На протяжении всей истории СПС Чубайс пытался удержать партию в рамках модели «резервной партии власти», стремясь не допустить перехода ее в оппозицию. Однако давление «старых демократов», с одной стороны, и политические амбиции «новых либералов» – с другой, смещали корабль СПС с выверенного им курса. Отсюда – постоянные конфликты между Чубайсом и руководством СПС (наподобие скандала вокруг фразы «Российская армия возрождается в Чечне»), а также кажущиеся со стороны непоследовательными шаги правых в сложных ситуациях, таких как борьба вокруг НТВ. Первоначально несколько видных функционеров СПС (Сергей Юшенков, Борис Немцов, Ирина Хакамада) активно включились в кампанию по защите журналистов НТВ и приняли участие в организации первого митинга на Пушкинской площади. Однако затем два человека из команды Чубайса – Альфред Кох и Борис Йордан – возглавили операцию по установлению контроля «Газпрома» над мятежным НТВ, а сам Чубайс поддержал переход НТВ под контроль государственной корпорации, то есть, с точки зрения либералов, выступил против свободы слова. В этом случае Чубайсу при поддержке Егора Гайдара удалось убедить правых не идти на конфликт с властью из-за НТВ, и во втором, самом массовом митинге в защиту журналистов телекомпании в Останкино СПС участия уже не принимал.

Первое серьезное расхождение между Чубайсом как теневым лидером СПС и властью относится к событиям вокруг ареста Михаила Ходорковского в конце октября 2003 года. Чубайс резко осудил «ту часть Генпрокуратуры, которая дискредитирует Российское государство». Позже, выступая в эфире программы «Намедни», Чубайс заявил, что «с теми обвинениями, которые предъявлены Ходорковскому, арест несправедлив и неадекватен».

Однако довольно скоро оппозиционная линия СПС снова подверглась корректировке – и опять не без участия Чубайса. Через месяц, 25 ноября 2003 года, Чубайс заявил: «Я воспринимаю приход на этот пост (руководителя администрации президента) Дмитрия Медведева как определенный сигнал – точнее, как один из сигналов, данных президентом в направлении того, что пересмотра курса нет».

На съезде СПС в январе 2004 года разгорелись жаркие споры о том, кого выдвигать кандидатом в президенты на мартовских выборах. Наиболее радикальная часть партии выступала за выдвижение кандидатуры Ирины Хакамады, однако большинство депутатов под влиянием мощного давления Чубайса ее не поддержали. В результате Чубайсу удалось провести компромиссное решение о свободном голосовании членов и сторонников СПС, что означало право поддерживать кандидатуру Путина.

В результате самому Чубайсу удалось сохранить хорошие отношения с главой государства, но СПС окончательно лишился того кредита доверия, который был выдан ему властью осенью 1999 года. В этом смысле критика, которой подвергся Чубайс на Валдайском форуме весной 2007 года, была вполне логичной и ожидаемой. К этому моменту между окончательно ушедшим в оппозицию СПС и остававшимся на позициях государственника Чубайсом уже лежала идеологическая пропасть. Неудивительно, что СПС, уже давно находившийся не в лучшей форме, после того как Чубайс дистанцировался от него весной – летом 2007 года, фактически вошел в фазу агонии.

Xотя Владимир Путин, по мнению Сергея Переслегина, «реализовал все то, что в программе правых имело общенациональное значение», конфронтация между правыми и Кремлем, первые признаки которой проявились еще зимой 2000 года, продолжала нарастать на протяжении всего первого президентского срока Путина.

Эта конфронтация далеко не всегда была обусловлена идеологическими расхождениями. По словам уже упоминавшегося Полякова, «внутрилиберальная грызня вывела на первый план роль личных амбиций. После того как Кириенко, поняв, что он не является публичным политиком, что он скорее менеджер, ушел, и лидером партии стал Немцов, для него приоритетной задачей стала борьба и конкуренция с президентом, подчеркивая тем самым, что все остальное несерьезно. Позиция Немцова выглядела так, словно он существует как лидер партии только для того, чтобы в 2003–2004 годах быть кандидатом в президенты».

