием «Атлантиса» поисковые возможности были существенно усилены. Несмотря на точную информацию о месте гибели лодки, найти ее корпус не удавалось. Весь район поисков занимал площадь 100 квадратных миль, а для исследования одной квадратной мили «Атлантис» должен был сделать 46 000 фотографий. Задача была сложной…

Время шло, а лодка все еще не была найдена. В начале июня на борту десантного корабля в район поисков был доставлен батискаф «Триест». Теперь можно было с помощью не только фотокамеры, но и визуально исследовать все зафиксированные к этому времени «подозрительные места» на дне залива Мэн. Экипаж подготовил батискаф к работе, и 24 июня было совершено первое погружение. Использование батискафа было связано со значительными трудностями: сильные течения осложняли его «наведение» в заданную точку, в одном из погружений батискаф увяз в илистом дне и еле вырвался из плена. Погружение занимало продолжительное время, а площадь обследования составляла всего лишь квадратную милю. Словом, проблем хватало… Крэйвен со своими инженерами был в курсе всего происходящего. Этот опыт позволил лучше понять, какими возможностями должны обладать будущие глубоководные аппараты ВМС США, разработкой которых и занималась группа под патронажем адмирала Рэйборна.

Наконец при одном из погружений был обнаружен и сфотографирован воздушный баллон, явно принадлежавший погибшей лодке. Вскоре, 24 августа экипаж «Триеста» обнаружил обломки, которые были охарактеризованы военно-морским министром как «предметы, не оставляющие сомнений в своей принадлежности к подводной лодке «Трешер». Это были бесформенные груды металла, рассеянные на площади не менее 200 квадратных метров. После 15 минут манипуляций «механической рукой» («Триест» имел такое устройство захвата) удалось вытащить обломок трубы длиной 1,5 метра. Это была вентиляционная труба, которая имела ясно видимую маркировку с номером «Трешер» — 593. Сомнения исчезли — это были обломки первой погибшей атомной лодки… При последующих погружениях экипаж «Триеста» произвел тщательное фотографирование обломков. Это были части легкого (наружного) корпуса и детали механизмов лодки. Сам же прочный корпус обнаружен не был. По мнению специалиста управления военно-морских исследований доктора Максуэлла, который лично участвовал в поисках на борту «Триеста», корпус лодки врезался в дно со скоростью более 150 миль в час. В этом случае он мог уйти в илистое дно залива Мэн. Поиски были продолжены в следующем, 1964 году, но ничего более существенного найти так и не удалось.

Гибель «Трешер» потрясла Америку. Вера в совершенство и безаварийность техники с клеймом «Сделано США» была подорвана. Среди различных кругов общества нашлись активные критики ВМС. Раздавались голоса в пользу развития средств спасения экипажей подводных лодок. «Как же так, — вопрошали они, американские подводные силы действуют с глобальным размахом, качественно новый атомный флот выходит на первый план, а систем спасения нового уровня нет». На этой волне ВМС получают приоритетное финансирование на развитие новой спасательной техники. Руководили разработками Джон Крэйвен и специалисты его группы. Крэйвен к тому времени уже являлся главным научным экспертом по глубоководным системам. Он определил два главных военно-технических направления работы: создание глубоководных аппаратов и исследование физиологических возможностей человека при осуществлении длительных действий под водой. Соответственно две высокотехнологичные программы получили «зеленый свет» после трагедии «Трешер»: программа DSRV (Deep Submergence Rescue Vehicle)[25] создания глубоководной спасательной техники и более обширная DSSP (Deep Submergence Systems Project)[26] проектирования глубоководных систем, в рамках которой должна была быть разработана еще и подводная лаборатория «Си лэб». Параллельно с группой Крэйвена работали ученые управления военно-морских исследований ВМС США. Словом, ВМС энергично взялись за развитие специальной спасательной техники. Притягательные многомиллионные контракты не прошли мимо внимания американской промышленности. В кратчайшие сроки были разработаны и построены глубоководные аппараты, занявшие видное место в рядах «подводного спецназа» ВМС США. Речь идет об аппаратах «Элюминаут» и «Элвин».

Оба аппарата отличились в дальнейшем в ходе поисков потерянной термоядерной бомбы зимой-весной 1966 года в Средиземном море у испанского селения Паломарес. А «Элвин» еще и на себе испытал, что значит «быть спасаемым». В 1968 году он был утоплен, правда, в «необитаемом» режиме без экипажа, недалеко от побережья Новой Англии. В следующем, 1969 году ВМС США «победно» исправили свою же ошибку — аппарат был поднят с глубины около полутора тысяч метров.

Крэйвен сомневался в возможности реализации всех требований ВМС к разрабатываемым спасательным аппаратам, но исключительно благоприятная атмосфера, а главное — бесперебойное финансирование проекта конгрессом США позволяли осуществлять и параллельные разработки. Ведь главной областью научно-практических интересов Крэйвена были сверхмалые подводные лодки различного назначения. Работы по всем спасательным программам шли быстрыми темпами, и вот тут-то на горизонте появляется военно-морская разведка. Появление офицеров-разведчиков в группе инженеров и ученых Крэйвена предопределило в дальнейшем целое направление развития сил и средств подводного шпионажа, деятельность которых всегда была строго засекречена.

Дело в том, что в то время СССР, реагируя на угрозу с океанских и морских направлений, интенсивно создавал свой новый океанский ракетно-ядерный флот. Испытания подводных ракетоносцев параллельно с пусками баллистических и крылатых ракет шли одно за другим. Естественно, что разведка ВМС США была крайне заинтересована в получении любой информации относительно новых ракетных подводных лодок и их оружия. Это становилось важнейшим приоритетом национальной безопасности Америки. Советский ВМФ стал грозным и могучим соперником…