Гибель Лангдармы имела самые отрицательные воздействия на судьбы тибетского государства: после его убийства начинается борьба за власть, кровопролитные междоусобицы и смуты, приведшие в конечном итоге к распаду Тибетского царства на отдельные феодальные владения. Наступают темные времена тибетской истории — период смут и междоусобных войн продолжался около ста пятидесяти лет, до начала XI в. Но единым Тибет станет только в XVII в.
Распад тибетского государства крайне отрицательно сказывается и на буддизме в этой стране, который в конце IX в. приходит в полный упадок, продолжавшийся и в течение всего X в.; можно сказать, что в это время буддизм в Тибете существует только номинально.
В оставшихся тибетских монастырях практически исчезает традиция Винаи, сами монастыри превращаются в своего рода общежития семейного духовенства. Правила истолкования тантр забыты, и они начинают пониматься буквально, что приводит к совершенно невероятному росту распущенности духовенства, а также расцвету грубой магии и колдовства. Этот упадок продолжался до середины XI в., когда происходит быстрое возрождение буддизма.
Впрочем, справедливости ради надо отметить, что и в X в. предпринимались попытки преодолеть упадок буддизма. Здесь следует прежде всего назвать Ринчэн Цзанпо, проповедовавшего в восточном Тибете (современный Ладак на территории Индии; от того времени в Ладаке сохранился монастырь Алчи с великолепными фресками). Принявший монашество бывший номинальный царь Тибета Хорде (монашеское имя Ешей Од) послал Ринчэн Цзанпо и несколько других молодых монахов учиться в Индию, однако из них только он один стал выдающимся буддистом. Ринчэн Цзанпо вместе с индийскими пандитами перевел много санскритских текстов.
В XI в. в Тибете происходит фактическая вторая рецепция буддизма. Она имела ряд существенных отличий от первой.
Во-первых, в период до гонений Лангдармы буддизм в Тибете был прежде всего верхушечным явлением; буддистами (включая монахов) были главным образом аристократы. Теперь буддизм быстро распространяется и в народе, а Тибет за какие-то сто-двести лет превратился в подлинную цитадель буддизма, «Страну Дхармы», как потом и стали называть свою родину тибетцы. Во-вторых, ранняя традиция была гетерогенной, сочетая в себе элементы как индийского, так и китайского буддизма. С XI в. тибетцы стремятся максимально точно воспроизводить именно и только индийские образцы. И наконец, если в VII—IX вв. процесс распространения буддизма в Тибете был долгим и трудным, теперь тибетцы жадно ловят каждое слово индийских учителей и быстро усваивают весь объем буддийского учения в его позднемахаянской форме.
Восстановление буддийской традиции в Тибете шло двумя путями: реставрация монашеской традиции Винаи и распространение мистических, йогических форм тантрического буддизма Ваджраяны. Огромную роль в восстановлении монастырской системы в Тибете сыграл монах из знаменитого бенгальского монастыря-университета Викрамашила по имени Атиша (Джово Атиша, Дипанкара Атиша Шри-джняна, 982—1054). Созданная им школа Кадам-па стремилась не только возродить строгие принципы монастырских уставов, основывающихся на Винае, но и ввести в рамки Винаи ваджраянскую практику тантрической йоги, а также разработать систему монастырского образования и схоластической монашеской учености. После XV в. школа Кадам-па практически исчезает, слившись с близкой ей по духу школой Гелуг-па Очень активно Атиша и его последователи занимались также переводами буддийского канона и философских сочинений на тибетский язык.
Вторая линия возрождения буддизма на тибетском плоскогорье была чисто йогической, она восходила к индийской традиции махасиддхов (великих совершенных), связанной с именами таких знаменитых йогинов, как Тилопа и Наропа. В Тибет ее принес йогин и переводчик Марпа, проповедовавший узкому кругу своих учеников методы «шести йог Наропы». Большое значение Марпа и его преемники придавали также практике маха-мудры — непосредственного постижения природы своего сознания как природы Будды. Школа, основанная Марпой, получила название Кагью-па (монголизированное произношение — Каджуд-па), восходящее к тибетскому корню гью/джуд, означающему нить, струну, а метафорически — традицию, линию передачи учения (этим словом, кстати, переводилось и санскритское «тантра»). Поскольку индийские махасиддхи придавали огромное значение непосредственной передаче учения, йогических посвящений и практических методов от учителя к ученику, их тибетские преемники и обозначили свою школу этим словом (Кагью-па — школа Преемственности).