В конфронтации правых с властью можно выделить несколько ключевых этапов. Это конфликт вокруг НТВ, события на Дубровке и дело Михаила Ходорковского.

Окончательный переход оппозиционного Кремлю канала НТВ под контроль государства в значительной степени был осуществлен руками правых. Топ-менеджмент НТВ, входивший в команду опального олигарха Владимира Гусинского, был заменен людьми из команды Чубайса – Альфредом Кохом и Борисом Йорданом, а сама компания переведена под контроль нового собственника – «Газпром-Медиа». Правые устами своих лидеров пытались обосновать правомерность действий «Газпрома» (за которыми, естественно, угадывалась воля Кремля). Чубайс заявил, что «иГазпром" устанавливает свои права собственника – священные и неприкосновенные права». При этом, подчеркнул Чубайс, «"Газпром" действует в рамках закона и „очень корректно“», хотя, «имея на руках решение суда, мог действовать гораздо жестче». По мнению Чубайса, «Альфред Кох действует аккуратно, стремясь не ущемить достоинство людей и уникального коллектива НТВ». Чубайс также заявил о несогласии с теми журналистами НТВ, кто говорит якобы о попытке «Газпрома» захватить собственность. «Естьрешение суда, оно может нравиться или не нравиться, но это решение суда», – подчеркнул глава РАО ЕЭС.

Однако либеральная общественность восприняла позицию Чубайса (и СПС в целом) как «предательство». Правые все чаще стали подвергаться критике со стороны «старых демократов» и левых либералов «Яблока». Их прямо обвиняли в «пособничестве авторитарному режиму», зажимавшему свободу слова.

«Интеллектуалы услужливо разрабатывали концепции „управляемой демократии“, „административной вертикали“, „диктатуры закона“. Когда потребовалось заткнуть рот последнему оппозиционному коллективу на телевидении, либералы поручили „раздавить гадину“ любимцу партии СПС Альфреду Коху», – писал один из нонконформистов либерального лагеря.[22]

Одновременно стала снижаться и электоральная поддержка правых. С ноября 2001 года СПС вошел в полосу электорального упадка: если в сентябре 2000 года СПС были готовы поддержать 11 процентов активных избирателей, то к январю 2002 года этот показатель снизился до 4 процентов. Случайно или нет, но это совпало с кадровыми перестановками в руководстве СПС: вместо ушедшего на телевидение Бориса Минца исполком партии возглавил человек Немцова рекламщик Эльдар Янбухтин, работавший в 1999 году на ОВР. По мнению многих ветеранов СПС, Янбухтин «умело пиарил себя, но не партию». Действительно, пиар-усилия Янбухтина были довольно оригинальными: так, он в частности придумал рассылать «солдатские письма» на бланке СПС. В этих письмах фиктивные солдаты уверяли «родных и близких» в том, что если правительство осуществит реформу вооруженных сил, предложенную СПС, то «скоро армия другая будет».

Сергей Юшенков, в частности, заявлял в интервью «Газете», что во многом благодаря усилиям Янбухтина, который не нашел баланса между «старожилами» партии и новыми «эффективными менеджерами», СПС покинули старые проверенные кадры вроде него и Виктора Похмелкина (на самом деле уход Юшенкова не был связан с Янбухтиным и состоялся еще на учредительном съезде партии в мае 2001 года). Похмелкин и Рыбаков действительно покинули партию после декабрьского (2001 года) съезда партии, на котором были приняты очередные поправки в устав СПС.

В марте 2003 года Янбухтин перешел из СПС в «Единую Россию», подтвердив свою репутацию «технического менеджера», не связанного какими-либо идеологическими условностями. Новым председателем исполкома и главой избирательного штаба СПС стал «любимец партии» Альфред Кох. Заместителем Коха по избирательному штабу стала креативный директор СПС политтехнолог Марина Литвинович из Фонда эффективной политики.