В августе 1993 года российская делегация, возглавляемая Глазьевым, должна была посетить пять африканских стран, чтобы решить вопросы погашения их задолженностей нашей стране. Уже за пределами России пилот получил приказ возвращаться. Многие в кремлевских верхах испугались тогда раскрытия своих незаконных махинаций. И это был не первый выпад против не в меру принципиального министра, энергично взявшегося за борьбу с коррупцией.

Сергей Юрьевич подал в отставку. В печати разгорелся скандал вокруг продажности высших чиновников, и тронуть Глазьева власти тогда не посмели. По сведениям из заслуживающих доверия источников в Кремле, Президент просил Глазьева не уходить в отставку. Он остался министром. Но ненадолго…

21 сентября 1993 года Глазьев, единственный из всего кабинета министров, не поддержал антиконституционный Указ о разгоне Верховного Совета и подал в отставку. На этот раз (на следующий же день) она была принята. Рвавшаяся к бесконтрольной власти ельцинская клика взяла курс на государственный переворот в целях разграбления национальных богатств страны.

Во время осады Дома Советов Сергей Глазьев сосредоточил усилия на организации деятельности Совета субъектов Федерации, который работал в Конституционном суде. Многие руководители регионов пытались тогда найти мирное решение, избежать кровопролития. Но события развернулись иначе.

В октябре 1993 года Глазьев вернулся на должность ведущего научного сотрудника в Центральный экономико-математический институт РАН, продолжив научные исследования закономерностей современного экономического роста. Однако уже в декабре 1993 года он был избран депутатом Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации.

С 17 января 1994 года по 15 января 1996 года С. Ю. Глазьев работал Председателем Комитета Государственной Думы по экономической политике. Он стал одной из самых заметных фигур в российском Парламенте. Под его руководством была подготовлена программа объединенной оппозиции по выводу России из кризиса.

Все эти годы Глазьев предупреждал о губительных последствиях проводимой правительством политики, требовал ее изменения в интересах отечественной промышленности и населения. Понимая, что при действующем режиме вывести страну из кризиса невозможно, он поставил в Государственной Думе вопрос о недоверии правительству. При голосовании в 1994 году большинство депутатов высказались за отставку кабинета, но до положенных по регламенту 226 голосов не хватило 33. Кабинет Черномырдина устоял, политика разграбления страны набирающей силу ельцин-ской олигархией была продолжена.

Несмотря на противодействие исполнительной власти, депутат Глазьев продолжает делать все возможное для улучшения состояния российской экономики, отстаивая интересы народа в борьбе с компрадорской олигархией.

По инициативе Глазьева Государственная Дума принимает законы, направленные на создание необходимых правовых условий обеспечения экономического роста и эффективного регулирования экономики в интересах общественного благосостояния и развития отечественного научно-производственного потенциала. Среди них законы о поставках продукции для государственных нужд, о государственном регулировании внешнеторговой деятельности, о государственном прогнозировании и программах социально-экономического развития Российской Федерации, о восстановлении и защите сбережений граждан Российской Федерации, о государственном регулировании производства и оборота этилового спирта и алкогольной продукции, об антимонопольном регулировании и защите прав потребителей и другие.

Сергей Глазьев всегда последовательно выступал за возрождение российской духовности и Русской Православной Церкви, считая это необходимым условием возрождения русской культуры и государственности. В 1994 году он инициировал разработку и был автором законопроекта «О признании имущественных прав религиозных организаций», в котором предусматривалось возвращение Церкви имущества, незаконно конфискованного в годы революции. Позже им был подготовлен законопроект о социальном партнерстве между государством и религиозными организациями.

Осознавая, что Ельцина и Черномырдина невозможно убедить работать на благо России, летом 1995 года он вновь поднимает в Государственной Думе вопрос о недоверии правительству и добивается выражения ему вотума недоверия. Однако Ельцин и его окружение проигнорировали решение Думы.

В декабре 1995 года Глазьев участвует в выборах в Госдуму в качестве одного из лидеров «Конгресса Русских общин» (КРО). Но это объединение патриотических сил, лидировавшее по социологическим опросам в избирательной гонке, не преодолело пятипроцентный барьер. Многие серьезные эксперты небезосновательно считают, что результаты выборов были подтасованы – три недели контролируемая президентской администрацией Центральная избирательная комиссия «утрамбовывала» результаты голосования за КРО, пока в основных регионах страны число поданных за него голосов не сократилось с 9-15% до 4-6%.

В марте 1996 года Сергей Глазьев вернулся в ЦЭМИ РАН на должность главного научного сотрудника. В августе – ноябре 1996 года по предложению Секретаря Совета Безопасности Российской Федерации Александра Лебедя возглавил Управление экономической безопасности аппарата СБ. На этом посту им была разработана система критериев экономической безопасности страны, подготовлены предложения по преодолению кризисного состояния отечественного производства и военно-промышленного комплекса, многие из которых воплотились в конкретных решениях и нашли отражение в концепции национальной безопасности России. С приходом к руководству Советом Безопасности Ивана Рыбкина и Бориса Березовского Глазьев подал в отставку.

В декабре 1996 года по предложению Председателя Совета Федерации Егора Строева Глазьев перешел на работу в Аппарат верхней палаты Парламента России на должность начальника Информационно-аналитического управления, где проработал до конца 1999 года, когда вновь был избран депутатом Государственной Думы. За время работы в Совете Федерации Сергей Глазьев по поручению Председателя палаты Егора Строева вел разработку важнейших программных документов Совета Федерации, в том числе: постановления Совета Федерации «О неотложных мерах по повышению роли государства в регулировании рыночной экономики» (1997 г.), «О мерах по активизации государственной промышленной политики и созданию условий для экономического роста в Российской Федерации» (1998 г.), Предложения Совета Федерации по выводу страны из экономического кризиса и переходу к устойчивому экономическому росту (1998 г.)[13] и др.

За это время С. Ю. Глазьевым разрабатывается стратегия экономического развития России, основанная на результатах исследований ведущих научных институтов, обобщении опыта, накопленного в регионах страны.

Составляющая ее система мер преодоления кризиса и перевода экономики страны в режим быстрого и устойчивого роста была поддержана в Совете Федерации и Государственной Думе, вызвала широкий отклик в среде отечественных товаропроизводителей. От их имени она предлагается для осуществления Президенту и правительству страны.

Сергей Юрьевич Глазьев известен в России и за ее пределами как автор теории долгосрочного технико-экономического развития. В рамках этой теории им проведены экономические измерения технического развития народного хозяйства России и СССР с начала прошлого века и оценена динамика его технологической структуры, проанализированы характерные для нее диспропорции и разработана программа модернизации отечественной экономики на основе нового технологического уклада.

В разработанной Глазьевым теории раскрыты основные закономерности развития современной экономики, что позволило ему обосновать принципы выбора приоритетных направлении научно-технического прогресса и разработать концепцию структурной перестройки российской экономики. Эти теоретические и практические результаты сегодня успешно используются при прогнозировании экономического развития страны.