Начало волнений в крепости сопровождалось развалом большевистских ячеек военных и гражданских организаций Кронштадта. На январь 1921 года они насчитывали 2680 членов и кандидатов в члены РКП(б). В ВРК, в ревтройки, в редакцию "Известий ВРК" стали поступать как индивидуальные, так и коллективные заявления о выходе из партии. Многие просили опубликовать их заявления в газете. Почти целиком вышла из партии организация линкора "Петропавловск". Очень много заявлений поступило от рабочих промышленных предприятий города, обслуживающих флот. Выход из партии продолжался вплоть до последнего штурма Кронштадта, когда всем было уже ясно, что осажденные обречены. Полностью распалась 41 партийная организация Кронштадта. Всего за время кронштадтских событий из РКП(б) вышло около 900 человек. Большинство из них вступили в партию в годы гражданской войны. Но были и такие, кто связал свою жизнь с партией в октябрьские дни 1917 года. 2 марта было организовано Временное бюро кронштадтской организации РКП в составе Я.И.Ильина, Ф.Х.Первушина и А.С.Кабанова, которое призвало коммунистов Кронштадта к сотрудничеству с ВРК.
Известия о событиях в Кронштадте вызвали резкую реакцию советского руководства. Делегация кронштадтцев, прибывшая в Петроград для разъяснения требований матросов, солдат и рабочих крепости, была арестована.
4 марта Совет Труда и Обороны утвердил текст правительственного сообщения. Движение в Кронштадте объявлялось "мятежом", организованным французской контрразведкой и бывшим царским генералом Козловским, а резолюция, принятая кронштадтцами, — "черносотенно-эсеровской". Давая такую характеристику событиям, власти учитывали тогдашнюю психологию масс. Допуская возможность обновления политических институтов в социалистических рамках, основная часть рабочих крайне негативно относилась к попыткам восстановить монархию. Поэтому одно упоминание о царском генерале, да еще связанном с Антантой, могло дискредитировать кронштадтцев и их программу. Уже после падения Кронштадта сам Козловский, командовавший артиллерией крепости, говорил: "Коммунисты использовали мою фамилию, чтобы представить восстание в Кронштадте в свете белогвардейского заговора только потому, что я был единственный генерал, находившийся в крепости".
3 марта Петроград и Петроградская губерния были объявлены на осадном положении. Эта мера была направлена скорее против возможных демонстраций питерских рабочих, чем против кронштадтских матросов. Без какого-либо следствия, постановлением Совета Труда и Обороны, которое подписали В.И.Ленин и Л.Д.Троцкий, "бывший генерал Козловский и его сподвижники объявлялись вне закона". За этим последовали репрессии в отношении их родственников. 3 марта в Петрограде были произведены аресты лиц, совершенно не причастных к кронштадтским событиям. Их брали в качестве заложников. В числе первых была семья Козловского: его жена и четыре сына, младшему не было и шестнадцати лет. Вместе с ними были арестованы и сосланы в Архангельскую губернию все их родственники, в том числе и дальние.
Брать заложников продолжали и после того, как Кронштадт пал. Арестовывали родственников руководителей ВРК, военных специалистов, которые ушли из Кронштадта в Финляндию. 14 апреля в качестве заложников были арестованы проживавшие в Гомельской губернии П.И.Петриченко, крестьянин шестидесяти пяти лет, и два его сына. Их доставили на Лубянку, но вскоре выяснилось, что никакого отношения к председателю кронштадтского ВРК Петриченко они не имеют.
Кронштадтцы добивались открытых и гласных переговоров с властями, однако позиция последних с самого начала событий была однозначной: никаких переговоров или компромиссов, мятежники должны быть наказаны. Парламентеров, которые направлялись восставшими, арестовывали. Предложение обменяться представителями Кронштадта и Петрограда осталось без ответа. 4 марта было опубликовано воззвание Комитета обороны Петрограда "Достукались. К обманутым кронштадтцам", которое, по существу, являлось ультиматумом. Кронштадт вынужден был либо принять его, либо защищаться. Он выбрал второе. 4 марта в Кронштадте состоялось заседание делегатского собрания, на котором присутствовали 202 человека. По предложению Петриченко состав ВРК был увеличен с 5 до 15 человек.
