В 1619 году мангазейский морской ход был запрещен и особенно (под страхом смертной казни) — для иностранных кораблей. Но город еще продолжал жить. Товары доставлялись в Мангазею и вывозились из города через Тобольск — по Обской и Тазовской губе. Но и этот путь тоже был закрыт царским указом в 1667 году. Осталась сухопутная «чрезкаменная» дорога. Возникший с самого начала на водных путях торговый центр постепенно стал угасать. Большим бедствием для Мангазеи стал пожар в 1643 году, когда почти весь город выгорел. Через 30 лет после этого он потерял свое значение и опустел. По приказу царя Алексея Михайловича город Мангазея был упразднен. Само место, где некогда стояла «златокипящая царская вотчина», было забыто, пока не было случайно обнаружено геологами в 1900 году.

Последний мангазейский воевода Данила Наумов начал строить город вокруг Туруханского зимовья при впадении в Енисей Нижней Тунгуски. И назвал его Новая Мангазея. С Таза на Енисей не так уж далеко, и по всему пути тянется цепочка озер, а «волока сухого с озера на озеро» чуть больше версты. Из Туруханска открывался путь вниз по Енисею в Карское море. Для плаваний дальше на восток, к устьям сибирских рек, Новая Мангазея представляла определенное удобство.

Параллельно с расцветом и угасанием Мангазеи разворачивалось освоение всего бассейна Оби. Оно началось с основания Надымского острога, расположенного в 100 км выше Сургута, и Кетского (при впадении в Обь правого притока Кеть), а также строительства в 1604 году города Томска на обском притоке — реке Томи. Русское влияние быстро распространилось на Среднюю и Верхнюю Обь. К концу 30-х годов казаки из Томска во главе с Петром Собанским проникли на Алтай, к истокам Оби, и открыли среди гор глубокое Телецкое озеро, дающее исток реке Бии, одной из составляющих Оби. Зимой 1642 года П. Собанский поставил на Телецком озере укрепление, где перезимовал, вернувшись весной в Томск на лодках по Бии и Оби. А в следующем году казаки вышли и на вторую составляющую Оби — Катунь.

До открытия того места, где зарождается Катунь, оставалось почти два столетия. Только в 1835 году врач алтайских казенных заводов Фридрих Геблер, путешествуя по нехоженому Алтаю, поднялся по бурной порожистой Катуни до самого ее истока и открыл рождающий ее ледник на склоне горы Белуха. Освоение бассейна Енисея началось с основания в устье притока Енисея Турухана зимовья, получившего название Новой Мангазеи. Почти одновременно (1609) проникли русские на верхний Енисей. Казаки вышли из Томска по рекам Чулым и Кемчуг с волоком — на Енисей, затем — в степи Минусинской котловины. В 1618 году был основан город Енисейск близ впадения в Енисей Верхней Тунгуски (Ангары), открывавшей дальнейший путь на восток — на Лену и в Забайкалье. Продвижение это шло параллельно с освоением Енисея. В 1628 году был заложен острог Красный (будущий Красноярск). Но еще за пять лет до этого атаман Василий Тюменец с боярским сыном Андреем Дубенским и отрядом казаков поднялись почти на тысячу верст по Ангаре вплоть до Шаманского порога. Повторивший этот путь на следующий год Максим Перфильев привез известие о богатой пушным зверем «братской» землице в Прибайкалье (Бурятии). Он же заложил у Падунского порога Братский острог, перенесенный в 1613 году ближе к устью реки Оби.

В 1096 году составитель старейшей русской летописи «Повесть временных лет» Нестор беседовал с новгородцем Гюрятой Роговичем. Тот рассказал, что посылал отрока в Печору за сбором дани с местных жителей. Этот отрок прошел с Печоры реки в землю Югорскую, соседней с «самоядью в полунощных странах». Там поведали отроку о горах, заходящих в море. «Им же высота ако до небес… Есть же путь до гор тех непроходим пропастями, снегом и лесом, тем же не доходим их всегда; есть же подаль на полунощи». Говорится здесь о том, что из-за снегов, пропастей и густых лесов до гор дойти невозможно, и не ходят к ним жители, хотя знают о том, что они продолжаются дальше на север. Несомненно, речь здесь идет об Урале, пути через который были известны русским людям в конце 11-го столетия.

