Впрочем да разтворим шесттомното дело на процеса и да го сравним с историческите факти и документи.
В три часа през нощта на 16 срещу 17 септември 1939 г. части на Червената армия преминават границата и навлизат в Западна Украйна и Западна Белорусия. В 16 ч. главнокомандващият полската армия издава заповед да не се смята Съветският съюз за воюваща страна и да не се оказва съпротива на неговите войски. На 28 септември 1939 г. е сключен „Германо-съветски договор за дружба и за границата между СССР и Германия“. С него се оформя ликвидирането на полската държава, а Западна Украйна и Западна Белорусия са включени в Съветския съюз. По данни на НКВД в съветска територия остават 130 242-ма полски военнослужещи. Интернирани са в специално създадените за тях 138 преселнически и 8 разпределителни лагера. Независимо от акта за доброволна капитулация полските кадрови офицери и полицаи са третирани като военнопленници. По сведение на полското емигрантско правителство в Лондон в началото на 1940 г. съветските власти съобщават на полските военнослужещи, че лагерите ще бъдат ликвидирани, а на тях ще бъде разрешено да се завърнат по домовете си. По-нататък съдбата им е неизвестна.
През март 1943 г. по сигнал на местни жители войските на Третия райх откриват в Катинската гора масови гробници с неидентифицирани трупове. По искане на полското емигрантско правителство в Лондон да се извърши анкета чрез Международния червен кръст, към което се присъединява и германското правителство, се сформира Международна медицинска комисия. В нея участват лекари специалисти от Румъния, Югославия, Унгария, Словакия, Чехия, Италия, Швейцария, Франция, Белгия, Холандия, Дания и Полша — общо 50 души.
Чрез своя пълномощен министър в София Бекерле германското правителство поисква от българското да изпрати лекар за участие в Международната медицинска комисия. Първоначално е определен проф. Москов, ръководител на Катедрата по съдебна медицина към Медицинския факултет. Той не приема, под предлог че не знае немски език и германците са му отказали научна командировка в тяхната държава. В комисията е включен доцент д-р Марко Марков от същата катедра.
Покана за участие е отправена и до Съветския съюз. Със съобщение от 16 април 1943 г. Информбюро разобличава „кървавата машинация на хитлеристките палачи“, прехвърляйки вината за убийствата върху германците. На 25 април с нота съветското правителство скъсва дипломатическите си отношения с Лондонското емигрантско правителство „заради участието му във враждебната клеветническа кампания срещу Съветския съюз по повод избитите полски офицери в Катинската гора“. Истинската причина обаче е свързана с възобновените през февруари 1943 г. негови претенции върху Западна Украйна и Западна Белорусия.
Д-р Марко Марков заедно със специалистите от другите страни отива в Катин, запознава се с всички доказателствени материали и аутопсира няколко трупа. На това основание представя в комисията протокол, но не прави заключение за годината, през която са извършени убийствата. Той обаче подписва заключителната експертиза на Международната медицинска комисия от 30 април 1943 г. В нея се констатира: „Бяха изследвани шест масови гробници. Досега са били изровени 982 трупа, които са били изследвани и отчасти аутопсирани, и 70 процента от тях са били идентифицирани. Причината за смъртта е била изключително огнестрелна, направена в тила. От показанията на свидетелите и от писмени дневници, вестници, материали и т. н., които бяха намерени при труповете, следва, че изстрелите са били извършени през месец март или април 1940 г., с тях се схождат напълно находките в гробищата.“
След превземането на Смоленск от Червената армия по инициатива на Съветския съюз на 25 септември 1943 г. се сформира нова специална комисия. Резултатите са публикувани на 22 януари 1944 г. Заключението е, че разстрелите в Катин са извършени от хитлеристките войски през есента на 1941 г.