В связи с прямыми угрозами со стороны властей силой расправиться с кронштадтцами ВРК обратился к военным специалистам — офицерам штаба — с просьбой помочь организовать оборону крепости. 5 марта договоренность о совместных действиях ВРК и штаба крепости в организации обороны была достигнута. Военные специалисты предложили, не ожидая штурма крепости, самим перейти в наступление. Они настаивали на захвате Ораниенбаума, Сестрорецка, с тем чтобы расширить базу восстания. Однако на предложение первыми начать военные действия ВРК ответил решительным отказом.
Власти готовились силой оружия подавить восстание. Уже утром 3 марта во все части, на корабли Балтфлота был направлен приказ, в котором всем комиссарам предписывалось находиться на местах; запрещались собрания в присутствии посторонних лиц; всех замеченных в агитации против советской власти предлагалось арестовывать. Власти приняли меры, чтобы изолировать Кронштадт от внешнего мира, закрыть доступ в Петроград морякам и красноармейцам Кронштадта. Попытки кронштадтцев доставить в Петроград какие-либо сведения о событиях в крепости пресекались. Перлюстрировались все письма, направлявшиеся из крепости и в крепость.
5 марта отдается приказ об оперативных мерах по ликвидации "мятежа". Была восстановлена 7-я армия под командованием М.Н.Тухачевского, которому предписывалось подготовить оперативный план штурма и "в кратчайший срок подавить восстание в Кронштадте". Штурм крепости был назначен на 8 марта. Именно в этот день после нескольких переносов должен был открыться X съезд РКП(б). Это не простое совпадение, а продуманный шаг, предпринятый с определенным политическим расчетом. Подготовка штурма и день его начала держались в секрете, но Ленин в докладе на съезде намекнул, что, возможно, к вечеру 8 марта придут новости из Кронштадта. Советские военные руководители были уверены, что с "мятежом" будет покончено одним ударом. Их мнение разделял и Ленин.
Руководство партии понимало необходимость уступок, в том числе замены продразверстки продналогом, разрешения торговли. Накануне съезда были подготовлены соответствующие документы, с тем чтобы вынести их на обсуждение. Между тем именно эти вопросы являлись одними из основных в требованиях кронштадтцев. Казалось, возникла основа для переговоров. Однако советское правительство отвергло такую возможность и, более того, принимая под давлением общественных сил решение об изменении внутренней политики, посчитало необходимым упредить этот шаг карательной акцией против тех, кто осмелился открыто выдвинуть от имени народа назревшие требования. Большевики тем самым хотели показать, что у них есть свое представление о том, как должны осуществляться изменения в экономической политике. Вместе с тем они отдавали себе отчет в том, что эти изменения потребуют известных реформ в политической жизни. Расправа над кронштадтцами должна была показать границы отступления в этой области, именно то, что любые политические реформы не затронут основ властной монополии.
Вот почему именно в день открытия съезда, когда Ленин должен был объявить о повороте в экономической политике, предполагалось нанести беспощадный удар по Кронштадту. Через несколько месяцев суть этой карательной акции нашла выражение в словах Ленина: "Надо именно теперь проучить эту публику так, чтобы на несколько десятков лет ни о каком сопротивлении они не смели и думать". Вот на этом принципе и начала складываться репрессивная политика партии, политика, именуемая социалистической демократией.
Если бы X съезд РКП(б) открылся 6 марта, то есть в ранее назначенное время, то объявленный на нем в первый же день поворот в экономической политике мог изменить ситуацию в Кронштадте, повлиять на настроения матросов: они ждали выступления Ленина на съезде. Тогда, возможно, не понадобился бы и штурм. Но такого хода событий не хотели в Кремле. Кронштадт стал для Ленина инструментом, с помощью которого он пытался придать особую убедительность требованиям устранить всякую внутрипартийную борьбу, обеспечить единство РКП(б) и соблюдение жесткой партийной дисциплины. Именно феномен Кронштадта лег в основу аргументации о "недопустимости какой бы то ни было фракционности" в партии и проекта резолюции "О единстве партии". Именно с этого момента партия начала свой трагический путь к диктатуре через массовые репрессии.