22 июня 1941 года руководство вооруженной борьбой осуществлялось Главным военным советом. На следующий день была создана Ставка Главного Командования. Одновременно при ней был создан институт постоянных военных советников, в который наряду с другими военными, партийными и государственными деятелями вошел Шапошников.

По указанию Ставки в помощь командованию фронтов была направлена из центрального аппарата Наркомата обороны группа ответственных работников. Днем 22 июня И. В. Сталин позвонил Г. К. Жукову, бывшему в то время начальником Генштаба, и сказал:

— Наши командующие фронтами не имеют достаточного опыта в руководстве боевыми действиями войск и, видимо, несколько растерялись. Политбюро решило послать вас на Юго-Западный фронт в качестве представителя Ставки Главного Командования. На Западный фронт пошлем Шапошникова и Кулика. Я их вызывал к себе и дал соответствующие указания.

В тот же день генерал армии Жуков вылетел в Киев, а на Западный фронт отбыли заместители наркома обороны Б. М. Шапошников и Г. И. Кулик. Наше оперативное управление превратилось в некий улей, куда прилетавшие с линии фронта «пчелы» доставляли информацию, подлежащую немедленной обработке. Информация распределялась по трем отделам, сложившимся соответственно трем главным направлениям боевых действий: Северо-Западному, Западному и Юго-Западному. Не переставая, работали «бодо» — телеграфные аппараты, отправлявшие сразу несколько телеграмм по встречным курсам. Бывшие окружные штабы, а ныне фронтовые управления, слали нам свои донесения. Мы передавали распоряжения Центра в войска. Людей не хватаю.

Надо иметь в виду, что в первый день войны из Генерального штаба на Юго-Западный фронт уехал не только его начальник Жуков, находившийся там до 27 июня. Уехали и другие руководители Генштаба.

Главная работа Оперативного управления сосредоточилась в большом зале, куда были стянуты основные кадры, обслуживавшие связь с войсками. Всюду карты — географические и топографические, разных масштабов и предназначений. Непрерывные донесения. Телеграфные или доставляемые самолетами связи, самолетами-разведчиками. Информация, как можно более полная и точная, необходима как воздух. Что происходит на фронтах, где находятся войска, наши и вражеские, на каком рубеже идут бои? Куда направить подкрепления, где и какая необходима техника? Лишь бы не сбиться с ритма, не опоздать, вовремя дать сведения Ставке...

В первые дни войны, когда руководящие лица Наркомата обороны и Генштаба по приказу Сталина были посланы на основные направления фронтов, все остававшиеся в распоряжении Наркомата обороны средства связи были брошены на установление с ними немедленного контакта. У нас, работников Генерального штаба, невольно создавалось впечатление, что Генеральный штаб в самый ответственный момент оказался предоставленным самому себе. Все решения принимались наверху помимо него, и он был лига т передаточной инстанцией.

Однако, когда попытки Главнокомандования остановить быстрое продвижение в глубь нашей страны мощных группировок врага силами не изготовленных к этому и понесших серьезные потери войск приграничных округов не удались, оно пришло к единственно правильному в тех условиях решению — использовать подходившие из глубины страны отмобилизованные эшелоны войск для создания нового стратегического фронта обороны. Главное командование решило в связи с этим ряд новых и довольно сложных проблем. Срочное их решение потребовало от него немедленного привлечения к ответственной и кропотливой работе соответствующим образом организованного аппарата, военных специалистов и прежде всего аппарата Генерального штаба. В связи с этим структуру Наркомата обороны и Генерального штаба, существовавшую до начала Великой Отечественной войны и не совсем отвечавшую требованиям развернувшейся войны, пришлось перестраивать. Решением ЦК партии и ГКО были реорганизованы отдельные центральные управления Наркомата обороны и Генерального штаба. Шаг за шагом Генштаб превращался в рабочий орган Ставки, ибо никакого другого специального аппарата для этой цели она не имела.

