В 1688 году Гоффман занимает должность физиолога в Гальберштадте, а шестью годами позже — профессора клинической медицины только что созданного университета родного города Галле. В 1709 году его приглашают лейб-медиком к Фридриху I. Вскоре, вследствие закулисных интриг, он оставляет Берлин и возвращается в Галле, где до кончины, последовавшей 12 ноября 1742 года, занимается преподаванием.

По мнению Гоффмана, изложенному в его основном девятитомном сочинении «Medicina rationalis systematica» (1718–1740 гг.) — («Система рациональной медицины»), жизнь, здоровье, болезнь, излечение подчинены исключительно законом механики. «Механика есть причина, источник и закон всех явлений», — говорил Гоффман. Гоффман полагал, что «жизнь заключается в движении; сокращения сердца препятствуют смерти, предохраняют тело от разложения; все зависит от известных движений фибр, их расположения и известного соотношения движений в накоплении жидкости». Для объяснения этого движения, называемого Гоффманом жизненным, «нет нужды прибегать к понятию природы, души, жизненных сил, «археи», или какому угодно другому «гению» или жизненному началу», которые ранее использовали ученые.

В переписке с Гоффманом Лейбниц обсуждал не только вопросы химии, но и философские проблемы. Старый философ одобряет его направление и побуждает написать «Рациональную теорию медицины». Лейбниц сообщает своему корреспонденту, что не разделяет взглядов Ньютона, говоря, что тот, кто старается объяснить тяготение первичной силой притяжения, грешит против истины и прибегает к чуду. Лейбниц согласен с Гоффманом, что каждый организм есть механизм, но при этом добавляет: «Только более тонкий и божественный». Лейбниц говорит, что органические тела природы суть божественные машины; допустить в них что-нибудь, что было бы чуждым механизму, — нельзя. Он не желает идти против известного положения своего времени: «В теле подчиняется механическим, то есть рациональным основаниям».

Фридрих Гоффман допускает существование нервного флюида, обнаруженного английским анатомом и врачом Томасом Уиллисом (Виллизием)(Willis, 1621–1675), и полагает, что «сердце и плотные движущие части организма получают способность к движению и сокращению, силу, тонус и эластичность от очень малых флюидов, находящихся в мозговых желудочках, нервах и самой крови». Отсюда движением мозга часть флюида по нервным трубочкам распространяется по всему организму, другая — циркулирует с кровью. Обе системы находятся в определенной связи. Во всех частях тела нормальный тонус ткани регулируется флюидом. Если нервный флюид протекает в слишком большом количестве, наступает патологическое состояние, спазм, если в малом — развивается состояние атонии. Эти малые флюиды Гоффмана имеют, однако, большое сходство с древними «силами» (spiritus), несостоятельность которых была подчеркнута выше самим же Гоффманом.

Доктор Гоффман был чрезвычайно рассудительным, гибким и осторожным практиком. Подобно Гиппократу, он полагал, что природа — лучший врач. К этой формуле он лишь добавил, что природа излечивает «механически». Гоффман являлся противником фармакологии и рекомендовал менее сильные средства; одним из первых причислил к лечебным средствам ванны и минеральную воду. Он был рьяным сторонником возбуждающих средств: рейнского вина, летучих и маслянистых солей, средств, уменьшающих кислотность пищеварительных соков. Гоффман первым советовал употребление в качестве слабительного воды Зедлицких источников, открытой в 1717 году. В детской терапии он назначал белую магнезию — как средство послабляющее, мускус и амбру — как возбуждающее. Нашатырь и олений рог прописывались им при параличах; употреблять кофе он советовал старикам. Дизентерию он рекомендовал лечить опийной настойкой, устраняющей понос, а уж потом давать больным настой трав.

Вопреки своему афоризму: «Если заботишься о здоровье — остерегайся лекарств и врача», он пользовался лекарствами в большой тайне от других. Особенно охотно он прибегал к изобретенному им в качестве «бальзама жизни» эликсиру (Elixir viscerale Hoffmanni) и к пользовавшимся мировой известностью «гоффманским каплям» (комбинация этилового спирта с медицинским эфиром) как возбуждающему средству при сердечной слабости, и так же liqout anodynus. Эти средства употребляются до сих пор.

