Однако даже такое представление о Боге вскоре начало терять поддержку философии. Декарт утверждал существование Бога уже не верой, но разумом, однако его онтологическое доказательство бытия Бога встретило со временем критическое отношение, которое выразили каждый по-своему и Юм, и Кант, величайшие философы Просвещения. Как и предсказывал четырьмя столетиями ранее Оккам, рациональная философия не может взять на себя смелость высказываться о предметах, неизмеримо превышающих возможности основывающегося на опытных данных разума. В конце XVII века, когда только занималось утро Просвещения, Локк задался целью, следуя традиции эмпирической теории познания Бэкона, нащупать корни любого знания о мире в чувственном опыте и последующем отражении этого опыта разумом. Сам Локк склонялся к деизму и разделял уверенность Декарта в том, что существование Бога логически явствует из наличия ясного и безошибочного знания. Однако тот эмпиризм, поборником которого он являлся, неизбежно ограничивал способность человеческого разума к познанию, сводя ее лишь к тем явлениям, которые можно подвергнуть проверке опытом. По мере того как философы, поколение за поколением, выстраивали все более строгие заключения на основании эмпирических данных, становилось ясным: все философские рассуждения о Боге, о бессмертии и свободе души, а также все прочие предположения, выходящие за рамки конкретного опыта, не имеют под собой никакой почвы.

В XVIII веке Юм и Кант опровергли традиционные философские доказательства бытия Бога, указав, что причинность не всегда способна продвинуться от чувственного к сверхчувственному. Основание для сколько-нибудь ценных философских выводов можно обрести лишь в той области, где возможен опыт, где ощущения "докладывают" о конкретных частностях. Юму, который был мыслителем всецело светским и более прямолинейным в своем скептицизме, казалось абсурдным доказывать на основании достаточно сомнительных свидетельств этого мира бытие Бога. И даже Кант, будучи сам глубоко верующим и настаивая на сохранении нравственных императивов христианской совести, тем не менее признавал, что похвальный философский скептицизм Декарта приказал долго жить в тот самый миг, когда он провозгласил свое доказательство бытия Бога, основываясь на своем же принципе cogito. Для Канта Бог был непознаваемым запредельным — не познаваемым, но мыслимым, причем только тогда, когда человек внимает собственному внутреннему чувству нравственного долга. Ни человеческий разум, ни эмпирический мир не в состоянии дать никаких прямых или недвусмысленных указаний на божественную реальность. Человек может веровать в Бога, он может верить в свободу и бессмертие своей души, но претендовать на то, что эти внутренние убеждения обладают рациональной определенностью, он не может. В глазах этого сурового философа любая метафизическая или какая-то другая "определенность" в отношении Бога была ложной, поскольку не имела под собой здравого основания для проверки. Неотвратимым следствием эмпиризма и критической философии явилось, как следовало ожидать, изгнание из современной философии всякой теологии.

В то же время самые смелые мыслители французского Просвещения все больше тяготели не только к скептицизму, но и к атеизму и материализму, видя в них наибольшее интеллектуальное соответствие науке. Дидро — главный редактор Encyclopedie, этого великого замысла культурного воспитания, порожденного Просвещением, — собственной жизнью явил пример того, как мыслящий человек постепенно переходит от религиозной веры к деизму, затем к скептицизму и наконец к материализму, несколько непоследовательно дополненному деистической этикой. Менее склонен к компромиссу оказался Ламетри — врач, мысливший человека чисто физическим существом, чем-то вроде органического механизма, чьи заблуждения касательно обладания независимой душой или разумом проистекают всецело из взаимодействия входящих в состав его тела физических компонентов. Этическим следствием подобной философии явился гедонизм, и Ламетри не преминул стать его защитником. Барон Гольбах, физик, сходным образом утверждал определяющую роль материи как единственной умопостигаемой реальности и абсурдность религиозной веры перед лицом опыта: ведь если зло в этом мире вездесуще, то значит, Богу недостает силы, справедливости, или сострадания. С другой стороны, случайные проявления добра и зла вполне сообразуются со вселенной, состоящей из лишенной разума материи, над которой не вершит надзор никакой промыслитель. Атеизм призван развеять и уничтожить химеры религиозной фантазии, представлявшие угрозу для всего рода людского. Человека необходимо вернуть в лоно природы, опыта и разума.

