Минерва скоро показала себя самой одаренной волшебницей на своем курсе, обладающей особыми способностями к трансфигурации. За время учебы в школе стало ясно, что она унаследовала способности своей матери и высокие моральные качества своего отца. Два года учебы Минервы совпали с временем обучения Помоны Стебль, будущего декана Пуффендуя, и у девушек сложились прекрасные отношения на долгие годы.

По окончании своего обучения в Хогвартсе Минерва МакГонагалл добилась впечатляющих результатов: высшие баллы по С.О.В и Ж.А.Б.А., стала старостой, капитаном команды и обладателем награды «Самый перспективный дебютант в трансфигурации» от журнала «Трансфигурация Сегодня». Под руководством своего вдохновляющего преподавателя по трансфигурации Альбуса Дамблдора ей удалось стать анимагом. Ее анимагическая форма с характерными чертами (полосатая кошка с прямоугольными отметинами от очков вокруг глаз) была должным образом зарегистрирована в Регистре анимагов Министерства магии. Также Минерва, как и ее мать, была талантливым игроком в квиддич, хотя неудачное падение на последнем курсе (из-за нарушения правил во время матча Гриффиндора и Слизерина за кубок школы) привело к сотрясению мозга, нескольким сломанным ребрам и сохранившемуся на долгие годы желанию видеть поражение Слизерина на поле для квиддича. Хотя она перестала играть в квиддич после окончания Хогвартса, наделенная соревновательным духом МакГонагалл очень переживала за успехи команды своего факультета и обладала чутьем на талантливых игроков. 

После окончания Хогвартса Минерва вернулась в дом священника, чтобы провести последнее лето с семьей перед отъездом в Лондон, где она получила место в Министерстве магии (в Отделе обеспечения магического правопорядка). Эти месяцы стали самыми сложными в жизни Минервы, поскольку в восемнадцать лет она пошла по стопам матери и без памяти влюбилась в магла.

Это был первый и последний раз в жизни Минервы МакГонагалл, когда она, можно сказать, «потеряла голову». Дугал МакГрегор был красивым, умным и веселым сыном местного фермера. Будучи менее красивой, чем Изобель, Минерва была находчивой и остроумной. Дугал и Минерва разделяли чувство юмора, яростно дискутировали, и видели друг в друге неизведанные дали. Перед тем как кто-то из них разобрался в происходящем, Дугал стоял на одном колене на вспаханном поле, делая предложение, и Минерва приняла его.

Она пошла домой, намереваясь рассказать родителям о своей помолвке, но не нашла в себе сил сделать это. Всю ночь она провела без сна, размышляя о своем будущем. Дугал не знал, кем она, Минерва, была на самом деле, не больше, чем знал ее отец об Изобель, когда женился на ней. Минерва прекрасно видела, каким будет ее брак, если она выйдет замуж за Дугала. Он положит конец всем ее стремлениям; ее волшебная палочка будет под замком, а дети будут приучены лгать, даже собственному отцу. Она не обманывала себя надеждами, что Дугал МакГрегор будет жить с ней в Лондоне, пока она будет занята работой в Министерстве. Он только и думал об отцовской ферме.

На следующий день ранним утром Минерва улизнула из родительского дома и отправилась сказать Дугалу, что передумала и не сможет выйти за него замуж. Осознавая, что, если она нарушит Международный статут о секретности, то потеряет работу в Министерстве, ради которой она и отказывалась от Дугала, она не могла придумать, как объяснить ему свое решение. Она оставила его, опустошенного и в подавленного, и через три дня уехала в Лондон. 