Профессор Гоффман не только выдающийся терапевт, обрисовавший клиническую картину хлороза (анемия), он — химик, описавший в 1722 году способ получения белой магнезии (жженой магнезии MgO) из минеральных источников, и он — бактериолог, написавший сочинение «О контагии и миазмах» (1738 г.). Может быть, к созданию этого сочинения его подвигла так поразившая его в юности потеря родителей от эпидемии.

При всем своем механическом понимании явлений жизни даже Декарт допускал для объяснения явлений человеческой психики представление о «животных духах». Гоффман неуклонно придерживался механистического отождествления живого организма с механизмом. В дальнейшем преодоление ограниченности взгляда Гоффмана сопровождались выпячиванием различия и взаимоисключения некоторых свойств живого и неживого, заслоняло их единство и взаимопроникновение, в том числе физического и биологического.

Фридрих Гоффман не забыл пригласить в 1694 году своего товарища по Йенскому университету Шталя вторым профессором медицины в университет Галле, где сам занимал место первого профессора. Шталь и Гоффман долгое время были в университете единственными преподавателями медицины. Они делили между собой преподавание всех медицинских наук. Шталь читал ботанику, физиологию, цитологию, диетику, material medica и энциклопедию, Гоффман — все остальное.

Вначале Шталь был другом, затем он стал соперником и, наконец, противник Гоффмана. Между ним и Гоффманом возникла неприкрытая вражда, чему во многом способствовали успехи Гоффмана и с чем не мог смириться честолюбивый и обидчивый Шталь. После разрыва их отношений Шталь в 1716 году покинул университетский Галле и переехал в Берлин, где до конца своих дней состоял лейб-медиком при дворе Фридриха Вильгельма I, короля Пруссии.

Георг Эрнст Шталь (G.E. Stahl) создал теорию, согласно которой душа управляет всеми отправлениями организма человека, его телом. Формы жизни и приспособление ее к различным (климатогеографическим, например) изменениям среды, по мнению Шталя, являются выражением мудрости (intelligens) и подвижности (movens) души.

Пруссак Георг Шталь — оригинальная фигура «эпохи гениев» — родился 21 октября 1659 году в Ансбахе, где его отец был секретарем консистории. После окончания в 1863 году медицинского факультета Йенского университета (где он учился, как и Гоффман, под руководством Веделя) Шталь с 1687 года состоял на службе герцога Саксен-Веймарского в качестве его придворного врача.

Собственную диссертацию («Fragmenta aetiologiae physico chemicae», 1883) Шталь посвятил своему учителю Веделю — последователю ятрохимиков ван Гельмонта и де ла Боэ — и своему отцу. Между учеником и учителем уже в этой первой научной работе наметился раскол. Шталь открыто выразил скептическое отношение к ятрохимикам и призывал в известном смысле отделить химию от медицины. Доктор Шталь вел борьбу с ограниченным односторонним учением «ятрохимиков» и «ятрофизиков» (они же и «ятромеханики»). Это противостояние сыграло определенную роль в истории медицины.

Школа «ятрохимиков» XVII века, основанная выдающимся голландским врачом Франсуа де ла Боэ (Francisci Sylvius(Sylvii), Deleboe(Le Boe) F.de, 1614–1672), более известным под именем Сильвий, жила идеями, заложенными в X веке, когда для очень многих врачей химия нераздельно сливалась с медициной, а школа «ятромехаников» представляла собой порождение XVII века. Теоретической основой врачей, исповедующих ятромеханические взгляды, являлось представление об организме как о машине, автомате, приводимом в движение особыми материальными «духами» (spiritus). В физиологии и патологии для них основой являлась теория кровообращения, открытая У. Гарвеем. Целый ряд болезненных явлений объяснялся механически: остановкой движения крови в различных отделах тела. Некоторое влияние этой доктрины обнаруживается у Шталя, но гораздо ближе, конечно, примыкал к ней Гоффман.