29 октября 539 года персидский царь Кир прибыл в Вавилон, незадолго до этого (12 октября) без боя занятый его войсками. Этим событием закончилась многолетняя кровопролитная борьба между Персией и Нововавилонским царством за господство на Ближнем Востоке. Возникновение Персидской державы, несомненно, отразилось и на судьбе восточнофиникийских городов. Они были глубоко заинтересованы в установлении мира на сухопутных торговых путях, связывавших эти города с глубинными территориями Передней Азии. К тому же Кир позволил всем изгнанникам, которые в свое время были уведены в плен вавилонскими царями, вернуться на родину, а среди них было много финикиян. Естественно, поэтому они должны были приветствовать воцарение Кира.

Подчинив себе Финикию и включив ее в свою административную систему, персидские цари не вмешивались в ее внутреннюю жизнь. В Финикии продолжала сохраняться царская власть и иные местные формы правления. Один из сидонских царей этого времени, Эшмуназар II, в большой надписи рассказывает о своей многообразной строительной деятельности, а также о том, что «владыка царей», вероятнее всего Ксеркс, около 480 года отдал Сидону Дор и Йаффу — города на палестинском побережье Средиземного моря. Кроме того, под властью Сидона находился небольшой городок, который греки называли «птичьим», — Орнитон, а под управлением Тира были Акка и Аскалон в Палестине.

В период персидского господства в Финикии, первый раз в ее истории, сложилось некое подобие единой политической организации, которая должна была охватывать все финикийские города. Тир, Сидон и Арвад совместными силами построили новый город, который по-гречески именовался Триполис — «город трех городов». Он состоял из трех обособленных поселений, где жили выходцы из упомянутых центров. Вероятно, каждое поселение было непосредственно связано со своей метрополией. В Триполисе должен был находиться общефиникийский совет, где решались важнейшие проблемы, интересовавшие всю страну. Собственно персидские наместники находились в Сидоне, занимавшем в то время, видимо, ведущее положение.

Отношения финикийских городов с персидскими владыками были достаточно сложными; далеко не всегда последним удавалось навязывать подданным свою волю. Известно, например, что, когда царь Камбиз попытался направить финикийский флот на запад для завоевания Карфагена, финикияне вежливо, но категорически отказались выполнить его приказ. В других случаях персам удавалось привлечь на свою сторону граждан Сидона, Тира и других центров. В частности, финикийский флот принял активное участие в Греко-персидских войнах, в том числе и в битве при Саламине — одном из тех сражений, в котором балканским грекам удалось отстоять свою независимость. Среди наиболее известных флотоводцев персидского царя Геродот упоминает сидонского владетеля Тетрамнеста, сына Анита, тирского Матита, сына Хирама, и арвадского Мербаала, сына Агбаала. Финикияне, видимо, и сами были глубоко заинтересованы в разгроме крупнейших греческих торговых центров, так как рассчитывали занять их место в средиземноморской торговле и прочно закрепиться в Эгеиде.

Поражение персов повлекло за собой крушение этих надежд. Однако финикияне не отказались от своих планов, которые они надеялись осуществить мирным путем. Они даже создавали в греческих городах свои общины, прочно обосновываясь там. Так, уже в первой половине IV века в Афинах существовала колония сидонян, в I веке увековечившая на камне свои почетные декреты.

Впрочем, в IV веке, еще до похода Александра Македонского, наблюдается известная переориентация финикиян, их стремление заручиться союзом с греками. Так, сидонский царь Стратон оказал помощь афинским послам в их поездке ко двору персидского царя. Именно об этом Стратоне рассказывали как о друге эллинов, вводившем греческий образ жизни и даже сменившем свое финикийское имя на греческое. Любезность не осталась незамеченной: афинские власти приняли почетный декрет в честь Стратона и даже освободили селившихся в Афинах выходцев из Сидона от уплаты поборов, обычно взимавшихся с метеков — поселенцев, не имевших гражданских прав.