В числе мероприятий, направленных на улучшение работы Генштаба применительно к потребностям начавшейся войны, я считаю, одним из весьма важных было решение Ставки, принятое в ночь на 30 июля 1941 года, о назначении начальником Генерального штаба Маршала Советского Союза Шапошникова. Сталин предпочел использовать командный опыт Жукова непосредственно в войсках, назначив его командующим Резервным фронтом. Этот фронт был образован в разгар Смоленского сражения, 30 июля, чтобы надежнее прикрыть направление на Москву и создать здесь более глубокую оборону.

Во главе всего штабного аппарата встал тот, кто в те месяцы мог, пожалуй, лучше, чем кто-либо, обеспечить бесперебойное и организованное его функционирование. В своих «Воспоминаниях и размышлениях» Жуков рассказал, как при очередном своем докладе в Ставке он попросил Сталина освободить его от обязанностей начальника Генерального штаба и послать на фронт, где он, видимо, смог бы принести больше пользы Родине. Сталин отпустил Жукова, не дав определенного ответа на его просьбу. Примерно через полчаса он снова пригласил Жукова к себе.

— Вот что, — сказал Сталин, — мы посоветовались и решили освободить вас от обязанностей начальника Генерального штаба. На это место назначим Шапошникова. Правда, у него со здоровьем не все в порядке, но ничего, мы ему поможем. А вас используем на практической работе. У вас большой опыт командования войсками в боевой обстановке. В действующей армии вы принесете несомненную пользу. Естественно, что вы остаетесь заместителем наркома обороны и членом Ставки.

Так состоялось возвращение Шапошникова к руководству Генеральным штабом. Сам Жуков оценил это событие кратко и исчерпывающе; «Борис Михайлович являлся одним из наиболее глубоких военных ученых нашего государства, сочетавших знание теории военной науки с большим практическим опытом работы по оперативно-стратегическим вопросам... 30 июля 1941 года, когда меня назначили командующим Резервным фронтом, Шапошников стал вновь начальником Генерального штаба. Зная дело Генштаба до тонкостей, он быстро провел ряд организационных мероприятий, способствовавших улучшению работы этого главного рабочего органа Ставки. Большое личное трудолюбие и умение Шапошникова работать с людьми оказали заметное влияние на рост общего искусства управления войсками в Действующей армии и особенно со стороны Генштаба».

Шапошников немедленно включился в работу. Он начал ее с участия 30 июля в обсуждении в Ставке вопроса о мероприятиях по усилению обороны Ленинграда. В тот момент Ставка располагала данными, что на Северо-Западном направлении враг, где его наступление, хотя и с большим трудом, было временно приостановлено, спешно готовит с целью овладения Ленинградом три ударные группировки: одну — для наступления на Копорское плато, вторую — в районе Луги для удара вдоль шоссе Луга — Ленинград, третью — северо-западнее Шимска для наступления на новгородско-чудовском направлении. В Ставку были вызваны главком Северо-Западного направления Ворошилов и член Военного совета Жданов.

По возвращении из Ставки в Генштаб (это было около 4 часов утра 31 июля) Борис Михайлович объявил мне, что в Ставке среди других вопросов стоял вопрос об усилении аппарата командования Северо-Западного направления и что Ворошилов по окончании заседания предложил назначить меня на должность начальника штаба. Шапошников поинтересовался моим мнением. Я совершенно искренне считал, что если Климента Ефремовича не удовлетворял в этой должности такой способный, всесторонне подготовленный оперативный работник, как М. В. Захаров, то уж я, безусловно, вряд ли ему подойду. Шапошников предупредил меня, что вечером Ставка вновь будет заниматься Северо-Западным направлением и что, видимо, вопрос о моем назначении будет решен. Он рекомендовал использовать оставшееся время для более детального изучения оперативной обстановки на этом направлении.