Любимым учеником Марпы и его преемником в качестве главы школы стал крупнейший тибетский поэт Миларепа (1040—1123). В юности Миларепа был далек от буддизма, и даже практиковал черную бонскую магию с целью извести родственников, ранее причинивших много зла его семье. Позднее Миларепа пережил глубокое раскаяние и обратился в буддизм. После тяжких испытаний он стал учеником Марпы, который и сделал его своим преемником. Миларепа стоит у истоков тибетской традиции уединенного горного отшельничества: в труднодоступных горных пещерах он практиковал йогу туммо — внутреннего тепла, которая, по его словам, неоднократно спасала его во время суровых тибетских зим. Практика туммо занимает важное место в методах школы Кагью и в настоящее время когда вы слышите о гималайских «йогах», в лютую стужу соревнующихся в горах в том, кто скорее высушит теплом своей обнаженной спины мокрую простыню, знайте, что речь идет именно о кагьюпинских репа(рес-па) — носящих белые льняные одежды йогинах, практикующих туммо. Будучи незаурядным поэтом, Миларепа написал множество стихов и песен, которые еще в недалеком прошлом знал наизусть любой традиционно образованный человек в Тибете и Монголии.
Своим преемником Миларепа сделал одного из своих самых поздних учеников — Гамбопу (Гампо-пу), автора многих ученых буддийских сочинений. Со времени Гамбопы у школы Кагью-па появились свои монастыри, и индивидуальная йогическая практика оказалась дополненной принципами монашеской дисциплины.
После Гамбопы школа Кагью-па разделилась на несколько ветвей — субтрадиций (так называемые «четыре большие и восемь малых»). Наиболее важным и влиятельным стало направление, известное как Карма-кагью (слово «карма» здесь восходит к названию главного монастыря этого направления — основанной в 1147 г. обители Кармаданса). Духовный глава направления носит титул Кармапа (в настоящее время школу возглавляет Кармапа XVII). Карма-кагью иногда называют «черношапочной школой», потому что «короной» Кармап является головной убор черного цвета, пожалованный Кармапе одним из китайских императоров династии Юань (1279—1368). Сегодня эта регалия находится в монастыре Румтек в гималайском княжестве Сикким (до 1975 г. — под индийским протекторатом, с 1975 г. оккупировано Индией). Кармапа считается третьим по статусу иерархом Тибета (после Панчэн-ламы и Далай-ламы).
Другие субтрадиции школы Кагью-па были постепенно вытеснены доминирующей в Тибете с XVII в школой Гелуг-па на окраины тибетского мира. Сейчас они занимают лидирующие позиции в таких гималайских областях, как королевство Бутан, Сикким, Ладак (в составе индийского штата Джам-му и Кашмир), а также в некоторых частях Непала. В Ладаке весьма влиятельна субтрадиция Дригун-кагью (Бригун-кагью), всегда бывшая довольно малочисленной, но прославившаяся ученостью своих монахов, написавших множество сочинений по различным аспектам теории и практики тибетского буддизма. Одним из наиболее авторитетных представителей этого направления на Западе является тибетский лама Ламчэн Гьялпо Римпоче, длительное время возглавлявший ассоциацию буддистов Тайваня, а ныне создавший религиозный и культурно-образовательный центр в США (штат Нью-Джерси). Летом 1992 г. он приезжал в Петербург и проповедовал в Санкт-Петербургском буддийском храме — Дацане Гунзэчойнэй.
В конце XII в. самой влиятельной школой тибетского буддизма становится основанная еще в 1073 г. школа Сакья-па (буквально: «Желтая Земля», по названию местности, где был возведен первый монастырь этой школы). Школа Сакья-па прославилась как выдающимися учеными трудами своих иерархов, так и политической ролью, которую она играла в Тибете в XIII—XIV вв. Именно с этой школой связано и происхождение титула Далай-лама («лама, [чья мудрость подобна] океану») — так назвал одного из виднейших иерархов Сакья-па, ее пятого главу Пагба-ламу китайский император Монгольской династии Юань Хубилай (юаньский Ши-цзу, 1279—1294).