Така пред световната общественост се представят две версии. Образуваното дело в София има за цел да потвърди съветската теза. Нещо повече, чрез главния обвиняем д-р Марко Марков трябва да се докаже неверността на изводите в протокола на Международната медицинска комисия. В обем от 84 машинописни страници той описва пред съда с подробности за пътуването си от София, Берлин и оттам за Катин, за извършените изследвания върху намерените трупове. Неговото ново твърдение е, че убийствата са извършени преди една година. При това, когато членовете на комисията отиват на посочените места, гробовете са вече разкопани. До труповете са поставени намерените у тях веществени доказателства. Според доктора това буди съмнение да не са донесени допълнително. Под натиска на германските лекари, страхувайки се за живота си, той е подписал общия протокол на комисията.
Замисълът на процеса е постигнат. Народният обвинител Димитър Вапцаров заявява: „От данните, които д-р Марков е изложил в акта за аутопсията, може да се дойде само до заключението, че тия трупове са много по-пресни от три години.“ А това означава, че убийството на полските офицери е извършено от германските „окупатори“ след завземането на Смоленск, т. е. след лятото на 1941 г.
За направените признания и свидетелства в полза на съветската версия д-р Марко Марков е освободен от съдебна отговорност. По думите на Димитър Вапцаров „той носи една морална отговорност“.
По-различно е развитието на втората част на процеса за масовите убийства в гр. Виница. Пак по сигнал на местни жители германските войски разкриват 115 масови гробници с от по 50-100-200 трупа. Създава се втора Международна комисия, в която е поканена да участва и България със свой представител. Правителството се спира на лекаря по съдебна медицина ас. д-р Георги Михайлов. За Виница заминават и трима български архимандрити — Николай, Стефан и Йосиф, и директорът на националната пропаганда Борис Коцев.
Доктор Михайлов не е правил аутопсия на трупове, а само се е запознал с направените такива от негови колеги и с веществените доказателства, намерени в убитите. На това основание подписва протокола на комисията от 15 юли 1943 г., в който се заключава: „От показанията (разказите) на близките и на очевидците, също и от намерените документи в убитите, както и от описаните в горния протокол измерения на труповете и във връзка с намерените странични резултати се вижда, че убийствата са били извършени през 1938 г.“
Пред съда д-р Георги Михайлов заявява, че смята заключителната част на протокола за неотразяваща истината. Според него ръководената от германските лекари комисия е монтирала обвинението за извършените масови убийства в гр. Виница, за да го прехвърли върху съветските наказателни органи. А всъщност те са извършени от нацистите.
Опирайки се на неговите показания, народният обвинител Димитър Вапцаров се опитва да оспори верността на протокола на Международната медицинска комисия в два пункта. Единият е, че между неговата заключителна част, представена първоначално, и окончателната, която д-р Михайлов е бил принуден да подпише, „би могло да се приеме“, е имало различия. Логично е да се предположи, че той е бил подправен от германците. Второ, веществените доказателства са били подредени в отделно помещение, което хвърляло съмнение, че те са донесени допълнително, а не са взети от убитите.
След тези свои признания д-р Георги Михайлов е обявен за невинен, като остава да носи „само една морална отговорност“
Тримата архимандрити и Борис Коцев са обвинени в това, „че след като по покана на германското правителство през юли 1943 г., като представители от страна на България са разгледали масовите гробове край град Виница — Украйна, във и вън от България през времето 1943 г. до 9 септември 1944 г. са допринесли дейно и съществено за провеждане политиката на тогавашното българско правителство, несъвместима със задълженията на България като неутрална страна към Съветския съюз“
По-конкретно случаят е следният. Архимандритите и директорът на националната пропаганда посещават Виница и на връщане разказват пред Радио Донау това, което са видели, като подкрепят заключението на Международната медицинска комисия. Народният обвинител Димитър Вапцаров характеризира Борис Коцев като „злостен противник на Съветския съюз“ заради обнародваните от него материали във в. „Зора“ за убийствата в гр. Виница, за което обвинява съветските органи за сигурност.