Как все военные, сослуживцы Шапошникова испытывали профессиональный интерес к происходившим на маньчжурском театре боевым событиям. Имели они и дополнительный мотив, заставлявший их обостренно переживать эти события. Дело в том, что командующим Маньчжурской армией, а с осени 1904 года и главнокомандующим вооруженных сил России на Дальнем Востоке был А. Н. Куропаткин, генерал от инфантерии и генерал-адъютант, военный министр России. Свою офицерскую службу он начинал в 1866 году в том же 1-м стрелковом Туркестанском батальоне, а затем на протяжении одиннадцати лет тесно соприкасался с ним по службе. Свою связь с батальоном Куропаткин поддерживал и впоследствии, будучи военным министром. Вот почему в офицерском собрании Туркестанского батальона с такой жадностью обсуждалось каждое событие с театра войны, которое приносили газеты. С горечью приходилось выслушивать хулу на Куропаткина и не хотелось верить в нее. Но если истинные причины поражений русской армии не только, а может быть, и не столько в качествах главнокомандующего... Так в чем же тогда? Такой вопрос вставал неотвратимо, и, хотя далеко не сразу и не все смогли найти правильный на него ответ, тем не менее задумываться приходилось все чаще и чаще.

Не только ход русско-японской войны заставил многих задуматься о судьбе России. В стране поднималась волна стачек рабочих и выступлений крестьян. Хотя в Туркестане и сохранялось относительное спокойствие, но и сюда различными путями доходили вести о нараставшем кризисе царизма. Еще летом 1903 года Шапошников узнал о расстреле на его родине, в Златоусте, рабочих, которые собрались на площади перед заводом и домом горного начальника, чтобы просить об улучшении условий труда. Известие о Кровавом воскресенье 9 января 1905 года застало его в Самарканде.

Поражение русской армии в 1904-1905 годах, революция 1905 года явились событиями, встряхнувшими и те слои населения Русского государства, которые пребывали в спячке. Возвратившись в батальон, Шапошников увидел наглядное свидетельство пробуждавшегося и в офицерской среде интереса к внутриполитической жизни страны. В офицерском собрании батальона имелась довольно богатая библиотека, по оценке Бориса Михайловича, даже лучшая, нежели в общегарнизонном собрании Ташкента. Почти четыре десятилетия накапливались в ней книги, газеты, журналы за счет фонда, который складывался из небольших ежемесячных взносов офицеров. В библиотеке имелись сочинения классиков и видных военных авторов.

С 1904 года Шапошников был избран заведующим этой библиотекой и приложил немало сил, чтобы увеличить ее книжный фонд. Приобрел сочинения Максима Горького, роман Н. Г. Чернышевского «Что делать?», повесть А. И. Куприна «Поединок», вызвавшую бурные дискуссии в армии. Выписал ряд журналов, в том числе и такие, в которых появлялись иногда наряду с другими статьи и социал-демократического направления.

Однако, горячо взявшись за выполнение общественного поручения, он с горечью отмечал, что круг читателей библиотеки был весьма невелик. Теперь же, после возвращения из Самарканда, большинству офицеров, как он заметил, уже трудно было жить одними уставными положениями. После царского манифеста 17 октября 1905 года, возвещавшего о «даровании свободы» и создании Государственной думы, офицеры все чаще стали спорить о происходящих в стране событиях. Их внимание привлекли программы различных политических партий, не исключая и социал-демократической.

Шапошников стремился к тому, чтобы библиотека могла удовлетворить запросы офицеров и предоставить в их распоряжение литературу всех направлений. И хотя вскоре, как он вспоминал, некоторые книги ему пришлось изъять из общих шкафов, он продолжал давать их всем желающим.