Однако первое определенное сообщение о достижении новгородцами берега Северного Ледовитого океана и переходе их на восточный склон Урала появляется в новгородской летописи под 1364 годом: «Той зимы в Югры новгородцы приехаша дети боярские и малые люди и воеводы Александр Авакумович, Степан Ляпа, воевавшие по Обе реке до моря, в другая половина рати на верхней Оби воеваша». Перевалили новгородцы Урал, вышли на Обь, достигли Северного Ледовитого океана. Возможно, и раньше они ходили этим путем, но письменно это не зафиксировано.

От Новгорода этот северный путь, более длинный и трудный, чем «путь из варяг в греки». Проходил он по долине реки Сухоны, мимо Великого Устюга на верховья Камы и далее по красивейшей реке Чусовой, где на многие годы обосновался в ските проповедник из Великого Устюга Стефан Пермский. В его «житие», составленном после его смерти, в 1396—1397 годах описан этот водный путь на Пермскую землю, в «Пермь Великую, именуемую Чюсовая». В исландских сагах упоминается довольно часто некая страна Бьярмланд, или Биарма.

Имеется в виду, по-видимому, Пермь; названия похожи, да и маршрут, указанный в сагах, ведет как раз в этот край, протянувшийся от Северной Двины вдоль берега Белого моря до Камы, текущей в Волгу. Дальше на северо-востоке, согласно скандинавским сказаниям, размещается фантастическая Страна Великанов — Иотунхеймен. По существу, это потусторонний мир, не имеющий ничего общего с реальностью. Биармия же существовала вполне конкретно как страна, богатая пушниной и населенная, по-видимому, лопарями или близким к ним народом. С середины XIII века в скандинавских источниках исчезают упоминания о биармийцах, которые, если этим источникам верить, спасаясь от монголов (а на самом деле, от новгородцев), просили норвежского короля Хакона разрешить им переселиться на его земли. Тогда-то они и поселились на западе — на Кольском полуострове и вокруг Онежского озера. А память о том, что лопари жили когда-то на берегах Белого моря и в устье Северной Двины, осталась, возможно, в угрофинском названии острова Соломбала, на котором располагается один из районов Архангельска.

Автор первой истории Сибири, изложенной в книге, называвшейся «Описание Сибирского царства и всех произошедших в нем дел от начала, особливо, от покорения его Российской державе…», академик российский Герард Фридрих Миллер начинает свою книгу словами: «Первый и главнейший народ в Сибири есть татары, которые живут в полуденных странах около рек Тобола, Иртыша, Оби, Томи и Енисея и в лежащих степях между помянутыми реками… Подлинная история начинается от времен великого Чингисхана, который в начале века после Рождества Христова народ, до того времени во тьме сидевший, на свет вывел». Поэтому после того как новгородцы покорили югру, неизбежным стало столкновение перешедших за Камень русских с татарами Западной Сибири.

Первые сведения о самояди — племенах, обитавших севернее Югры, лесных жителей, доставил новгородский воевода Ядрей, совершавший поход во главе ушкуйников в 1193 году.

С этого северного племени, жившего, главным образом, в тундре, воевода Ядрей собрал дань изделиями из кости, но больше ничего он не смог сообщить.

Иное дело — первый за Уралом проповедник Стефан Храп, направленный в 1379 году в землю, населенную народом коми — зырянами и пермяками. Поселившись на реке Вычегде, он изучил язык коми и создал их письменность — «пермскую азбуку», получив сан епископа пермского, и остался среди коми до конца жизни, занявшись исследованием не только обычаев народа, но и географии земли, на которой он жил. В 1395 году было составлено первое описание рек Пермской Земли, в которое вошли Вычегда, впадающая в Северную Двину, Вятка и Чусовая — притоки Камы, «обходящей всю землю Пермскую».

В годы правления Ивана Грозного было покончено с татарским владычеством на Волге, и в разгроме кочующих отрядов на Яике участвовали казаки атамана Ермака. Но, по решению казачьего круга, его отряд отправляется в Пермский край. Купцы Строгановы, промышлявшие солью, добывавшейся близ городка Усолье, на реке Вычегде, пригласили казачий отряд для распространения своих владений в край, населенный ненцами, хантами и манси, у которых можно скупать за соль пушнину. Строгановы получили от царя грамоту, разрешающую строить городки в «сибирской стороне, за югорским камнем… на Тоболе реке и на Иртыше, и на Оби, и на других реках». Фактически это означало предоставление права на экономическое овладение Сибирью.