XIX век доведет до логического завершения идеи Просвещения: Конт, Милль, Фейербах, Маркс, Геккель, Спенсер, Гексли и (несколько в ином духе) Ницше — все они отслужат панихиду по традиционной религии, проводив ее похоронным набатом. Иудео-христианский Бог будет сочтен плодом человеческого воображения, и теперь, когда человек поднимется на новую ступень зрелости, он не будет нуждаться в этом фантоме. Теперь человеческую историю начали толковать как продвижение от мифолого-религиозной стадии к стадии отвлеченно-метафизической, от нее к полному триумфу науки, которая прочно укоренится в действительности. Единственной реальностью является этот видимый вещественный мир, которому принадлежит человек. Все метафизические размышления, касающиеся "высших" духовных сущностей, суть не что иное, как праздная игра ума, оказывающая дурную услугу человечеству и пагубная для его будущности. Долг нынешней эпохи — объяснить понятие Бога, в котором отразилась всего лишь внешняя проекция внутренней человеческой природы. Вполне допустимо говорить о каком-то "Непознаваемом", стоящем за явлениями зримого мира, однако дальше этой черты начинается запретная зона. Гораздо более очевидным, да и полезным для современного мировоззрения, было другое: явления этого мира, к неоценимому благу всего человечества, подвластны научному постижению, и постижение это происходит на всецело естественных основаниях. Оставалось только разрешить вопрос о том, кто или что вызвало к жизни феномен, называемый Вселенной. Однако интеллектуальная честность не позволяет делать определенных выводов на сей счет и даже начинать подобные расследования. Сточки зрения эпистемологии, ответ на этот вопрос находится за пределами человеческого кругозора, не имея к тому же особого значения ввиду более неотложных и более достижимых интеллектуальных целей. Стараниями Декарта и Канта былая связь между христианской верой и человеческим разумом еще больше ослабла. К концу XIX века эта связь за весьма редкими исключениями исчезла вовсе.

Было и множество других, далеких от эпистемологических, факторов — политических, общественных, экономических, психологических, — подталкивавших современное мышление к секуляризации и разрыву с традиционными религиозными верованиями. Еще до того как промышленная революция продемонстрировала всю утилитарную ценность науки, прочие культурные достижения уже показали преимущество научных взглядов над религиозными. Научная Революция зародилась среди смуты и хаоса религиозных войн, разразившихся вслед за Реформацией, — войн, которые ввергли всю Европу более чем на сто лет в состояние кризиса и которые велись во имя "абсолютных истин", посеявших рознь в христианском мире. Эти обстоятельства бросили тень на цельность и чистоту самого христианского миропонимания, как заставили сомневаться и в его способности внести в мир покой и согласие, не говоря уж о сострадании. Несмотря на религиозный пыл лютеранского, цвинглианского, кальвинистского, анабаптистского, англиканского, пуританского или католического толка, охвативший европейское население сразу после Реформации, для многих стало очевидным, что христианская культура бессильна привести к согласию, выдвинув какую-то религиозную истину, которая обладала бы равной ценностью в глазах всего человечества, и это указывает на необходимость какой-то совершенно иной мировоззренческой системы, не вызывающей столь ярого противоборства своей субъективностью и обладающей большей рациональной убедительностью. Научное мировоззрение, объективно нейтральное и поддающееся проверке опытом, вскоре завоевало полное признание в образованной среде, потому что научная система представлений была приемлема для всех без изъятия, находясь поверх любых политических и религиозных барьеров. К тому моменту когда стихли последние судороги реформаторских потрясений, Научная Революция уже близилась к завершению. В последнее десятилетие Тридцатилетней Войны (1638-48) увидели свет "Диалог о двух новых науках" Галилея, "Начала философии" Декарта, а в 1642 году появился на свет Ньютон.