Один из преемников Стратона, Теннес, пошел еще дальше, приняв участие в широком выступлении против Персии, в котором наряду с Финикией активную роль играли Египет и города Кипра как греческие, так и финикийские. Заручившись помощью из Египта и разгромив персидского наместника, Теннес в короткий срок очистил от персов всю Финикию. Царь Персии Артаксеркс III Ох сам возглавил поход на непокорную провинцию. Теннес не решился оказать ему сопротивление и постыдно предал Сидон, который был буквально стерт с лица земли, а жители его — те, что не погибли в пламени пожара, — были уведены в глубь Персидской державы. Место пожарища Артаксеркс III Ох продал впоследствии за очень высокую цену: там, где раньше стоял город, кладоискатели находили много золота и серебра. Расправа оказалась достаточно наглядным уроком — прочие города Финикии поспешили признать над собой власть персидских царей. Через некоторое время Сидон был восстановлен — слишком удобное это было место — и скоро вновь превратился в крупный торговый центр.

В 333 году на территорию Сирии вступили новые завоеватели — греки и македоняне под предводительством Александра Македонского. Поход Александра Македонского был попыткой разрешить внутриполитические конфликты, принявшие в греческих городах-государствах исключительную остроту, путем завоевания новых земель и создания колоний, где могли бы обосноваться и начать новую жизнь люди, обездоленные у себя на родине. Неудачи персов уже на раннем этапе военных действий в Малой Азии обнаружили глубокую внутреннюю слабость их огромной державы. Поэтому сирийские города-государства, в том числе и финикийские, не оказали македонянам сопротивления, хотя их флотоводцы находились в начале войны, как правило, в персидском флоте. Арвад, Сидон и Библ сдались Александру без боя.

Так же вначале вел себя и Тир. Однако между этим городом и македонским завоевателем скоро возник конфликт: тиряне отказались допустить Александра за городские стены принести жертву Мелькарту, которого греки отождествляли со своим героем Гераклом, считавшимся предком македонского царя. Александр воспринял этот отказ не только как глубокое личное оскорбление, но и как попытку ограничить его власть над Тиром. Поэтому он решил осуществить свое намерение силой. До сих пор Тир, находившийся на острове, был неуязвим для врагов, никому не удавалось взять его приступом. Поэтому Александр принял смелое решение: за короткий срок его солдаты построили насыпь через пролив, которая позволила им вплотную подойти к стенам города. В результате Тир отныне и навсегда перестал быть островом. Несмотря на отчаянное сопротивление горожан, город был взят штурмом, а его уцелевшие жители — более тридцати тысяч человек — были проданы в рабство. Однако в Финикии это был единственный случай сопротивления македонянам.

Под властью эллинистических царей, а позже и римских наместников восточнофиникийские города не играли сколько-нибудь заметной политической роли, хотя и продолжали оставаться крупными торговыми центрами с обширными и разносторонними экономическими связями. На острове Делосе, например, существовала колония купцов из Берита, почитателей морского божества — «посейдониастов», как они себя называли. Это был крупнейший общегреческий рынок эллинистического времени.

На Кипре в течение некоторого времени процветало объединение ряда городов на юге и в центральной части острова под властью финикийских царей. В то же время была ликвидирована царская власть в Арваде, а затем и в других городах. В ряде случаев мы узнаем о тирании; она существовала некоторое время в Библе и Тире. В 120 году Тир ив 113 году Сидон стали, правда ненадолго, независимыми и с этого времени начали свое новое летосчисление.

В период правления римских императоров некоторые финикийские города были освобождены от налогов, которые платило все население Римской империи, кроме римских граждан, а также сумели добиться и разных других привилегий и титулов. Их жители, надо думать, ревностно оберегали свои традиции; еще в XII веке нашей эры еврейский путешественник Вениамин Тудельский видел в одном из финикийских — тогда уже бывших финикийских — городов то, что он называл «мерзостью аммонитян», — статую финикийского божества и финикийское святилище, пережившее и христианских, и мусульманских фанатиков. Долгое время еще составлялись надписи на финикийском языке, однако в первые века нашей эры местные жители перешли частью на арамейский, частью на греческий язык.