По возвращении из Самарканда произошло изменение и в служебном положении Шапошникова — 31 января 1905 года он был назначен начальником учебной команды батальона с правами ротного командира. Молодой офицер был ошеломлен таким повышением в должности, так как обычно ее занимали офицеры, прослужившие достаточно долго и имевшие чин не меньше штабс-капитана. Вплоть до осени 1905 года исполнял он свои новые обязанности, относясь к ним, как и всегда, с полной отдачей сил. Затем, когда в батальон возвратились несколько офицеров из Маньчжурии, вновь стал полуротным командиром и получил чин поручика. С января 1907 года Борису Михайловичу разрешили начать подготовку к сдаче экзаменов в Академию Генерального штаба, и он, по собственному выражению, превратился в затворника: днем нес службу в батальоне, ночью упорно занимался. Предварительные испытания в округе прошел весьма успешно. Не менее успешно сдав вступительные экзамены, поручик Б. М. Шапошников в числе 124 офицеров приказом от 16 октября 1907 года был зачислен на младший курс академии. Она размещалась в специально построенном для Академии Генерального штаба двухэтажном здании в форме буквы П на Суворовском проспекте в Петербурге и стала местом учебы Шапошникова на целых три года.

В течение первого года слушатели академии изучали тактику пехоты, конницы, артиллерии, полевую фортификацию, устройство вооруженных сил вообще и армий важнейших европейских государств в частности, а также и США, историю военного искусства с древнейших времен и до войн Наполеона включительно, историю военного искусства России, общую историю XIX века и русскую историю, геодезию и т. д. Изучение иностранных языков проводилось по вечерам для желающих. Зато верховая езда как на вступительных экзаменах, так и в процессе обучения рассматривалась как ведущая дисциплина в подготовке офицеров Генерального штаба — занятия в манеже проводились практически без перерывов на всех курсах. Подобное пристрастие к этому делу в то время Борис Михайлович объяснял опытом русско-японской войны.

— В русской армии так было принято: коли учитывать опыт, так учитывать, — с иронией говорил он.

А опыт этот заключался, по его словам, в том, что в бою под Яньтайскимл копями одна из дивизий русской армии, попав в высокий гаолян, рассыпалась, и управление ею в бою было потеряно. Начальника дивизии генерала Орлова ранило, а начальника штаба Глобачева конь занес в тыл, и подполковник справиться с ним не смог. Так вот и было решено: чтобы впредь верховые лошади не заносили офицеров, потребовать от офицеров Генштаба хорошей верховой езды.

На втором курсе академии чисто военные дисциплины занимали еще больший удельный вес, чем на первом: стратегия, общая тактика, история новейших войн, общая военная статистика, представлявшая, по существу, обзор пограничных с Россией стран на западе и востоке, инженерная оборона государства, военные сообщения, военно-морское дело и т. д. Помимо работы в академии, к практическим занятиям по тактике приходилось много готовиться дома.

После завершения учебы на втором курсе и сдачи экзаменов офицеры уходили в войска, считаясь окончившими академию по второму разряду. И только те, кто имел успеваемость свыше 10 баллов, оставались еще на год для учебы на дополнительном курсе. Шапошников закончил оба основных курса по успеваемости седьмым. Поэтому он и был оставлен для учебы в академии на дополнительном курсе. Офицеры, оканчивавшие его, предназначались для службы в Генеральном штабе. Программа дополнительного курса состояла преимущественно из практических занятий.

Академию возглавлял в период учебы в ней Шапошникова генерал Щербачев. По словам Бориса Михайловича, на этот пост Щербачев попал только потому, что активно участвовал в подавлении революции 1905 года. Под стать начальнику был и правитель дел академии полковник А. К. Баиов. По своему служебному положению правитель дел имел большой вес в постановке учебного процесса. Сам он читал лекции по истории военного искусства, читал скучно и нудно. Полной бездарностью был преподаватель тактики конницы профессор Елчанинов, который к тому же плохо ездил на лошади и потому приходил иногда на лекции с забинтованной головой. За это и за его ум офицеры окрестили Елчанинова «всадником без головы».