Поскольку на ее отношение к Министерству магии влиял тот факт, что она только что пережила эмоциональный кризис, Минерва МакГонагалл не испытывала теплых чувств к своему новому дому и месту работы. В некоторых из ее коллег укоренилось предвзятое отношение к маглам, которое, учитывая ее восхищение своим отцом и сохранившуюся любовь к Дугалу МакГрегору, она категорически осуждала. Эффективный и талантливый работник, привязанный к своему более взрослому начальнику, Эльфинстону Уркуарту, Минерва была несчастлива в Лондоне и поняла, что очень скучает по Шотландии. Наконец, спустя два года работы в Министерстве, ей предложили повышение по службе, но она ответила отказом. Минерва послала сову в Хогвартс, спрашивая, можно ли ей претендовать на должность преподавателя. Сова вернулась через несколько часов с предложением работы на кафедре трансфигурации под руководством ее наставника, Альбуса Дамблдора. 

Школа с радостью встретила Минерву МакГонагалл обратно. Минерва с головой окунулась в работу, показав себя строгим, но вдохновляющим учителем. Она хранила письма от Дугала МакГрегора в запертой шкатулке под кроватью, но это было лучше (твердо говорила она себе), чем хранить там волшебную палочку. Тем не менее, для нее стала настоящим шоком новость от рассеянной Изобель (из длинного письма из дома), что Дугал женился на дочери другого фермера.

Альбус Дамблдор нашел Минерву в слезах в ее классе тем же вечером, и она рассказала ему всю историю. Альбус Дамблдор, олицетворяя собой спокойствие и мудрость, рассказал Минерве кое-что из истории его семьи, то, что раньше ей было неизвестно. Этот откровенный разговор между двумя сдержанными и скрытными людьми стал основой будущего взаимного уважения и дружбы.

Минерва МакГонагалл была одной из немногих, кто знал или хотя бы подозревал, каким страшным стал для Альбуса Дамблдора тот день, когда в 1945 году он решил выступить против Темного волшебника Геллерта Грин-де-Вальда. 

Минерва МакГонагалл не занималась обучением юного Тома Реддла, но знала обо всех тревогах и опасениях Альбуса Дамблдора, с ним связанных. Она не состояла в Ордене Феникса в то время, когда Волан-де-Морт в первый раз пришел к власти (в то время, по мнению Министерства, Орден был революционной группировкой; сменявшие друг друга министры видели угрозу в харизме и магическом таланте Дамблдора, поэтому втайне опасались, что он метит на их место). Тем не менее, анимагические способности Минервы оказались очень полезны в самые мрачные дни волшебной истории, и втайне от своих студентов она провела много ночей, шпионя для Министерства в облике полосатой кошки, добывая для мракоборцев ценнейшие сведения о последователях Волан-де-Морта.

Как и многие в волшебном сообществе, она понесла тяжелые личные утраты в дни господства Волан-де-Морта. Самым ужасным оказалась потеря ее брата, Роберта; ее учеников, Лили Эванс и Джеймса Поттера; и Дугала МакГрегора, который был убит Пожирателями смерти вместе с женой и детьми во время одного из нападений на маглов. Эта последняя новость стала страшным ударом для Минервы, которая спрашивала себя: сумела бы она защитить Дугала, если бы вышла за него замуж? 

В ранние годы своей работы в Хогвартсе Минерва МакГонагалл поддерживала дружеские связи со своим бывшим начальником в Министерстве, Эльфинстоном Уркуартом. Он приехал навестить ее во время отпуска в Шотландии, и, к ее великому изумлению и смущению, предложил руку и сердце в кафе мадам Паддифут. Минерва, по-прежнему любившая Дугала МакГрегора, ответила отказом.

Эльфинстон, тем не менее, не перестал любить ее и повторял свое предложение снова и снова, несмотря на ее бесконечные отказы. Смерть Дугала МакГрегора, хоть и причинила боль Минерве, одновременно дала ей свободу. Вскоре после первого поражения Волан-де-Морта поседевший Эльфинстон сделал предложение снова, летом во время прогулки вокруг озера на территории Хогвартса. На этот раз Минерва согласилась. Эльфинстон, уже ушедший на пенсию, был вне себя от счастья и купил для них маленький домик в Хогсмиде, откуда Минерве было удобно ходить на работу каждый день.