Тогда начиналась борьба южных и северных американских штатов. Обыкновенно борьбу эту представляют как войну за освобождение негров. В действительности это было далеко не так. Как среди северян рядом с людьми, стремившимися к освобождению негров, боролись люди, которым не было никакого дела до негров, и таких насчитывалось большинство, так и среди южан рабовладельцы составляли ничтожную горсть, большинство же шло сражаться за самостоятельность штатов. Армии обеих сторон вербовались почти исключительно из добровольцев, и, конечно, тот энтузиазм, который охватил весь Юг, давая ему силы бороться так долго и так мужественно с несравненно большими силами северян, был вызван не увлечением интересами рабовладельцев. Вопрос о неграх был только одним из элементов борьбы, искусно выдвинутым на первый план северянами. Для большинства же южан в этой борьбе решался вопрос: должен ли каждый штат представлять собой самостоятельное государство, которое принимает решения общего конгресса и даже остается в составе всей федерации лишь до тех пор, пока само того желает, или штаты должны быть нераздельною частью одного государства и обязаны подчиняться решению всего конгресса, как бы отрицательно к этому решению отдельные штаты ни относились. Говоря короче, вопрос шел о пределах автономии отдельных штатов, и в то время, как Юг стоял за безусловную автономию, Север, а за ним и Запад, ограничивали эту автономию авторитетом целого союза. Юг отринул этот союз, объявив себя самостоятельным государством, а Север решился с оружием в руках принудить его возвратиться к прежнему союзу. Ошибка южных автономистов состояла в том, что они для усиления своей мощи соединились с аристократами-рабовладельцами, чем воспользовался Север и благодаря чему он победил.
Энтузиазм, охвативший южан, не миновал и Стэнли. Двадцатилетний юноша тогда еще не вдумывался в значение великой борьбы и видел в ней только ратоборство желавшего быть самостоятельным Юга с притязаниями Севера. Стэнли, подобно многим тысячам молодежи южных городов, которая шла на смерть для защиты политической самостоятельности Юга, поступил в армию южан, под команду храброго генерала Джонстона. Он участвовал во всех походах этой армии и данных ею сражениях. Это была тяжелая для южан борьба. Беспрерывные походы и почти ежедневные стычки страшно ослабили южную армию. Стэнли был до того измучен и утомлен, что по своей худобе походил скорее на скелет, нежели на человека. Наконец в сражении при Гитсбурге Стэнли был взят в плен и вместе с другими пленными обречен на расстрел. Несчастных посадили в клетки и повезли в главную квартиру северян, где должны были совершиться формальности военного суда и затем расстрел. Во время переезда Стэнли, воспользовавшись своею феноменальною худобою, пролез между палками клетки и убежал. Сопровождавшие клетки с пленниками северяне дали по беглецу несколько выстрелов, но пули счастливо миновали Стэнли, и он успел скрыться в соседнем лесу.
Освободившись от опасности, Стэнли некоторое время пробыл в бездействии. Ему нужно было отдохнуть и собраться с силами. К тому же им овладело сомнение – действительно ли он борется за благородное дело, присоединившись к южанам? Поступив в армию, он скоро увидел, какую громадную роль начали играть в ней аристократы-рабовладельцы и как первоначальная цель борьбы – отстаивание самостоятельности южных штатов – все более уступала элементу, бывшему сначала случайным в деле, – борьбе за рабовладение. Негры, которым северяне объявили свободу, естественно, сделались их союзниками и как знатоки местности оказывали им бесценные услуги, в то же время всячески вредя армиям южан. Это вызвало сильнейшее раздражение против негров среди южан – и дело рабовладельцев все более становилось делом всего Юга, а варварское отношение к неграм делалось на Юге всеобщим. Такое положение вещей не могло не показать благородному Стзнли, что, каковы бы ни были первоначальные причины борьбы, в данный момент симпатии людей гуманных должны быть на стороне Севера, ибо результатом его победы должно быть великое дело освобождения негров, тогда как победа Юга отодвинула бы это освобождение на многие десятки лет. И вот, едва оправившись, Стэнли поступает простым матросом на один из кораблей, действовавших тогда против Юга.
На морской службе Стэнли пробыл три года, с 1863 по 1866 год, когда была окончена война. Все это время он ревностно исполнял свои обязанности – сперва матроса, а затем мичмана. В мичманы его произвели за смелый и опасный подвиг. Корабль, на котором он служил, вывел из строя неприятельское судно, которое, однако, стояло под выстрелами неприятельской крепости, так что его невозможно было взять. Стэнли бросился в воду, проплыл под выстрелами разделявшее оба судна расстояние и привязал к неприятельскому судну канат, так что появилась возможность увести этот ценный приз.
С окончанием войны Стэнли вышел в отставку, и первым делом его после этого было отправиться в Англию к матери. Он провел с матерью рождественские праздники, посетил могилу деда и обошел все места, памятные ему по печальному детству. Он не забыл навестить рабочий дом, где провел некогда целых восемь лет, и щедро угостил воспитывавшихся в нем теперь детей. Мрачные воспоминания вызвали в нем желание посмотреть на своих бывших мучителей. "Что сделалось со стариком Фрэнсисом? – спрашивал 25-летний пылкий юноша о бывшем начальнике детского приюта. – Я охотно всадил бы ему пулю в лоб". Ему ответили, что Фрэнсис умер. Родственники, некогда бросившие его на произвол судьбы, теперь заискивали перед молодым блестящим офицером. Даже Прайс, отдавший его некогда в рабочий дом, теперь напомнил ему о том, что первоначальное воспитание он получил в его. Прайса, семье. Словом, здесь происходили обычные комедии, которые Стэнли впоследствии видел на более значительной сцене, с более крупными действующими лицами. Зато много радости ему доставило то неподдельное счастье, которое испытывала его мать, видя своего Джона бравым молодцом, пробившим себе дорогу в жизни совершенно самостоятельно и относившимся к ней со всею сыновней преданностью.