Этот случай положил начало обвинению пророка в государственной измене. За каждым его словом стали следить, между тем развязка приближалась.

Царь Седекия, против воли, заключил союз с Египтом и восстал против Вавилона. Немедленно Навуходоносор поспешил к мятежному городу, сжигая все на своем пути. Вскоре Иерусалим был осажден. Среди князей началось смятение, торопились укреплять город, в ужасе взывали к Яхве. На мгновение счастье как будто бы улыбнулось: египтяне ударили в тыл халдеям. Осада была снята, и рабы немедленно были снова возвращены своим хозяевам, невзирая на гневные протесты Иеремии.

В 1936 г. археологи нашли переписку иудейского военачальника того времени, в которой говорилось о возмутительных речах какого-то пророка. К сожалению, место с его именем обломано, но сохранились последние буквы "ия". Вероятнее всего, здесь идет речь о Иеремии, за которым был установлен бдительный надзор.

С тяжелым сердцем решает пророк покинуть обезумевший город и удалиться в свой родной город Анафоф, но его схватывают в воротах и обвиняют в намерении перейти на сторону халдеев.

Иеремию бросают в темницу Это были самые горькие дни его жизни. Он, больше всего желающий блага народу, оказывается как бы его изменником. Пророка терзали сомнения, ему было невыносимо дальше нести свое бремя. Мучительное раздвоение и внутренняя борьба сквозят в его стихах, относящихся к этому времени. Лишенный поддержки, одинокий, не имеющий семьи, оторванный от всех, кто был ему дорог, он находил силу лишь в несокрушимой вере в правоту своей миссии. Он обращался к Яхве со словами, проникнутой лирической интимностью и задушевной теплотой. Иеремия стал отцом религиозного индивидуализма, отрывающего религию от народа, страны, общества.

От казни спас Иеремию царь Седекия. Он сам ночью приходил советоваться с мудрецом. Но сторонники продолжения войны подавили все миротворческие попытки царя.

Тем временем Навуходоносор, разбив египтян, возобновил осаду. Огромные земляные валы выросли до высоты стен вокруг города. Исполинские костры раскаляли добела кирпичи и они трескались, образуя трещины в цитадели. 9 июня 586 г. халдеи ворвались в город, предавая все огню. Пылали кварталы и склады, рухнул объятый пламенем Храм. Царь Седекия со своими отрядами пытался бежать через брешь в стене, но был настигнут халдеями и взят в плен. Основная масса народа последовала за ним.

Иеремия был оставлен в городе с небольшой частью населения. Вавилонские власти относились к нему с уважением, так как были наслышаны о его деятельности. Это было вдвойне горько пророку Вскоре остатки иерусалимлян подняли безнадежный мятеж и, спасаясь от возмездия, бежали в Египет. Они увели с собой и Иеремию. На этом его следы теряются навсегда.